Міркування Пипіна про те, що українська мова та література — це щось провінційне, другосортне, викликало у Зіньківського справедливе обурення. В цьому він вбачав — і небезпідставно — те, що "саме це і є ота національна московська нетолерантність, що не стерплює тепер поруч з собою хоч би й невеличкої культурної самостійности вкраїнської... Ваша стаття тим дивна, що на підставі мовбито наукових, а справді непевних тез заперечується право на духове життя цілому великомільйоновому народові. Дивна ця стаття тим, що писала її людина, яка так палко воювалася проти тенденційности в науці д. Духинського, що так образив москалів своєю теорією. Та, мабуть, своє й чуже не однією мірою міряється" [1, VIII].
Дволикість та фальшивість так званих петербурзьких українських симпатиків та деяких українців Зіньківський розгадав ще під час навчання в Петербурзі, що знайшло відображення в незакінченому оповіданні "Кася". Свої почуття, тривогу і біль за себе, Україну, за український народ він вміщує в уста героя цього оповідання. На його очах виймали душу, нищили мову, "а вся інтелігенція вкраїнська мусить гартуватися в московщині на шкоду вкраїнству — і зникає в її думках повага і сила рідної мови, зневоленої бути мовою, що її починають соромитися вже й семилітки, почавши слебезувати московську граматику!.. Погляне він у каталог журналам — "Боже, яка сила, яка міць письменства і вся та сила, вся та міць ще більшою стає щодалі, то більш сковує кайдани духовні наші, а в нас нема нічого, а могло б бути. Читає він про те, як розвивається шкільна справа, як заводяться нові московські школи по вкраїнській землі — і не хотів би навіть знати про се! Боже мій! Я щиро бажаю просвіти рідному краєви, але хіба се просвіта? Се змоскалювання нашого народу, се тим міцніша перепина справжній його освіті, се національна деморалізація, се люта кара над бідним краєм нашим!" [1, XXXVI].
І скрізь, де б не пішов герой оповідання "Кася" — до театру, на публічні лекції, на вулиці, в установі, вдома, — він чує чужу мову, він бачить злочинства і глум чужої мови над своєю мовою, дорожчою для нього над життя і весь світ. І він зненавидів не тільки гнобителів, а й їхню мову.
Варварство дикої орди, що, як стихійне лихо, знищує, руйнує господарство, не таке страшне, як варварство культурне, що виймає душу народу, розмірковує герой оповідання "Кася", нищить його культурну і моральну сутність, асимілює назавжди. Таке варварство монополізує освіту, культуру, мову, "перекручує і краде чужу історію, навіть накидає іншим свої варварські гидкі ідеали деспотизму, ідеали, вироблені під батогом, кайданами од степового варвара і завинуті у ризи й омохвори патриярхів византійських та їх поміщиків лукавих..." [1, XXXVIII].Зіньківський відчував, що його сили танули, як віск: були такі періоди, що взагалі не міг навіть піднятися з ліжка. "Боже, що з ним зробилося! — записав у щоденнику В. Кравченко. — Ні голосу, ні тіла — сама кістка, що підпирається на паличку, у нього горлова сухотка. Боже, їсти теж нічого не хотів, хіба що картоплю, та ще хотів червоного перцю, котрого я не дав" (1).
Зіньківський сподівався ще покращити свій стан у Б. Грінченка, до якого поїхав 25 квітня 1891 р. По дорозі застудився і так ослаб, що не міг навіть написати листа. Та коли відступала хвороба, "він з запалом балакав про дорогу йому українську справу — тільки про неї та про те, що торкається до неї, він і міг тоді балакати. Він нарікав на кволу нашу діяльність, на наших, здебільшого ледачих діячів, він казав, що конче треба пропагувати вкраїнську сім'ю, бо без неї нічого не вдіємо. У його самого було безліч планів на всякі роботи — тих робіт стало б на 20 років принаймні. Він рвався до роботи, але не міг. Голубив думку писати історію вкраїнсько-руського письменства і прохав господаря, що виїздив до міста, купити йому деякі потрібні до тої роботи книжки. Він такий певний був, що не вмре, стільки душевної сили кипіло в йому, що, не вважаючи на його безнадійне становище, тим, хто з їм балакав, здавалося, що він не вмре, що він може одужати й одужає" [1].
