Ружинський, уже як офіцер польського королівського війська, опинився в корпусі коронного гетьмана Станіслава Жолкевського, де командував полком.
Хроністи не донесли до нас відомостей про те, як складалася його солдатська доля під час цього походу. Зате маємо певні відомості щодо його дій після повернення в Україну, коли військо Жолкевського виступило проти повстанців Северина Наливайка. За наказом головнокомандувача польськими військами, князь Кирик, маючи під рукою 500 кіннотників, увійшов до містечка Паволоч на Поділлі, де повинен був чекати основних сил поляків і, водночас, у міру можливостей, протистояти місцевим загонам повстанців.
Князь виконував це завдання охоче, оскільки наливайківці зазіхнули й на його володіння, завдавши його местностям чималої шкоди. Гетьман Саула, який командував тоді повстанцями, дізнався про передислокацію Ружинського і послав загін під командування полковника Саська, що мав не тільки розгромити невеличкий полк Ружинського, а й захопити самого князя. Напевне, Саула вважав колишнього козацького гетьмана Ружинського зрадником і волів розправитися з ним особисто.
Проте князь був чоловіком досвідченим. Він сам напав на один із загонів полковника Саська, розгромив його в бою поблизу річки Кам'янки і 50 захоплених у полон повстанців одразу ж стратив. Така жорстокість у поводженні з полоненими обурила не лише повстанців, а й самого С. Жолкевського, що засвідчено його листом до князя. Проте на Ружинського невдоволення коронного гетьмана особливого враження не справило. Не зважив він і на листа Матвія Саули, в якому той просив його бути посередником у переговорах з командуванням польської армії. Слід зазначити, що гетьман повстанців обрав досить вдалу кандидатуру на посередника. З одного боку князь Кирик був офіцером польської армії, з другого — чимало козаків, що були тепер у повстанських лавах, ще пам'ятали його як козацького гетьмана. Одначе князь Ружинський не повірив Саулі, вважаючи, що переговори знадобилися повстанцям лише для того, щоб трохи перепочити, перегрупуватися та поповнити своє військо новими загонами. До того ж, як уже мовилося, він мав свої порахунки з повстанцями.
Перемігши загін Саська, князь повів полк у Білу Церкву, де взяв під команду також гарнізон місцевої фортеці та загін угорських найманців. Незабаром туди ж таки, під Білу Церкву, прибули й основні загони повстанців. Кілька днів минуло в позиційному протистоянні. Повстанці готувалися до штурму міста. Проте князь і цього разу не став чекати нападу, а напав сам. Однієї ночі він повів усе своє військо на штурм козацького табору. Та, напевне, в місті вже активно діяла повстанська розвідка. Дізнавшись про намір вилазки, через яку в стінах фортеці залишиться тільки невеличкий загін угорців та слуг князя, Наливайко обійшов фортецю і напав на неї з тилу саме тоді, коли Ружинський штурмував табір із возів, у якому тримав оборону Матвій Саула.
Сталося, отже, так, що полк Ружинського опинився в оточенні. Але князь усе ж пробився назад до фортеці, хоч і зазнав при цьому значних втрат. А незабаром до урочища Гострий Камінь, де був табір повстанців, підійшли основні сили поляків на чолі з Жолкевським. Князь Ружинський брав участь у штурмі табору, під час якого полковник Сасько загинув, Саулі відірвало руку, а Наливайка було поранено.
Як відомо, останній свій табір повстанці заклали на річці Солониці. Так само відомо й те, що князь Кирик Ружинський командував одним із загонів, які брали участь в облозі цього табору.
Та, як не дивно, запорізькі козаки не вбачали в князеві Ружинському свого запеклого ворога. І ось з чого це видно.
Після розгрому повстання низове козацтво поділилося. Одні підтримували кошового отамана Полоуса, який не схильний був до дальшої козацько-польської війни, а волів діяти проти татар і турків, другі — отамана Байбузу. Скінчилося на тому, що ватаги почали ворогувати між собою. Дійшлося навіть до збройних сутичок. Відчуваючи, що це може призвести до загибелі всього запорізького козацтва, поміркована частина реєстрових козаків та їхній отаман Тихін Байбуза звернулися до князя Кирика Ружинського з проханням не тільки підказати, що їм чинити далі, а й із закликом втрутитись у колотнечу та дати лад Січі, згадавши своє колишнє гетьманування.
Князь не наважився на безпосереднє втручання: мав підозру, що його повернення на Січ може скінчитися для нього трагічно. І підстави для неї були: козаки, що діяли в складі військ Наливайка й Лободи, навряд чи простили б йому Білу Церкву та Солоницький табір.
І з усім цим князь не крився. Коли граф Я. Потоцький, який теж брав участь у придушенні повстання Наливайка, спитав Ружинського, якої він думки про події на Січі і чи не час польському урядові та армії втрутитись у справи, князь відповів: "...То краще, коли вони самі себе поїдають".
Важко сказати, чи була в цих словах ненависть до козацтва як такого. Схоже, що ні. Вони більше здаються відлунням боротьби, що точилася під час повстання С. Наливайка.
Але, може, такою відповіддю він і врятував Січ від нападу поляків.
