Основний конфлікт твору будується на протистоянні талановитого "дивака" Джонатана і його Зграї. Чайки в особі Старійшини одностайні і непохитні у своїй думці, що "не дано осягнути сенсу життя, бо він недосяжний", єдине, що вони можуть, — залишатися живим, поки вистачить сил". Але Джонатан не готовий прийняти такі правила, він з ними категорично не згоден, оскільки ним рухає надзвичайно сильне прагнення пізнання, мрія про більше: "Ми живемо, щоб пізнавати… бути вільними", а не витрачати весь всій час на пошуки риб'ячих голів.