Більшість з того, що за ці роки Кониський написав та зібрав (наприклад, роман "Не даруй золотом, та не бий молотом", три віршовані поеми: "Семен Палій", "Козак Розум", "На засланні", близько 20 тисяч слів для українського словника, великий збірник прислів'їв), у 1871 р., під час чергового трусу, було забрано поліцією і назавжди втрачено. Тільки в 1872 р. з Кониського зняли поліційний нагляд. Відтоді і до останніх днів — 12 грудня 1900 р. письменник жив у Києві.
Не був спокійним для Кониського і київський період життя. Хоча і в ці роки в діяльності письменника не було нічого революційного, він у сферах "охранителей" вважався людиною неблагонадійною, "ненавистным украино-филом". Не раз йому доводилося відбиватися від доносів відомих україно-жерів — професора Піхна (редактора реакційного "Киевлянина"), цензора Рафальського, зазнавати тероризування з боку шефа київських жандармів полковника Новицького, інколи роками жити під погрозою висилки в далекий
Туркестан. Особливо частим гостем у жандарма Новицького Кониському довелося бувати в 1885—1886 рр., коли галицькі москвофіли (Площанський, Марков, Наумович, Добрянський) зробили донос, ніби Кониський, буваючи в Галичині, веде пропаганду проти "православия и России", заважає їм, москвофілам, перетворити Галичину у "Львовскую губернию" та передати її під високу руку російського самодержця, займається ввозом в імперію заборонених видань тощо.
Зі своїми політичними ворогами Кониський не завжди добирав належних методів боротьби. Траплялось, що він шукав захисту у "сильных мира сего", навіть апелював до самого царя, заявляючи про свою політичну лояльність, а в полеміці з галицькими москвофілами, серед яких було немало платних агентів російського царизму, виходив за межі толерантності Тзд виступаючи проти "об'єдинительної" політики москвофілів, Кониський на писав брошуру "Етнографія слов'янщини", в якій об'єктом нападок зробив не російський царизм, а російський народ. Рішучу відсіч Кониському дав М. Драгоманов у статті "Науковий метод в етнографії".
Відсутністю повної згоди характеризувалися взаємини Кониського з "Київською старою громадою". У 70-х роках він розійшовся з нею через політичний радикалізм її лівих елементів (М. Драгоманов, М. Ковалевський, Ф. Вовк та ін.). "Відрізаною скибою" продовжує він лишатися і тоді, коли в "Старій громаді" взяли верх помірковано ліберальні діячі. Якщо у своїй основній масі ці діячі, вступивши в добу гнітючої політичної реакції 80-х років, виявляли млявість у громадському житті, то Кониського не залишала потреба публічної діяльності активної літературно-громадської роботи.
По натурі своїй Кониський був людиною діяльною, сповненою різносто-ронніх намірів. Та в умовах, коли царизм жорстоко придушував розвиток української культури, літератури, а в 1876 р. видав варварський Емський указ про заборону українського друкованого слова, письменник не міг знайти повного застосування своїм силам на Наддніпрянській Україні. Щоправда, інколи він звертався до російських часописів ("Вестник Европы", "Русская мысль", "Страна", "Юридический вестник" та ін.), друкував там свої публіцистичні та літературно-критичні статті, переважній частині котрих, як відзначив М. Драгоманов, були властиві "тенденції демократичні і поступові". Не залишав Кониський і спроб розбити кам'яний мур царських заборон українського друкованого слова. До речі, одна з таких спроб закінчилася виходом у світ літературного альманаху "Луна" — першої книжки на Наддніпрянській Україні після Емського указу. Якщо виданий М. Старицьким у 1883 р. альманах "Рада" І. Франко порівняв з "першим весняним громом по довгих місяцях морозів, сльоти та занепаду", то виданий Кониським на два роки раніше альманах "Луна" (до речі, не без допомоги М. Ста-рицького) можна назвати першим передвісником того "першого весняного грому".
А втім, подібні "весняні громи" були рідкісним явищем на тогочасному українському літературному небосхилі У зв'язку з такими дуже несприятливими обставинами Кониський з початку 80-х років головку свою діяльність переносить у Галичину,— цю, за його словами, "літературну Січ".
І соцїально-політичне обличчя Кониського, і суть його літературно-громадської діяльності, передусім тієї, яку він проводив у Галичині, стануть більш зрозумілими, якщо врахуємо таке проникливе судження І. Франка про цього суперечливого, дуже несталого у своїх поглядах та діяннях письменника: "Його жива, палка вдача переймалася всякими ідеями, але не держалася їх довго. Він бував і в рядах радикалів, і в рядах їх противників" .
На початку 80-х років Кониський справді зближується з галицькими радикалами, активно виступає на сторінках журналу "Світ" (1881—1882), де, як висловився І. Франко, "перший раз на грунті прогресивних ідей зустрілися галичани, російські українці й українські емігранти: Драгоманов, Вовк, з одного, Кониський, Нечуй-Левицький, Лиманський, Грінченко й інші, з другого боку" .
