Художній конфлікт повісті відбувається між сірою Зграєю і вигнанцем Джонатаном, а у третій частині твору – між Зграєю і сімома учнями Чайки Лівінгстона. Цей конфлікт розкривається через протиріччя батьки – діти, "низькі" турботи – прагнення до високого, невігластво – жага знань, злість – філософське розуміння доброти і любові. Акцентуючи увагу на навчанні, свободі, польоті й самопожертві, автор уводить сюжет твору до більш широкого літературного контексту через протистояння "двох світів": світу людської маси ("світу всіх", якому треба підкорятися) і світу героя ("світу мрії"), що протиставляє себе іншим, шукаючи свій ідеал. На мою думку, Джонатан подолав цей конфлікт, але такий шлях чекає на багатьох його учнів і послідовників.