Його недолюблювали козацькі старшини, які звикли до сваволі й здирств, які звикли писати на всіх доноси. Треба сказати, що доноси — це була спеціальна політика спочатку польського, згодом московського уряду, яка сіяла чвари між українськими старшинами й розколювала їхню єдність з часів Руїни. Така політика й допомагала московським царям прибрати до своїх рук Україну. Про це яскраво свідчить лист одного з чільних російських урядовців, князя Д. Голіцина до канцлера Головкіна: "Задля нашої безпеки треба насамперед посіяти незгоду між полковниками і гетьманом. Не треба виконувати прохань гетьмана. Коли народ побачить, що гетьман уже не має такої влади, як Мазепа, то, сподіваюсь, буде приходити з доносами. Треба, щоб в усіх полках були полковники, незгодні з гетьманом. Якщо між гетьманом і полковниками не буде згоди, то всі їхні справи будуть нам відкриті". У такий спосіб вдавалося урядовцям із Москви утворювати свої старшинські групи, купувати їх різними подарунками, пільгами, обіцянками, посадами, нацьковувати одну групу старшин на інших, гетьмана на старшину, старшину на гетьмана. Так було за І. Виговського, за І. Брюховецького, П. Дорошенка та інших гетьманів. Про це прекрасно знав Мазепа, і через те, певно, і була йому притаманна ота потаємність, про яку свідчать мемуаристи, брак відвертості навіть зі своїми наближеними. До останніх років він нікому не відкрив своїх планів, як він задумав відродити Україну. Про цю сторону його діяльності говорили його прибічники уже пізніше, підводячи підсумки практичних справ гетьмана.
Через те гетьман так ретельно виконував накази московського уряду — давав полки на "канальські" роботи, для воєн, ходив сам зі своїми військами і російською армією і проти татар, і проти турків. Його полки тримали в облозі чимало татарських і турецьких фортець на пониззі Дніпра під час російсько–турецької війни 1700 року Завдяки цьому Петро І зумів здобути Азов.
Ще одна цікава деталь, про яку повідомив шведський історик Альфред Єнсен. На початку XX ст. він написав дослідження про Мазепу й відзначив його освіченість, людську гідність, талант політичного діяча, але в той же час вказував на дві його вади. Це, на його думку, нерішучість і боягузтво. Бо, мовляв, Мазепа не проявив себе в походах як видатний полководець і герой. Але ж Єнсен забув, що українські козацькі полки на чолі з Мазепою боролись за чужі інтереси, це була боротьба, яка посилювала російський абсолютизм, від якого вони хотіли відбитися. Звичайно ж, здоровий глузд підказував Мазепі, що перемоги московських військ — це погибель для України. Що ж до нерішучості — тут варто подумати. Можливо, детальний аналіз його політичної кар’єри міг би підтвердити таку думку Єнсена. А можливо, ні, бо для рішучих політичних акцій потрібно мати твердий ґрунт. Чи була коли–небудь така твердь під ногами у цього гетьмана? З першого погляду здається, що таких сприятливих обставин у нього ніколи не було…
У той же час Мазепа мусив убезпечувати себе від звинувачень, переконувати царя, що він є послідовним виконавцем московської політики, у чому його постійно звинувачували і запорозькі козаки, і селяни, і частина козацької старшини. Говорили навіть, що Мазепа є тінню Москви в Україні, а душа його — в Москві, що він "бігає" часто до Москви, аби "навчитись", як гнобити свій народ.
Сам він був великим землевласником, мав великі маєтності й помилування в Московській державі. Петро І Мазепу відзначив селянами–кріпаками за вірну службу. Крім того, Мазепа був другою особою в Російській імперії, яка мала орден Андрія Первозванного. За клопотанням Петра І йому був присвоєний від австрійського цісаря титул князя Священної Римської імперії.
У своїй внутрішній політиці Мазепа намагався догодити своїй старшині, яка мріяла збагатитись, завести своїх кріпаків. Своїми універсалами (а він їх видав більше тисячі) Мазепа встановив у окремих північних полках одноденний чи дводенний відробіток селян на землях старшини. Він роздавав землі — старшина збагачувалась. Зростала й багатіла козацька верхівка, яка його ж і лаяла; з іншого боку, були невдоволені ним і селяни.
Водночас гетьман піклувався про зростання шкіл, монастирів, церков, друкарень. Він тим самим сприяв вихованню нового покоління освіченої еліти, яка мала б оточити його й продовжити його справу.
Власне, Мазепа розумів, що діти Руїни, ота стара козацька старшина, зіпсована перекупами й хаосом дикої сваволі, уже була нездатна до державотворчої праці. Потрібні були нові люди. І старий гетьман виховував їх. З одного боку — це підносило його авторитет. З іншого — народ і частина старшини його не дуже любили.