Цей "радикальний дух" виразно дає про себе знати також у "Листах з Полтавщини", з якими протягом 1884 р. виступав Кониський на сторінках газети "Діло". Оперуючи фактами, спостереженими в гущі живого народного життя, особливо ж багатими статистичними даними, Кониський-публіцист відтворив дуже сумну картину економічного становища пореформеного полтавського селянства, ствердив те основне положення, що селянство хоч І звільнилося від особистої кріпацької залежності, але потім в основній своїй масі потрапило в "інше, ще гірше, ще тяжче — економічне кріпацтво".
Коли журнал "Світ", який, за характеристикою І. Франка, був "першою пробою компромісу поступових і радикальних елементів усієї України — Русі" , у 1882 р. припинив своє існування, впродовж наступних восьми років (власне, до часу утворення в Галичині радикальної партії) здійснювалися інші проби компромісів щодо загальноукраїнських видань.
Кониський був не тільки постійним учасником таких компромісових проб, а й дуже часто брав на себе роль ініціатора, посередника між сторонами (наддніпрянцями і галичанами), між партійними угрупованнями (народовцями і радикалами), більш ніж інші його сучасники вірив у можливість створення такого загальноукраїнського друкованого органу, в якому і "праві" й "ліві" діяли б спільно, виявляли б згоду і взаєморозуміння.
Природно, що заходи такого характеру не могли бути ані тривкими, ані тривалими. Характеристика літературно-громадської і наукової діяльності Кониського була б неповною, якби ми не згадали, що ще на початку 70-х років Кониський і колишній кириломефодіївець Д. П. Пильчиков роздобули в полтавської поміщиці Є. Милорадович значний фонд, який, поповнившись внесками інших людей (М. Жученка, О. Кониського, Д. Пильчикова, С. Качали), став підставою для заснування 1873 р. у Львові Товариства імені Шевченка, завданням якого було "спомагати розвою руської (малоруської) словесності", в той час придавленої указом царського міністра Валуєва.
Оглядаючи в 1889 р. п'ятнадцятилітню діяльність Товариства імені Шевченка, яке знаходилося в руках галицьких народовців (С Качали, Ом. і Ол. Огоновських, Ю. Романчука та ін.), Кониський прийшов до невтішних висновків, констатуючи, що воно "не сповняло свого призначення", "обмежувалося удержуванням власної друкарні", в основному займалося комерційними справами. Отож Кониський як один з фундаторів став рішуче вимагати його реформи, висловив думку, щоб це Товариство перетворити в наукове, яке б "стало засновником будущої українсько-руської академії наук".
Наукова діяльність Кониського — передусім його праця по створенню біографії Т. Г. Шевченка, бо цією біографією Кониський забезпечив собі тривке місце в дожовтневому шевченкознавстві, в історії дослідження життя великого українського поета.
Цій праці Кониський присвятив, останні десять років свого життя. Він провів величезну роботу по збиранню необхідного матеріалу, відтак відвідав Звенигородщину, інші шевченківські місця на Україні, зв'язався з багатьма людьми, що знали Шевченка, роздобув чимало рукописів поета, його листи, спогади про нього, урядові документи тощо. На матеріалі, значна частина якого вперше вводилася в науковий обіг, як і на матеріалі" зібраному попередніми біографами, Кониський впродовж 1892—1897 pp. написав і надрукував — переважно в "Записках Наукового товариства імені Шевченка" та "Зорі" — понад двадцять нарисів і розвідок, в яких висвітлювалися різні періоди життя поета . На основі цих нарисів та розвідок, які ще не раз доопрацьовувалися, в ряді моментів поповнювалися новими фактами, Кониський склав ґрунтовну біографію Шевченка, що вийшла двома мовами — українською в двох томах (Тарас Щевченко-Грушівський. Хроніка його життя. Написав Олександр Кониський.— Львів, 1898.— Т. 1; Львів, 1901.— Т. 2) і російською в одному томі (Конисский А. Жизнь украинского поэта Тараса Григорьевича Шевченко, критико-биографическая хроника.— Одесса, 1898).
Тогочасна українська і російська критика прихильно зустріла книжку Кониського про Шевченка. Віддавав належне біографії і І. Франко, назвавши її "найдокладнішою з усіх, які досі були присвячені життю великого українського Кобзаря". "Книжка Кониського,— підкреслював І. Франко,— то не холодне оповідання, то гаряче возвеличення Шевченка, якого Кониський уважав найвищим цвітом, правдивим генієм і пророком українського народу" .
Сам Кониський не мав ілюзії щодо власного місця в історії літератури, усвідомлював, що це місце буде порівняно скромним. Можливо, саме тому він з особливим пафосом обстоював думку, що в письменстві мають вагу не одні лише генії та таланти першої лави, а й таланти середні Заслугу останніх він бачив у тому, що вони розносять думки й ідеї геніїв та великих талантів, орють і ралять духовну ниву, готують грунт під посів нових ідей і для зросту нового світоча. "Коли б люди чекали на самих лишень геніїв та поводатарів,— зауважував Кониський,— то й вимовити не можна, яку велику страту понесла б і наука, і письменство, і взагалі уся освіта й культура; поступ, коли б не зупинився, то певно б ішов воловою ходою" .
З першими прозовими творами Кониський виступив на початку 60-х років, майже на десять років раніше, ніж І.