Ліга видавала різні журнали атеїстичного спрямування, заснувала антирелігійні музеї, організувала 68 антирелігійних семінарів і т. п. Водночас іншим організаціям, зокрема профспілкам та Червоній армії, пропонувалося проводити активну антирелігійну пропаганду серед своїх членів.
Після смерті патріарха Тихона у квітні 1925 р. тимчасового провідника церкви митрополита Петра заарештували та вислали до Сибіру. Його наступника митрополита Сергія також заарештували, потім звільнили, але пізніше знову ув'язнили. З нових ієрархів, висвячених у сан на заміну репресованих, десять невдовзі заарештували. Але цей упертий опір справив таке враження на уряд, що змусив його замислитися над потребою компромісу, і в 1927 р. Сергій домовився з властями про ще один "спосіб існування" для церкви, після чого його звільнили.
З початком нової боротьби проти селянства партійно-радянське керівництво вирішило, що настав час відновити атаку проти церкви, особливо на селі.
Антирелігійна кампанія активізувалася влітку 1928 р. Протягом наступного року монастирі було закрито, а монахів заслано.
Згідно з законом, прийнятим 8 квітня 1929 р. релігійним організаціям заборонялося "створювати фонди взаємної допомоги, надавати матеріальну підтримку своїм членам, організувати спеціальні молитовні чи інші збори для дітей, молоді та жіноцтва, групи вивчення Біблії, літературні, ремісницькі, робітничі, релігійні та інші подібні гуртки чи філії, організовувати екскурсії, дитячі майданчики, відкривати бібліотеки, читальні, санаторії чи групи медичної допомоги". По суті, згідно з офіційним коментарем, церковна діяльність зводилася виключно до відправлення богослужінь.
22 травня 1929 р. були внесені зміни до статті 19 конституції: замість "свободи релігійної та антирелігійної пропаганди" проголошувалася "свобода релігійного поклоніння та антирелігійної пропаганди"; водночас наркомат освіти вніс нові зміни до шкільних програм: якщо раніше викладання в школі велося на основі нерелігійності, то відтепер воно мало бути виключно антирелігійним.
Разом з тим релігія процвітала. Звіти ОДПУ 1929 р. засвідчують посилення релігійних почуттів навіть серед промислових робітників. "Навіть робітники, які не приймали священиків минулого року, прийняли їх цього року", — зазначалося в одному з них.
Улітку 1929 р. ЦК провів спеціальну конференцію, присвячену питанням боротьби з релігією. У червні 1929 р. відбувся Всесоюзний з'їзд войовничих атеїстів. Протягом наступного року наступ на релігію посилювався з кожним місяцем по всій країні.
Природний інстинкт партійних активістів, справді ленінський погляд на релігію виступили назовні замість колишньої тактичної стриманості. Великий концентрований наступ на церкви розпочався наприкінці 1929 р. і досяг свого апогею у перші три місяці 1930 р.
Розкуркулення було слушною нагодою для атак на церкву та на окремих священиків. Партія дотримувалася погляду, що "церква — це агітпроп куркуля". Друкований орган ЦК, газета "Правда", 11 січня 1929 р. виступила з нападками на селян, "які співають приспів: "ми всі Господа діти" і заявляють, що серед них нема куркулів".
Перша хвиля репресій, що поглинула заможних селян, — "куркулів", супроводжувалася, як і слід було чекати, депортацією священиків. Визначення куркульського господарства, випущене урядом у травні 1929 р., дозволяло включати до цього розряду будь-яке селянське господарство, яке мало "нетрудові прибутки"; священиків саме так і окреслено (партійні агітатори, в гідному порівняння становищі, характеризувалися, навпаки, як "робітники"!).
Власті всіляко намагалися звинуватити священиків у зв'язках з вигаданими "куркульськими організаціями", що, на їхню думку, "мало особливо небезпечні наслідки, оскільки поруч з явними ворогами радянської влади значна частина релігійного люду — селяни — середняки та бідняки, обдурені священиками, часто брали участь у таких організаціях". Відомий випадок, коли в одному з сіл у 1929р. священик та група "куркулів" зірвали здачу зерна, причому у виступі брали участь і селяни-середняки. Головним винуватцем було визнано священика, його засудили до розстрілу, решту просто ув'язнили.
Заарештований священик, якого гнали маршем 50 чи 60 км від села Підвойське до міста Умані (разом із злочинцем, що вбив свою дружину, та злодієм, що вкрав корову), розповідав, як охоронець ганьбив його — "він уважав, що духівники були більші злочинці, аніж грабіжники та вбивці". Подібних, досить типових, епізодів можна навести безліч. У Запорізькій області 73-річного священика заарештували, після чого він помер у Мелітопольській тюрмі; церкву перетворили на клуб. Сільського учителя, сина іншого ув'язненого священика, також заарештували, після чого він безслідно зник.
У 1931 р. богословську семінарію в Маріуполі перетворили на робітничий гуртожиток. А поруч розмістили великий концтабір, де в наспіх зведених бараках, обгороджених колючим дротом, утримували 4000 священиків та деяких інших в'язнів. Від непосильної праці, голоду та знущань тут щодня помирало по декілька чоловік.
