Король прийняв гетьмана з усіма можливими в цій ситуації почестями. Під час переговорів, у яких взяв участь і командуючий гетьманськими військами Войнаровський (його відрекомендували королеві як фельдмаршала), вони домовилися про спільну боротьбу проти росіян.
Карла XII дещо збентежило те, що гетьман має при собі таке незначне військо. Мазепа пояснив, що основні його сили воюють у Литві, будують Петербург, перебувають на Запоріжжі. Одне слово, зумів переконати короля, що сили йому в разі потреби не забракне, і запросив Карла XII до Батурина.
Але Батурин у цей час вже взяли в облогу російські війська на чолі з Меншиковим. Гарнізон і жителі гетьманської столиці мужньо боронилися і, напевне, дочекалися б допомоги. Але знайшовся зрадник зі старшини — Іван Ніс. Він уночі перекинувся до росіян і показав їм таємний хід до міста. Це й вирішити долю обложених. Удершись посеред ночі до Батурина, росіяни вирізали все його населення. Всіх до єдиної. Це варварство російських солдатів буквально приголомшило Мазепу та Карла XII, обурило всю Україну, викликало гнів запорожців. Ні про який союз із росіянами не стало й мови.
Кошовий отаман Кость Гордієнко, який досі мав підозру на Мазепу, що він зраджує Україні на користь російського царя, негайно зібрав козаків на раду. Вона ухвалила: невідкладно рушати на з'єднання з гетьманом та Карлом XII. А тих, хто тягнув за Росією, козаки побили та розігнали.
У березні 1709 року під містечком Царичанкою сталася перша велика битва запорожців із трьома тисячами російських драгунів під командою генерала Кемпеля. Українці розгромили російське військо і, захопивши понад 100 драгунів у полон, пішли далі, до Келеберди. Ще одна битва — і козаки К. Гордієнка, талановитого українського полководця, знову перемагають російські війська. За якийсь час усе межиріччя Орелі й Ворскли на Полтавщині стало чистим від російських військ та гарнізонів. Перемоги запорізьких козаків спонукали тисячі полтавчан узятися до зброї та приєднатися до них.
Збільшуючись, військо кошового отамана незабаром до-сягло Диканьки на Півночі Полтавщини і там приєдналося до війська гетьмана Мазепи. Тепер під орудою Мазепи було близько 18 тисяч воїнів (понад 15 з них прийшли з Гордієнком). Козацьких вождів запросив на прийом до своєї ставки в Будищах король Карл XII. І дуже здивувався, коли не тільки гетьман, який чудово володів латинською мовою, а й кошовий Гордієнко привітав його добірною латиною. Тогочасна освіченість багатьох українців не раз вражала іноземців.
Після переговорів Гордієнко отаборив своїх козаків поблизу Нових Санжар. Але тут до нього почали надходити лихі звістки: про зраду полковника Гната Галагана, який, стоячи з полком у Чигирині, почав слати донесення Меншикову і видавати росіянам на смертну кару тих козацьких офіцерів, що виступали проти російського засилля; про постійні сутички з росіянами гарнізону Січі, де за кошового зоставсь Петро Сорочинський. А далі сталося щось неймовірно жахливе, таке, якого ще й світ не бачив. Здолавши невеличкі козацькі залоги містечок Маяк і Нехворощі, росіяни вирізали всіх мешканців, не давши пощади навіть жінкам та малим дітям, а самі містечка зруйнували і попалили. Зрівняли, як кажуть, із землею.
Україна здригнулася од варварства росіян. Навіть тричі кляті вороги — турки й татари — не доходили до такого дикунства, щоб стинати голівки немовлятам. Тож чи варто дивуватися, що новий кошовий отаман Січі П. Сорочинський при всьому козацькому товаристві оголосив себе ворогом Росії, хоч досі тримався поміркованої політики щодо росіян.
І князь Меншиков дістав наказ Петра І: зруйнувати Січ та перебити всіх, хто там зараз є. А тим часом росіяни, приєднавши до себе загони донських козаків, захопили містечко Келеберду. Жодного з його мешканців теж не зосталося в живих, а оселі їхні поглинув вогонь. Тобто російський уряд і російське командування демонстрували Україні й цілому світові, що відтепер вони мають намір воювати тільки на цілковите винищення українців — засобами геноциду.
Тисяча козаків захищала містечко Перевалочну. Ясна річ, не могла вона протистояти великій армії росіян. До зброї взялось усе чоловіче населення. Але його було мало. І — настала смерть. Поспільна. Для всіх. Багатьох завойовники попалили живцем, позамикавши в оселях.
Збагнувши, що на Січ, де було лише 1000 козаків — здебільше поранених, хворих і літніх, які не могли піти з Гордієнком, — насувається по-справжньому безжальна азійська орда, Сорочинський подався до Криму — просити допомоги в татарів. А російські війська тим часом облягали саму Чортомлицьку Січ. Козаки захищалися мужньо і довго. Кілька штурмів росіян відбили з великими для нападників втратами. Коли ж відчули, що далі вже битись несила, кинулись у Дніпро — шукати рятунку в плавнях.
Декілька козаків піддалося на вмовляння зрадника Гната Галагана. Він від імені командування російської армії запевняв; ті, хто складе зброю, дістануть помилування. Але з полоненими росіяни розправилися так само люто, як і з жителями численних міст і сіл, через які ця орда вже пройшла.
