Але Петро І категорично відмовився підтверджувати будь–які статті нібито через воєнний час. Мовляв, недоречно укладати будь–які угоди, коли йде війна.
Скоропадський звернувся до Петра І з проханням, щоб українські козаки в містах залишалися під орудою своїх командирів — своїх старшин, а не московських офіцерів. Цар відмовив і в цьому.
Скоропадський просив царя повернути Україні зброю (гармати тощо), котру було забрано в Батурині. Звичайно ж, і в цьому було відмовлено. Не задовільнив прохання гетьмана, аби московські воєводи не втручалися у внутрішні справи України. Відмовлено також і в проханні не обтяжувати населення постоями численного московського війська.
Петро І зробив таку лицемірну заяву при відмові Скоропадському: мовляв, "… український народ має, з ласки царя, стільки вольностей, як ні один народ на світі". Яка ж то була ласка царя?
До Скоропадського був приставлений постійний наглядач у ролі міністра — стольник А. Ізмайлов, який мав стежити за діяльністю гетьмана. Він мав слідкувати також за полковниками, за всіма старшинами, прислухатися до розмов козаків і про все доповідати в Москву і в разі якогось "народного невдоволення" вдаватись до застосування "великоросійських полків". Столиця Гетьманщини була перенесена з розореного Батурина на кордон з Росією — в місто Глухів. Ізмайлов своєю брутальністю і зневагою викликав величезне обурення української адміністрації. Невдовзі його замінили іншим резидентом — це був Протасьєв, який втручаннями у внутрішні справи України перевершив Ізмайлова. Незважаючи на обіцянку Петра І не переслідувати козацьких полковників, які під час війни були на боці Карла XII і Мазепи, вони всі були заарештовані з родинами, частину їх заслано до Сибіру. Багато їхніх сімей було пущено по світу жебраками, бо в них було відібрано і землі і всі маєтності.
Петро І не зважав на українське правління. Часто він сам призначав полкову і навіть сотенну старшину з російських дворян чи представників інших національностей. Маєтки, конфісковані в українських старшин, роздавав своїм наближеним, які абсолютно не зважали ні на гетьмана, ні на його адміністрацію.
Землі та маєтки, які діставали російські землевласники в Україні, ставали центрами поширення нового кріпосництва. Адже їхні нові власники приводили з Росії своїх кріпаків і демонстрували українському панству всі принади безмежного володіння кріпаками. Це особливо подобалось тій частині української старшини, котра жадала швидше збагатитись і урівнятись у правах із російським дворянством.
Одночасно Петро І та його уряд інтенсивно використовували населення України для спорудження численних фортець, риття каналів, для будівництва на фінських болотах нової столиці імперії — Санкт–Петербурга, укріпленої лінії над Тереком, такої ж лінії біля Волги, біля Дону.
Козаки й прості селяни гинули не тільки на тих примусових роботах, а й у численних війнах, які провадила Росія. На ті війни забирали людей, відриваючи від власного господарства, з усім їхнім спорядженням. Крім того, Україна зазнавала великих економічних збитків і від законів, які приймав російський уряд для українського купецтва. Це і підвищення торгового мита, це і заборона торгувати із західними державами, це і спрямування товарів з України через абсолютно невигідні для неї балтійські порти, це і регламентація торговельних шляхів, через які тільки й можна було вивозити товари. Все це руйнувало українську вільну торгівлю.
Українська суспільність постійно деморалізувалася. Гетьман Скоропадський втрачав авторитет, частина підлеглих уже зверталась не до нього, а прямо до московських урядовців чи до самого царя. Крім того, російські чиновники охоче приймали скарги від усіх, щоб потім виступити в ролі миротворців і захисників українців.
Найбільшим ударом для української адміністрації було заснування в 1722 р. Малоросійської колегії із шістьох московських урядовців на чолі з бригадиром С. Вельяміновим. Ця колегія позбавляла гетьмана і тих невеликих прав, якими він ще володів. Вона мала приймати скарги від населення, розглядати ці скарги, контролювати фінанси в Україні; стежити, щоб козацька старшина, мовляв, не обтяжувала простих козаків. І це при тому, що в самій Росії кріпосництво набувало небаченого лиховісного розгулу. А тут — така турбота про звичайних хліборобів. Цей історичний спектакль уже тоді заклав основи державної політики підступності й фарисейства, коли за словами про добрі діла урядовців ховалися жахливі злочини імперського уряду.
Петро І навіть видав маніфест до українців, у якому повідомляв, що Малоросійську колегію засновано для того, щоб "народ український не був ні від кого обтяжений, ані неправими судами, ані утисками старшин". Ось таким миротворцем хотів виглядати Петро І та його уряд в очах українського населення, і все це було спрямоване на відрив народу від українського гетьманського уряду на дискредитацію його в очах народних мас.
Скоропадський звернувся до царя з протестом проти утворення Малоросійської колегії. Але, звичайно, йому було в усьому відмовлено. Терплячий, урівноважений гетьман цього разу не витримав наруги: він дістав серцевий напад і помер. Це було 3 липня 1722 р. Петро І заборонив обирати нового гетьмана.