По тому, як повстання остаточно згасло, князь Кирик Ружинський відійшов від активної участі у військово-політичних справах, і його ймення дослідники української історії та хроністи козацтва більше не згадують. Та все ж свій слід в історії козацтва та історії України він залишив. Ну, а звинувачувати його в тому, що він брав участь у придушенні повстання С. Наливайка? Можна, звичайно. Але хто винен у тому, що так криваво і братовбивче складалася наша історія?
Христоф Нечковський. Гетьман реєстрового козацтва.
Після придушення повстання Наливайка польський король вирішив остаточно приборкати козаків. Як? Корона бачила тут два шляхи. Перший — козаків проголосити ворогами королівства, і польській владі вживати до них найсуворіших заходів. Особливо до тих, що перебувають поза реєстром і вороже ставляться до польських військ і польської адміністрації. Другий — посилити контроль над загоном реєстрових козаків, які мають виконувати відтепер лише роль прикордонної варти. Для цього треба наставити над ними надійного керівника. Але кого польський уряд міг вважати за цілком надійного? Таких було небагато. Свій вибір польська влада зупинила на Христофорові Нечковському.
Гетьманувати йому випало у надзвичайно скрутні часи. Значна частина козаків схильна була до подальшої боротьби проти поляків. Навіть серед реєстрових було чимало невдоволених заходами польського уряду і вони прагнули помсти за солоницьку трагедію.
А до того всього восени 1596 року католицька Церква активізувала боротьбу за поширення унії. У Бресті було скликано православний церковний собор, на якому, після палких дебатів, що навіть призвели до розколу та поділу на два собори, таки було проголошено возз'єднання католицької і православної церков. Теоретично об'єднання будь-яких церков можна сприймати позитивно, бо коли церкви не конфліктують, а єднаються — що в цьому лихого? Але імперські амбіції польської корони не дозволяли їй сприймати унію, як союз рівних. Брестська унія потрібна була полякам тільки для остаточного сполячення українців та білорусів і для ще більшого посилення соціального, політичного та релігійного гноблення.
Хто з українців міг спокійно дивитися на те, як католики захоплюють православні храми, як значна частина української аристократії та інтелігенції зрікається всього українського і переходить у католицтво та ще й змушує до цього інших? Який козак не хапався при цьому за шаблю?
Новому гетьманові реєстровиків не було, за приписами польських можновладців, іншої дороги, як тільки спрямовувати активність свого воїнства за захист кордонів від кримських татар. Адже будь-які негаразди в Україні, в Речі Посполитій Кримське ханство одразу ж використовувало для того, щоб якомога безборонніше грабувати українські землі.
Одначе Нечковський, як вважають дослідники, не був до кінця пропольським гетьманом. Він намагався не поривати стосунків і з * непримиренними*, що не хотіли визнавати влади короля. Про це, зокрема, свідчить лист коменданта Якуба Претвича, в якому той просив нового гетьмана розшукати бунтівного отамана К. Підвисоцького і переказати, що польський уряд пробачає йому участь у повстанні С. Наливайка.
Отже, і уряд декому пробачав, і новий гетьман до колишніх бунтарів рішучих заходів не вживав, навіть мав з ними контакти. Бо ж таки треба було комусь охороняти південне порубіжжя. А хто робитиме це краще і безстрашніше за козаків?
Чи був польський уряд задоволений новим гетьманом? Ні. Нечковський досить спокійно поставився до того, що частина реєстровиків приєдналася до низових нереєстрових козаків і готувалася до нового повстання. Не дуже він зважав і на те, що в цей час на Січ прибувало дедалі більше селян, які не хотіли миритися з утисками шляхти та з релігійним наступом католиків. Гетьманові ніби годилося дбати про те, щоб усі втікачі повертались "на волость". Але Нечковський удавав, що нічого особливого не діється. Та й від унії не був у захваті.
Головне, — вважав гетьман, — що реєстрові козаки й далі стоять на сторожі кордонів, перепиняючи шлях татарам, що намагалися поживитись на українських землях. І, може, тільки через це протягом року гетьманування X. Нечковського значних нападів ханських загонів на Україну не було. А чого ще вимагати від прикордонної варти?
Гнат Василевич. Гетьман запорізького козацтва.
Ім'я цього гетьмана виникає в історичній документалістиці після повстання Наливайка. Це, як уже мовилось, були тяжкі часи для козацтва, оскільки польський уряд проголосив козаків ворогами корони. Одначе Гнат Василевич (він гетьманував протягом 1596-1597 років) дотримувався думки, що цьому рано чи пізно, а мусить настати край. Адже попри всі кривди, що їх козаки завдали полякам, а поляки — козакам, обставини складалися так, що і полякам, і українцям треба разом протистояти спільному ворогові — кримській орді, і дбати про охорону південних кордонів України, а отже й кордонів Речі Посполитої. Краще за козаків цього ніхто не зробить, отож, Запоріжжя, що б там про нього не кричали у сеймі, мусить жити. І думка гетьмана дуже скоро набула реального підтвердження.
Влітку 1596 року хан зібрав велике військо, яке мав намір вести в Угорщину, на допомогу туркам.