Спаливши всі будівлі Січі, росіяни почали в'язати плоти. Ставили на них шибениці і пускали повішених полоненців за водою Дніпра. Та й цього їм здалося замало. Вони зважились на варварство, до якого в Україні не вдавався жоден завойовник, — заходились розкопувати велике й давнє козацьке кладовище і викидати з могил останки українських лицарів! При цьому, зважте, йдеться не про зруйнування могили якогось там одного невгодного, як-от, наприклад, поляки зруйнували усипальницю Б. Хмельницького. Йдеться про знищення всього козацького кладовища. За свідченнями очевидців, що дійшли до нас із передаваних з покоління в покоління переказів козаків, які вціліли у плавнях, серед інших сплюндровано також могилу славетного воїна України Івана Сірка. Кістки його росіяни розкидали по степу, але потім козаки їх визбирали і зберегли для нащадків.
Дізнавшись про зруйнування Січі, Петро І видав наказ про те, щоб будь-якого запорозького козака, де б він не потрапив до рук росіян, катували до смерті. Завважте, не карали на смерть, а "катували до смерті". Отож, говорячи про израду" гетьмана Мазепи, ми повинні передусім пам'ятати оті по-звірячому предметні уроки варварства, що їх Петрова Росія дала Україні, а тоді вже дослухатися до аргументів, якими і російська, і совєцька пропаганда підкріплювали свої постулати про згадану зраду. Один з них, на перший погляд, убивчий: незважаючи на універсали Мазепи, український, народ його не підтримав і до повстання проти Росії разом з гетьманом не пішов.
Але хто ж мав іти? Оті дрібні козацькі залоги, що полишалися в містах і містечках під пильним наглядом російської адміністрації, старі люди, жінки й діти? Ми вже бачили, що з ними творили "птенцы гнезда Петрова". А де ж поділася сила, що віддавна і звитяжно боронила рідну землю від усіляких орд? Частину її — правдами й неправдами — цар, як би ми б тепер сказали, мобілізував на будівництво своєї столиці і гноїв у таких лещатах, з яких важче було вирватись, аніж з турецької неволі. Це по-перше. По-друге, всі військові сили України росіяни завбачливо повиводили за її межі. Ще треба думати, що примусово. Боронь, Боже! Запросили приязно — як союзників. По-третє, Мазепа в очах українців і досі був високо нагородженим та "вірним слугою російського царя", тож чимало людей просто не вірило, що
Універсали справді виходять з канцелярії гетьмана. А насамкінець, головне: події настільки випередили Мазепу, що йому вже не було часу сформувати, відповідно налаштувати та озброїти велике військо.
4 квітня 1709 року Карл XII розпочав штурм добре укріпленої російськими військами та вірними козацькими підрозділами, Полтави. Та й поза Полтавою було чимало козацьких загонів, які виступали в цій війні на боці росіян. Принаймні, їх було не менше, ніж на боці шведів. Не здобувши міста штурмом, шведи почали його облогу. Вона тривала три місяці. За цей час на місце подій устиг підійти сам Петро І з великою армією.
21 червня шведи пішли на другий штурм Полтави. Але дух війська вже підупав. Не тільки через значні втрати, а й через те. що їхнього короля Карла XII тяжко поранило в ногу (це сталося за тиждень до штурму. Коли король оглядав позиції російських військ, поблизу розірвалося ядро).
Опис Полтавської битви зайняв би багато місця. Тому залишімо його історикам та баталістам, понадто, наслідки відомі, а самі повернімось до Мазепи.
По дводенних бойових змаганнях, вірні йому запорожці відступили до Дніпра разом із залишком шведських військ. Переправитися на правий берег гетьманові допоміг Кость Гордієнко. Він таки, зв'язавши до купи кілька човнів та настеливши на них дошки, допоміг переправитися й королівській кареті з пораненим Карлом XII. Самі ж козаки здебільшого пустилися плавом, тримаючись за гриви коней, чи хапаючись за щось інше, що нагодилось під руку.
220 козаків зосталося на лівому березі з 16 тисячами шведів — щоб затримати російську погоню в разі потреби. Проте шведське командування розпочало переговори з Меншиковим і своїх солдатів здало. Не маючи охоти йти разом з ними в полон, козаки кинулися у Дніпро, — воліли краще загинути в його холодних хвилях, ніж потрапити до рук ворогів, які вже показали, що вони чинять з полоненими українцями. Більша частина козаків, що воювали під командуванням Мазепи і Гордієнка, приєдналася потім до війська кошового отамана Сорочинського, і лише жменька пішла з гетьманом спочатку за Буг, а далі й за Дністер. Тут, у Бендеpax, 22 серпня (за іншими даними — 2 жовтня) 1709 року стомлений походами, війною і життям, Іван Мазепа помер. З усіма можливими почестями — з тілом його попрощався і король Швеції Карл XII — гетьмана поховали в церкві Святоюрського монастиря поблизу румунського міста Галаца.
Під час російсько-турецької війни, що спалахнула за два роки по смерті Мазепи, серед турецьких солдатів поширилася чутка про великі скарби, що їх нібито поклали до труни гетьмана. Повіривши цьому, купка турецьких мародерів видобула із землі домовину і, переконавшись, що ніяких скарбів там нема, кинула тлін гетьмана напризволяще. Та в складі турецького війська воював загін під командуванням П.