Але українська старшина наставила наказним гетьманом Павла Полуботка. Це була людина досить освічена, енергійна та авторитетна, що відкрито відстоювала автономні права України. Він намагався відразу ж протидіяти Малоросійській колегії. Зокрема протидіяв контролю фінансів України, протидіяв розглядові скарг на українських урядовців. Він подав протест проти діяльності Малоросійської колегії, яка зверталася до Генеральної Військової Канцелярії (так називалась виконавча інституція гетьманської держави — уряд) з наказами як до підвладної установи. Він домігся того, що Сенат наказав Вельямінову звертатися до Канцелярії з повагою, радитись про ті заходи, які вона хоче здійснити в Україні.
Вельямінов був обурений і рішуче виступав проти цієї вимоги гетьмана. Проте Полуботок провів іще одну важливу реформу — судову. Він перетворив Генеральний суд у колегіальний орган, розгорнув боротьбу з хабарництвом, тяганиною у місцевих судах, встановив порядок подання апеляцій. І цим самим вибив із рук Малоросійської колегії, яка була створена ніби для захисту інтересів українського населення в судах, найважливішу зброю.
Звичайно ж, реформа Полуботка викликала величезне невдоволення в столиці Російської імперії.
Петро І викликав до Петербурга наказного гетьмана Полуботка, генерального писаря Савича, генерального суддю Черниша, ще кількох старшин і поставив вимогу скасувати всі ці нововведення. До того ж, старшину Стародубського полку було намовлено московськими урядовцями написати прохання, щоб урядовцями в Україні були тільки росіяни. У цій ситуації Полуботок зі своїми прихильниками пишуть петицію про повернення Україні її автономних прав. Розлючений Петро І дає наказ заарештувати гетьмана та його однодумців і кинути їх у Петропавловську фортецю.
"Історія Русів" наводить чимало фактів про розправу російських чиновників і особисто царя Петра з останніми українськими державцями. Тут, зокрема, оповідається, що государ звелів узяти їх на тортури і судити в Таємній канцелярії. А квартиру їхню на Троїцькій пристані огородити надійною вартою. Ця Таємна канцелярія, оповідає свідок тих подій, була несхожою на жодні цивільні чи духовні судилища з їхніми правами та обрядами.
"Була вона єдиною в своєму роді в цілому світі, подібно до святої римської інквізиції",— зі знанням справи констатує сучасник. У ній не приймали ні доказів, ні виправдань — ні письмових, ані свідкових, ні совісних, цебто під присягою. Особа, що не признавалась до вини, мусила витерпіти тортури в три прийоми, а наостанок — вогняним знаряддям, тобто, розпеченою залізною шиною і розтопленою сіркою.
Коли Савич на запитання царя, чи він знав про лихий замір його товаришів і земляків, які нібито душили баранів, куплених царем для розведення нової породи на півдні України, відповів чемно: "Не скажу вашесті",— то дістав за ту чемність запотиличника і був відправлений на тортури. Коли ж Петрові сказали, що ця відповідь є малоросійською чемністю, він не повірив і послав в Україну спеціальне посольство, щоб довідатись, чи й справді там є такий вираз — "вашесть" (тобто "ваша величність"), то виявилося, що такий вислів є. Це посольство коштувало російському урядові 70 рублів, що їх стягли, звичайно, із Савича.
"Історія Русів" розповідає, що коли Полуботкові був оголошений вирок, він сказав цареві Петру І такі слова: "Бачу, государю, і розумію, з якого джерела зачерпнуто злість твою, що не властива серцю твоєму і не пристойна характеру помазаника Божого. Правота і лагідність, суд і милість — суть єдине добро всіх монархів світу цього. І закони, що кермують усім взагалі людством і охороняють його від усякого лиха, є точне зерцало царям і володарям на їхнє становище і поведінку, і вони перші наглядачі й охоронці повинні їм бути. Звідкіля ж походить, що ти, о государю, ставлячи себе понад законами, мордуєш нас єдиною владою своєю і кидаєш у вічне ув’язнення, загорнувши до скарбниці власне майно наше? Провина, на нас стягувана, є лише повинність наша і повинність свята в усіх народах так шанована, а жодним чином не законоприступна і до осуду не належна. Ми просили і просимо іменем народу свого про милість до отчизни нашої, неправедно гнаної і без жалю плюндрованої, просимо поновити права наші і привілеї, урочистими договорами затверджені, що їх і ти, государю, декілька разів підтверджував. Народ наш підсилив і звеличив царство твоє добровільною злукою своєю в такий час, коли ще в ньому все було в стані немовляти і виходило з хаосу каламутних часів і майже мізерії".
І далі: "Поневолювати народи і володіти рабами та невільниками є справою азіатського тирана, а не християнського монарха, який мусить… бути верховним батьком народів. Я знаю, що на нас чекають кайдани і понурі в’язниці… Але, поки ще живу, скажу тобі правду, о государю, що прийдеться складати тобі звіт неодмінно перед царем усіх царів — Всемогутнім Богом — за погибіль нашу і всього народу".