Мануел Пінту да Фонсека (порт. Manuel Pinto da Fonseca, 24 травня 1681, Ламегу — 23 грудень 1773, Валлетта) — 68-й великий магістр Мальтійського ордена (1741-1773).
Мануел Пінту да Фонсека народився в Португалії, в дворянській сім'ї. Його батьком був алькальд Мігел Алвару Пінту да Фонсека. Аж до свого обрання в гросмейстери Мальтійського ордена 18 січня 1741 року Мануел був одним з братів-лицарів кастильского "мови" (відділення) цього ордена.
У 1749 році, 29 червня, за допомогою охоронця та Фонсекі Кассара був розкритий підготовлений турецьким візиром Мустафою-пашею змова рабів-мусульман на Мальті. Повстання рабів було придушене в самому зародку, а 29 червня з тих пір зазначалося щорічно як національне свято.
При Мануеле Пінту да Фонсека було закінчено будівництво корпусу для кастильского "мови" ордена Auberge de Castille et Leone, розпочате ще в 1574 році і є донині однією з архітектурних пам'яток Валлетти. Як великий магістр і глава держави-ордена, Мануел П. да Фонсека приділяв велике значення розвитку культури і мистецтв на Мальті. У роки його правління на Мальтійських островах був відкритий державний університет загальних знань, нині це Університет Мальти. У зовнішній політиці да Фонсека підтримував дружні стосунки з правлячими в Європі монархіями, в той же час він збільшив і модернізував орденську армію. У 1768 року да Фонсека виганяє з Мальти єзуїтів і закриває на острові єзуїтський Collegium Melitense, замінивши його університетом.
Мануел Пінту да Фонсека був близьким другом відомого містифікатора, авантюриста і алхіміка Алессандро Каліостро.