Одним із ключових понять роману є алхімія (недаремно ж роман має назву "Алхімік"), яка може тлумачитися, зокрема, як метафора подорожі Сантьяго. Алхімією називають давнє таємне знання, яке відкривається лише втаємниченим, про перетворення одних речовин (субстанцій) на інші. Справжній Алхімік повинен мати філософський камінь (який ще називали філософським яйцем), який перетворює свинець на золото, а його рідка субстанція дарує безсмертя. Прямуючи Своїм Шляхом, Сантьяго досягає вищого рівня просвітлення – так само, як простий метал стає золотом. Тим більше що в алхіміків золото є не просто грошовим еквівалентом, а має набагато ширший спектр значень. До того ж алхімія заснована на уявленні про те, що все у світі є взаємопов'язаним і одне перетікає в інше, що перегукується з ідеєю Душі Світу, яка й об'єднує все в цьому світі "взаємного зв'язку невидимими законами".