Та історична епоха Мазепи була вже іншою, ніж за часів Хмельницького. Якщо Хмельницький міг спертися на широкий рух народних мас, на всі верстви і стани українського населення, то за Мазепи народ вже не піднімався на боротьбу за визволення проти іноземної держави, бо ця держава була ніби своя — православна. Мазепа фактично був ідеологом української шляхетсько–козацької освіченої еліти і водночас був її найяскравішим представником. Та він не міг спертися на всю українську шляхту, яка була тепер роз’єднана на групи. Він вважав, що в цю епоху відродити державність України можна було не з допомогою народних мас, а з допомогою цієї еліти, якщо об’єднати її єдиною ідеєю. Тому він не зважав на соціальні потреби народу, а основну увагу перекинув на козацько–старшинську верхівку. До цього приєднуються в цій ситуації ще й зовнішні фактори. Б. Хмельницький міг протиставити Польщі союз з іншими державами. Мазепа не міг протиставити Росії такого союзу, бо Україні було категорично заборонено входити в стосунки з будь–якою державою. Мазепу звинувачували у зрадництві. Коли в 1707–1708 рр. в російській державі вибухнуло велике повстання донського козацтва на чолі з К. Булавіним, то Мазепа, вірний елітарній психології та ідеології шляхетсько–старшинського класу, не підтримав цього повстання. Але ж із точки зору можливостей відбитись від московської залежності, це було реальним рішенням. Так само, як його виступ проти народного повстання на Правобережжі в 1702–1704 рр. під орудою Семена Палія, який хотів віддати цю частину України під московського царя, аби звільнитись від Польщі. В тому і в іншому разі московський уряд змів би негайно гетьманську Україну разом з Мазепою, коли б гетьман опинився на боці повстанців. Тому не може викликати подиву той факт, що Мазепа на вимогу московського уряду заарештував і передав російським властям С. Палія.
Проте, ці діяння не сприяли популярності Мазепи ні серед селянства, ні серед запорозьких козаків, і він не міг мати від них ніякої підтримки в справі відбиття України від влади московських царів.
Ось чому, коли з’явився на європейському континенті талановитий шведський полководець і король Карл XII, який розгромив польські війська, а потім і російські, Мазепа вдається до переговорів з ним, намагається скористатись його силою для відновлення Української держави.
Так зароджувалася "зрада" Мазепи, зрада московському цареві, зрада тій колоніальній політиці, яку провадив російський уряд щодо України. Один із дослідників діяльності Мазепи історик Ілько Борщак писав про це: "Зрадник? Так. Але зрадник — зі зрадниками–царями, що з перших днів Переяслава зраджували Україну. Кривоприсяжник? Так. Але кривоприсяжник із кривоприсяжниками–царями, що присягали завжди заховати пункти Богдана Хмельницького, які навіть до останніх днів імперії фігурували в повному зібранні законів. Юда? Так. Але Юда з юдами, що продавали за тридцять срібняків українські землі у Вільно, Андрусові, Москві, Бахчисараї, Царгороді і навіть Відні і Лондоні. Проте ніколи Іван Степанович Мазепа не був ані зрадником, ані кривоприсяжником, ані Юдою супроти України, до якої був повний святої любові як до батьківщини".
Коли 1700 р. російський цар Петро І розпочав війну зі Швецією за прибалтійські землі, Україна й українські війська брали в ній активну участь. Шведський король Карл X!! розгромив російську армію і повів своє військо на територію Польщі. Саме тоді Петро І розпочав реформування своєї армії. Здається, що однією з причин невдач Мазепи було те, що він не зумів також вдатися до реформування свого війська — воно залишилося відсталим порівняно з військовими силами інших держав. Чи гетьман не розумів важливості таких новітніх перетворень, чи не дозволено було йому це робити російським царем — питання неясне. Але найлогічніше буде припустити: йому це не дозволялось.
Мазепа входить у зв’язок з новим польським королем Станіславом Лєщинським, як і з Карлом XII. Є підстави вважати, що Мазепа проводив переговори окремо з новим польським королем, ставлеником шведів Лєщинським, і окремо зі шведами. Справа виглядала так, що в ході Північної війни для України не було виграшної ситуації. Якщо перемогли б Карл XII і польський король Лєщинський, то Україна потрапила б під владу Польщі, і всі завоювання українців загинули б. Якщо перемога була б на боці Росії і старого польського короля Августа ІІ, союзника Петра, Україну поділили б обидві ці держави і рештки її державності були б остаточно знищені. Відомо, що коли над Україною з’явилась загроза вторгнення польських військ і Мазепа звернувся до Петра І, просячи військової допомоги, цар відповів: "Я не можу дати навіть десяти чоловік, борися, як знаєш". Отже, цар віддавав Україну на поталу ворогам. І взагалі хотів її знищити.
Цю думку підтверджують виявлений згодом в архіві французького міністерства закордонних справ проект Петра І від 1703 р., в якому планувалося усунути гетьмана силоміць від влади, винищити усіх козаків, українські землі віддати росіянам та німцям, ще "раз і назавжди знищити огнище ворохобників". Були й інші проекти: передати Україну в управління найближчому сподвижнику Петра — Меншикову або ж англійському герцогу Мальборо. Петро зраджував Україну і в часи переговорів з польським королем Августом II, обіцяючи йому віддати частину міст на Правобережній Україні і в Стародубському полку.
Мазепа розумів, що Польща ніколи не згодиться на окреме Русько–українське князівство й федерацію з ним; справа з Москвою була безнадійною, як і з Туреччиною і Кримом.