Головний герой книги – мартин (чайка) Джонатан Лівінгстон. Ці птахи, як правило, живуть поруч із людиною, отримуючи від цього вигоду. Джонатан Лівінгстон скидається на каліфорнійську чайку, яких міг спостерігати письменник, коли навчався в Каліфорнії. Вони живуть колоніями і не можуть підніматися високо в небо, яке так манило до себе чайку Джонатана Лівінгстона.
Герой твору вирізняється серед інших чайок тим, що його бентежить безглуздість існування чайок, які живуть лише заради того, щоб здобути їжу. Джонатана манить небо, політ, він хоче вдосконалюватися, змінити не лише своє життя, а й Зграї.