Натомість, у 1813 р. Ю.Лисянський їде у Лондон, де живе 1,5 роки. Він самотужки перекладає свою книгу англійською мовою, значно доповнивши її науковою інформацією, кольоровими картами та малюнками. Англійське видання "Подорожі" Ю. Лисянського, відоме під назвою "A Voyage round the world in the years 1803, 4, 5, 6: performed, by order of His Imperial Majesty Alexander the First, Emperor of Russia, in the ship Neva 1814", громадськість зустріла з більшим ентузіазмом: вже за два тижні розійшлася майже половина тиражу видання. Примірник книги Ю.Лисянського у розкішнній червоній саф'яновій палітурці із золотими обрізами зберігається у бібліотеці англійської королеви в Лондоні. Зібрані Лисянським колекції мушель, коралів, етнографічних матеріалів та зброї стали надбанням наукової громадськості та зберігаються у музеях Санкт-Петербурга.
Останок свого життя Юрій Лисянський провів у відставці, займаючись вихованням дітей. Влітку родина проводила час в маєтку дружини мореплавця Шарлотти Карловни Жандр (уродженої де Брюнольд) у селі Кобріно біля Гатчини (під Санкт-Петербургом), який в свій час належав прадіду А. С. Пушкіна Абраму Ганнібалу (Будинок Ганнібалів-Лисянських у с. Кобріно згорів у серпні 2018 року). Взимку родина перебиралася до Петербургу, де Ю. Ф. Лисянський 1833 року збудував будинок. Родина мала 7 дітей. Один з синів мореплавця Юрій Юрійович Лисянський (помер у 1852 р.) змінив кар'єру військового на священичий сан і став схимонахом Афонського Пантелеймонового монастиря — старцем Григорієм. Молодший син Платон (Лисянський Платон Юрійович) продовжив справу батька — був віце-адміралом, займався реформуванням російського флоту під час переходу від вітрильного до парового судноплавства, був видавцем та упорядником "Морского сборника".
Помер Юрій Лисянський 26 лютого 1837 року у Петербурзі, його поховали на цвинтарі Олександро-Невської лаври. На його могилі на зібрані морськими офіцерами кошти поставили пам'ятник, ескіз якого намалював сам мореплавець. На постаменті лежить залізний якір, там же викарбували епітафію, яку склав він сам:
Прохожий, не тужи о томъ,// Кто кинул якорь здесь. // Он взял съ собою паруса, // Под коими взлетитъ въ предѣлъ небесъ.
Ім'я Юрія Федоровича Лисянського носить острів на Гаваях, півострів на Алясці, протока, річка, гора на Сахаліні. Пам'ять мореплавця увічнена в Україні. Нині на центральній вулиці Ніжина сусідують церква Івана Богослова з будинком протоієрея Федора Лисянського, пам'ятник його сину-мореплавцю (скульптор К.Годулян, 1974 р.) та бібліотека Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя з Музеєм рідкісної книги, де зберігаються книги, подаровані Ю. Ф. Лисянським: перекладена ним з англійської мови книга "Движение флотов" Джона Клєрка (ч.1-2, 1803), двотомник "Путешествие вокруг света на корабле "Нева" (1812) та великий атлас "Собрание карт и рисунков к путешествию флота капитана Юрия Лисянского на корабле "Нева" (1812). Архівні документи свідчать, що Ю.Лисянський особисто у 1824 та 1827 рр. передав два комплекти свого видання для бібліотеки Ніжинського Ліцею кн. О.Безбородька. У 2018 році в Музеї рідкісної книги Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя відкрилася Музейно-меморіальна кімната "Мандрівник козацького роду", присвячена навколосвітньому мореплавцю Ю. Ф. Лисянському. На його честь названий літак авіакомпанії "Аерофлот" "Ю. Лисянский".