Юрій Федорович Лисянський — нащадок українського старшинського козацького роду, народився 1(12) квітня 1773 року в місті Ніжині, в родині священика ніжинської церкви святого Іоанна Богослова Федора Герасимовича Герасимовського (Лисянського) та його дружини Фотини Йосипівни (з шляхетного роду Якубовських). Хрещеним батьком був полковий писар Ніжинського полку Іван Миколайович Романовський, парафіянин цієї ж церкви.
Прапрадід мореплавця Стефан (Степан) Лисянський був покозаченим шляхтичем, що обіймав старшинську посаду у Війську Запорізькому. Після повернення з кримського полону він оселився на фільварку біля сотенного містечка Чорнухи Лубенського полку. Прадід Юрія Семен Лисянський був бунчуковим товаришем та полковим осавулом, загинув у військовому поході 1712 року. Дід Герасим також продовжив військову династію.
Батько Юрія — Федір Герасимович Лисянський народився 1735 року, "перво служив при письменних указних справах в сотенній Ічнянській канцелярії й Прилуцькій полковій лічільній комісії декілька год". Пізніше, вже будучи при Київській духовній консисторії канцеляристом, він обрав духовну кар'єру і 1760 року, був рукоположений священиком у Ніжин. Помер 1803 року, передавши парафію старшому сину Івану Федоровичу Лисянському.
Старший брат Юрія — Ананій Федорович Лисянський, також навчався в кадетському корпусі; брати листувались.
Дядько Дем'ян Герасимович Лисянський з 1744 року служив у сотенній Ічнянській канцелярії та Прилуцькій полковій лічильної комісії, 1762 року — значковий товариш, потім — сотник в Заньківській сотні Ніжинського полку. У 1782 році — бунчуковий товариш, далі — предводитель дворянства Борзнянського повіту. Другий дядько Іван Герасимович Лисянський — з 1764 року значковий товариш, потім войсковий товариш.
В десятилітньому віці, як вважають, завдяки підтримці впливового земляка канцлера О. А. Безбородька, Юрія прийняли на навчання до Кронштадського морського кадетського корпусу. У зв'язку з початком російсько-шведської війни 1788-1790 років відбувся достроковий випуск гардемаринів. Серед випускників "за мічмана" був і 15-річний Ю.Лисянський, який отримав свій перший офіцерський чин та був направлений на службу до ескадри адмірала С. К. Грейга на фрегат "Подражислав". Бойове хрещення Ю.Лисянський прийняв у морській битві біля острова Гогланд 6 липня 1788 року. Вже у першому бою Лисянський заслужив похвалу капітана корабля, який побачив в молодому гардемарині здібного офіцера. Після закінчення бойових дій на Балтиці Лисянський протягом трьох років ніс службу на бойових кораблях російського флоту. У 1793 році отримав чин лейтенанта флоту.
В кінці 1793 р. Ю. Лисянського та І. Крузенштерна, разом з групою молодих флотських офіцерів, відрядили для проходження морської практики у Велику Британію, де їх зарахували волонтерами на кораблі ескадри Ф. Муррея. На британському флоті Лисянський прослужив добровольцем близько 6 років. У цей час він здійснив кілька далеких плавань: побував біля берегів Північної Америки та мису Доброї Надії, плавав до Ост-Індії, довгий час жив у США (1795-1796), побував у Філадельфії, Бостоні, Нью-Йорку, де особисто зустрічався з першим американським президентом Джорджем Вашингтоном. Як доброволець британського флоту, Лисянський брав участь у військових операціях проти французів. У 1796 році, при взятті фрегата "Єлизавета", отримав контузію голови. Під час подорожів переніс жовту гарячку, яка ледве не відняла у нього життя.
1799 року Лисянський повернувся до Російської імперії, отримав чин капітан-лейтенанта і був призначений капітаном на фрегат "Автроїл". У 1803 р. Лисянський переклав з англійської мови і опублікував велику роботу Джона Клерка "Движение флотов", у якій була представлена нова тактика ведення військових морських операцій. 1803 року за хоробрість та участь у 18 морських кампаніях Юрія Лисянського нагородили орденом святого Георгія 4-го ступеня. Серед його нагород — золота шпага "За хоробрість".
У 1798 р. соратник Ю.Лисянського по кадетському корпусу, нащадок баронського німецького роду з Естляндії Адам Іоганн фон (Іван Федорович) Крузенштерн подав на розгляд керівництва проект першої навколосвітньої російської експедиції. Але військове командування та державні чиновники відхилили цей проект через брак кораблів, досвідчених офіцерів, матросів та науковців, здатних здійснити таку подорож. Натомість ідею навколосвітньої подорожі підтримала недержавна Російська-Американська торговельна компанія, яка профінансувала підготовку експедиції. Її керівником призначили Крузенштерна, а помічником став Лисянський. У вересні 1802 року Юрія Лисянського було відряджено за кордон з метою придбання кораблів для майбутнього плавання. В Лондоні він придбав два шлюпи "Леандр" та "Темза", які на початку червня прибули до Кронштадту, де й отримали нові назви — "Надія" та "Нева".
7 серпня 1803 року о 10 годині "Надія" та "Нева" знялися з якоря і відбули з Кронштадтського рейду. Під час всього плавання Лисянський був капітаном шлюпу "Нева". Його команді доручили доставити вантаж у російські колонії на острові Кадьяк та на берегах Аляски.
