Повісті-притчі притаманний глибокий алегоричний зміст, і читач розуміє, що йдеться в ній не про чайок і не про польоти. "Чайка Джонатан Лівінгстон" – це роздуми про призначення людини, про її прагнення до свободи та самореалізації. Обираючи алегорією людини образ чайки, білого птаха, автор одночасно апелює до міфологічного аспекту культури (Ікар, котрий на штучних крилах намагався долетіти до сонця; Беллерофонт, що на крилатому коні Пегасі здійснював подвиги й намагався злетіти на вершину Олімпу).