Та лиха доля й тут не була прихильна до Зіньківського. Весна була затяжна й дуже холодна. Він мало бував на свіжому повітрі, якого йому так бракувало. Тому 30 травня 1891 року вирушає до Бердянська тяжко хворий. Він надіявся, що у ріднім краї, на півдні, йому допоможе морський клімат, родинне оточення, а тому взяв із собою чимало різних рукописів, частина з яких після смерті була втрачена.
'Див.: Київська старовина. — 1997. — № 3—4. — С. 173.
Чи міг знати Зіньківський, пишучи в червні 1889 р. у Петербурзі оповідання "Сон", що пророкує собі долю. Герой "Сну", розчарований у коханні, в хвилини розпачу згадує про рідну неньку, міркуючи, що лише вона по-справжньому любить його й розуміє, а тому повертається додому гоїти душевні рани:
"Ось він уже на порозі рідної оселі, ось уже зустріла його ненька-жалібниця, пригортає голову його до свого лона, цілує, на неї сльози ронить...
—Мамо, — каже він, ковтаючи сльози, — я до вас приїхав, мамо, увостаннє, щоб умерти...
—Що се ти говориш, синку, — перелякана питається мамуся.
—Так, мамо, я не жартую... Надто важка доля судилася твоєму синові, зломила силу його під надмірною вагою й лишилося її ще хоч стільки, щоб дістатися до рідного краю..., щоб не поховано мене на чужині ніким не оплаканого, нікому непотрібного, усім чужого, в чужу землю..." [1, 109].
Усе це фатально збіглося з долею самого Зіньківського. Переїзд до Бердянська, куди прибув ввечері 1 червня 1891 р., зовсім знесилив його. Батько та родичі проявили максимум уваги, щиро піклувалися, аби порятувати Зіньківського від смерті, яка вже чатувала за ним і ступала по його слідах. Останні дні Зіньківського минали то в маренні, то в лихоманці, то в нападах страшного кашлю, від чого батькове серце рвалося на шматки. А коли хвороба на певний час відступала, то читав, розповідав батькові про своє життя, адже лише тепер зізнався про одруження, про дочку Ангеліну, про те, що закінчив академію. За день до смерті Зіньківський спромігся написати листа Б. Грінченкові, в якому запитував, чи купив той необхідні книги для написання історії української літератури.
Та 8 червня 1891 р. (20 за н. ст.) о 5-й годині вечора Зіньківського не стало. Ховали його з військовими почестями, сумно грав військовий оркестр, у Вознесенському соборі зібралося чимало народу, поважних людей міста. Поховали його поруч з могилою матері 10 червня 1891 р.
Звістка про смерть Зіньківського пекучим болем обізвалася в серцях його друзів, всіх, хто шанував і любив цього великого мученика України. О. Кониський, Б. Грінченко, М. Комаров, В. Лукич відгукнулися на смерть спогадами-некрологами в часописах "Зоря", "Правда", В. Самійленко, О. Кониський присвятили пам'яті Зіньківського вірші, опубліковані у "Правді". "Він-бо належав до тих, що усю свою душу віддають за ідею і не знають іншого життя. До цього додавалася безмірна любов до рідного краю, широка освіта, талан. Він був з тих, що не знають різниці проміж словом та ділом, і йшов навпростець туди, куди посилало його пересвідчення [...].
З молодих діячів 80-х років, — писав Грінченко О. Кониському 14 липня 1891 р., — він був більший і од усіх наших діячів, опріче деяких небагатьох, якби прожив ще хоч десяток років"1.
Біль утрати ще довго не вщухав у серці Грінченка. У 1893 році він публікує у збірці "Під хмарним небом" поему "Беатріче Ченчі", зпосвятою Зіньківському, підготував до видання (за матеріальної підтримки М. Комарова) твори Зіньківського, які з'явилися друком у Львові 1893, 1896 рр., умістив їх до альманахів "Проліски" (1893), "Хвиля за хвилею" (1900). В. Кравченко розпочав збір коштів на надмогильний пам'ятник, який було встановлено у 1911 р., рівно через 20 років, з чорного мармуру, виготовлений у Житомирі майстром Олешкевичем. На ньому висічено слова В. Боровика:
Стражденник син стражденника народа,
Кришталь з його кривавої сльози —
Він не згинавсь, хоч як гула негода,
І не здригавсь від гуркотів грози.
Змагався навіть він з життям самим,
Коли людина ти — зітхни за ним!