Перші дні плавання супроводжувалися жорстокими штормами. Проте від самого початку члени екіпажу регулярно проводили астрономічні, метеорологічні, гідрографічні спостереження, здійснювали збір та систематизацію різноманітних географічних даних. До середини грудня кораблі Крузенштерна та Лисянського підійшли до острова Св. Катерини, де команда "Неви" провела терміновий ремонт пошкоджених щогл. На шляху до Маркізьких островів Лисянський затримався на декілька днів на острові Пасхи, де провів астрономічні спостереження та уточнив координати острова. Крім того Лисянський склав словник мови місцевого населення. Подальший шлях "Неви" лежав до берегів "Російської Америки" — російських торговельних фортів на півночі Аляски.
Розминувшись з Крузенштерном біля Гавайських островів, Лисянський взяв курс до острова Кадьяк. Після двадцяти трьох днів важкого плавання Лисянський прибув до берегів Аляски. Тут команда "Неви" на чолі з капітаном взяла участь російсько-індіанській війні. Зокрема, разом з військами "правителя Російської Америки" О. А. Баранова (1746-1819), на своєму шлюпі "Нева" та інших судах, Ю.Лисянський здійснив атаку на захоплений індіанцями-тлінкітами форт на острові Сітка. Фортеця була захоплена за 4 дні (1-4 жовтня 1804 р.). Обидві сторони понесли суттєві втрати у живій силі, зокрема загинули троє членів екіпажу "Неви". Згодом команда шлюпу "Нева" під керівництвом Ю.Лисянського взяла участь у будівництві нового форту, що отримав назву "Ново-Архангельськ" (зараз місто Сітка, США).
Під час півторарічного перебування на Алясці та у Тихому океані, Лисянський склав докладний опис островів Кадьяк та Сітка, склав надзвичайно точні мапи узбережжя Аляски. У вересні 1805 року "Нева" завантажила на борт хутро і вийшла у відкрите море, взявши курс на Маріанські острови. Через кілька днів шлюп "Нева" впритул підійшов до коралових рифів на Гаваях, де й сів на мілину. Таким чином Ю.Лисянський відкрив раніше нікому невідомий безлюдний острів, який отримав назву "Острів Лисянського". Неподалік відкрили раніше не позначений на карті кораловий риф. Його Лисянський назвав "рифом Крузенштерна".
3 грудня 1805 року на рейді Макао відбулася зустріч "Неви" та "Надії". Подальший їх шлях проходив біля берегів Китаю, Індії, мису Доброї Надії. Відійшовши в лютому 1806 року від берегів Китаю, шлюпи до початку квітня наблизились до берегів Південної Африки. Тут вони потрапили у смугу густого туману і знову загубили один одного. Врахувавши, що запасів провіанту та питної води на судні лишилося лише на три місяці, Лисянський вирішив йти до Європи не заходячи в жоден порт. Довгий шлях із Південного Китаю до Портсмута "Нева" пройшла за 142 дні, не отримавши при цьому жодних пошкоджень та втрат. До цього жоден корабель з Європи не ставив подібних рекордів у швидкості плавання.
5 серпня 1806 року "Нева" увійшла до гавані Кронштадту. А ще за два тижні повернулася й "Надія", очолювана А. І. Крузенштерном. Таким чином Ю. Лисянський першим у російському флоті здійснив навколосвітнє плавання, здійснивши при цьому ряд географічних відкриттів, зробивши внесок у вітчизняну океанографію, етнографію та інші науки. (Треба відзначити, що неузгодженість дій Ю.Лисянського з керівником експедиції А. І. Крузенштерном, призвела до певного охолодження у їх подальших стосунках). Коштовний подарунок — золоту шпагу — зробила своєму капітану команда "Неви". Від держави Ю. Лисянський одержав чин капітана ІІ рангу, орден Святого Володимира ІІІ ступеня, премію та довічну пенсію. У 1820 році король Швеції за успіхи у мореплавстві нагородив Ю.Лисянського "Королівським Орденом Меча".
Після звершення експедиції Ю.Лисянський деякий час служив на кораблях Балтійського флоту та готував до друку щоденники навколосвітньої подорожі. Але видання книги несподівано наштовхнулося на опір чиновників військового відомства та цензури. Протягом трьох років цензори гальмують видання книги Ю.Лисянського, мотивуючи тим, що вона містить "чимало погрішностей проти правил російського нарєчія". (У той самий час аналогічна книга А. І. Крузенштерна була видана за державний кошт російською та німецькою мовою). 1809 року, отримавши остаточну відповідь, що "у такому вигляді книга надрукована за казенний кошт бути не може", ображений Ю.Лисянський подав рапорт про відставку в чині капітану І рангу і став готувати до друку опис своєї подорожі власним коштом. 1812 року за 18000 карбованців власних збережень він видав двотомник "Путешествие вокруг света на корабле "Нева" в 1803-1806 годах", який супроводжувався великим атласом ("Собрание карт и рисунков к путешествию Ю. Лисянського"). Книга вийшла тиражем 1200 примірників, а "Собрание карт" мало значно менший тираж (кілька сотень примірників). Ю.Лисянський сподівався за рахунок реалізації книги повернути витрачені кошти, але цього не сталося. Російська публіка не цікавилася географічними відкриттями та морськими подорожами. Отже, через книготорговельну мережу було продано не більше 200 примірників видання.