Композиція твору, яка складається з трьох частин, відображує три сходинки духовного вдосконалення Джонатана Лівінгстона: І – усвідомлення істини, ідеї свободи; ІІ – досягнення досконалості; ІІІ – прагнення поділитися знанням вищої істини з учнями, щоб вони також втілили ідею Великої Чайки – всеосяжну ідею свободи.
Перша частина зображує духовне пробудження Чайки Джонатана Лівінгстона, який прагне змінити своє життя та не вдовольняється подіями буденного життя. Джонатан цілком віддається вивченню польоту як мистецтву і способу буття, а не як способу переміщення у просторі для здобуття їжі. Після вигнання зі Зграї Лівінгстон веде життя відлюдника, повністю віддаючись вдосконаленню майстерності польоту. З відмовою від усього старого Джонатан закінчує своє земне існування. Друга частина присвячена зображенню прекрасних Небес, які допомагають Джонатану зрозуміти головне: його можливості безмежні. У новому світі він знаходить своїх справжніх братів, справжню Зграю, знайомиться з мудрою чайкою-старійшиною – Чіангом, який стає наставником Джонатана і вчить його переміщатися зі швидкістю думки у просторі і часі. У процес пізнання залучаються не тільки тіло, інтелект, але й дух, тому наблизитись до знань, за Р. Бахом, – це означає здобути цілісність, досконалість. У третій частині твору Джонатан приймає рішення повернутися з пташиного Раю на Землю, щоб навчити бажаючих майстерності польоту і пробудити в них прагнення до досконалості. Незабаром він передає роль наставника першому учневі Флетчеру Лінду, а сам залишає земний світ заради подальшого шляху вдосконалення. Твір закінчується символічною сценою вічного польоту – пізнання-любові.
1 частина – "Пробудження", 2 частина – "Досконалість", 3 частина – "Вічність".