Не лише священики, але й кожен, хто так чи інакше був пов'язаний з церквою, не міг відчувати себе в безпеці. Типовий у цьому відношенні випадок стався на Полтавщині, у селі Михайлівка. У 1929 р. тут з ініціативи місцевих властей зруйнували церкву, а голову церковної ради та шістьох її членів засудили до 10 років ув'язнення в таборах.
Селянина могли позбавити громадянських прав і, врешті, розкуркулити лише за те, що його батько раніше був церковним старостою. Синів одного голови церковної ради, засудженого в 1929 р. до 10-річного ув'язнення, переслідували різними способами. Відмовили у видачі документів, позбавивши тим самим можливості залишити село; в колгоспі їм рідко давали роботу, а якщо й давали, то лише найпринизливішу. Врешті їх також ув'язнили.
У донесенні ОДПУ, яке надійшло із Західного району країни, його працівники висловлювали обурення тим фактом, що в одному з сіл місцевий священик насмілився "відкрито виступити проти закриття церкви" [!]. Але не лише священики намагалися врятувати церкви. Відомо чимало випадків, коли селяни, причому аж ніяк не заможні, намагалися запобігти руйнуванню своїх церков, і їх також заарештовували та депортували. Переслідування сотень тисяч селян під час колективізації часто були результатом не стільки соціального статусу, скільки релігійних вірувань цих людей.
Загалом селяни як тільки могли опиралися переслідуванням священиків і закриттю церков. Українська газета "Вісті" у номері за 10 жовтня 1929 р. розповідала про подібний випадок, що стався у с. Маркиха. Коли місцеві власті зобов'язали сільського священика здати державі 450 пудів зерна, селяни зібрали за нього цю кількість протягом півгодини.
Становище церкви, так само як і заможних селян, влада намагалася підірвати запровадженням все нових і нових податків. Атеїстичний журнал "Антирелігійний" (1930. № 1) із задоволенням констатував, що "податковий курс радянського уряду б'є по кишені служителів релігійних культів особливо боляче".
У селі Піски (Старобельської округи на Луганщині) власті обклали церкву великим податком. Сільчани виплатили його. Тоді окружна влада звеліла голові місцевої сільради взагалі ліквідувати церкву. Священика обклали великим податком на м'ясо. І знову село виплатило його. Але новий податок (м'ясом) призначили в такому розмірі, що село не змогло його сплатити. Священика одразу ж звинуватили в "підривній діяльності", яка виявилася в тому, що він опирався радянським податковим заходам. Його засудили до п'яти років ув'язнення, які він відбував на вугільних шахтах Кузбасу, в Сибіру, звідки уже не повернувся, а церкву закрили.
Нерідко церкву, закриту ще під час перших антирелігійних комуністичних атак 1918–1921 рр., більше так і не відкривали. Відомий випадок, коли сільчани охороняли свою вже давно закриту церкву і відбивали всі спроби зруйнувати її, що почалися в 1929 р. Врешті, у лютому 1930 р. за допомогою пожежної команди, що прибула з поблизького міста, до неї вломилися і зруйнували.
Процес колективізації супроводжувався закриттям місцевих церков. Рутинною справою була конфіскація ікон, які спалювали разом з іншими предметами релігійного культу. У конфіденційному листі одного з окружкомів партії від 20 лютого 1930 р. повідомлялося про п'яних солдатів і комсомольців, які "без масової підготовки… з власної ініціативи закривали сільські церкви, ламаючи ікони і погрожуючи селянам".
Переслідувань зазнавали всі релігії. Газета "Вісті" у номерах за 22–26 грудня 1929 р. повідомляла: у Харкові вирішили закрити церкву св. Димитрія і передати її клубові автомобілістів; у Запоріжжі вирішили закрити синагогу на Московській вулиці та передати приміщення місцевої лютеранської церкви Німецькому робітничому клубові; у Вінницькому окрузі вирішили закрити Немирівський монастир і суміжні церкви; у Сталінському окрузі вирішили закрити римо-католицький костьол і передати приміщення вірмено-григоріанської церкви в місті Сталіно клубові робітників Сходу; у Луганську закрили собор св. Михайла, церкви святих Петра і Павла та Христа Спасителя. Їхні приміщення в подальшому використовували для культурно-просвітньої роботи.
Більше того, закриття церков супроводжувалося переслідуванням будь-якої релігійної діяльності. Після закриття дев'яти великих церков у Харкові міські власті вирішили також "ужити належних заходів, щоб запобігти молитовним зборам у приватних домах після закриття церков".
У селі Вільшани, на Сумщині, як і в багатьох інших селах, було дві церкви. Першу з них — кам'яну — зруйнували і цеглою виклали дорогу, а другу — дерев'яну — розібрало і спалило сільське начальство. Церкви, як правило, закривали після шаленого тиску з боку верхніх ешелонів влади. "Рішення" місцевої сільради мали слугувати лише формальним прикриттям. Але це часто не допомагало навіть після серії арештів та інших заходів. Як і в випадку з самою колективізацією, "сільські сходи" часто були фальшиві. Здебільшого в них брали участь лише місцеві активісти. Або ж використовували просто напади "активістів" без будь-якої гри в конституційні процедури. За свідченням очевидців, спочатку заарештовували членів церковної ради, після чого "активісти" знімали хрести і дзвони, і врешті в "антирелігійному карнавалі" вламувалися до церкви, спалювали її ікони, книги та архіви, розкрадали персні, оздоблення ікон та інші коштовні речі.