В повести перед читателем предстают, традиционно для Распутина, "старинные старухи": Дарья Пинегина, Катерина Зотова, Наталья, Сима, а также герой-мужчина Богодул. У каждого из них в прошлом – тяжелая трудовая жизнь. Сейчас же они живут как бы для продолжения семейного (человеческого) рода, считая это своей главной целью. Распутин делает их носителями народных нравственных ценностей и противопоставляет им "обсевков" – тех, кому не дорога Матера, кто без сожаления покидает родные стены. Таков Андрей, внук Дарьи: земля предков и ее судьба не волнует его, его цель – большая стройка, и он спорит с отцом и бабушкой, отрицая их ценности.
Но, тем не менее, его Распутин не лишает полностью возможности "реабилитироваться" в глазах читателей (Андрей испытывает не понятное ему чувство, которое роднит его с Дарьей), тогда как, например, Клавка Стригунова, Петруха показаны автором иронично и зло. Отказывает в уважении писатель и "туристу" Воронцову, цыгану Жуку, которые также лишены чувства родины. Они без зазрения совести способны разорить кладбище – святое место памяти жителей Матеры. Разорение кладбища – лишь один из этапов уничтожения всей Матеры, чему и посвящено произведение.
Вообще композиция повести довольно расплывчата, она представлена как цепь событий, связанных, если так можно выразиться, лишь внутренним смыслом, хронологией. Все происходящее непосредственно касается Матеры, факта ее неизбежного (как подчеркивает автор) исчезновения, отсюда и все переживания ее жителей. Таким образом, композицию повести можно назвать внутренней, или смысловой: напряжение действительно нарастает, но проявляется это в постепенном осознании жителями того, что потеря Матеры неизбежна. Кульминацией является неожиданный финал, к тому же – открытый. Такое построение повествования нужно было автору, чтобы максимально приблизить в сознании читателей сюжет и персонажей к реальной жизни. То есть Распутин добавлял этим еще один штрих к общей картине своих героев, подчеркивая их "невыдуманность".
Все персонажи со значительной долей уверенности подчиняются системе противопоставления истинно деревенских жителей, с их кругом ценностей, и так называемых "обсевков". На этой основе можно рассматривать и средства, используемые автором для того, чтобы читатель понял, как он относится к тем или иным героям. Своим любимым героиням Распутин дает исконно русские, навевающие что-то деревенское, имена: Дарья Пинегина, Наталья Карпова, Катерина. Такого колоритного персонажа, как Богодул, он наделяет чертами, схожими с героем русских сказок лешим.
В противовес им Распутин награждает уничижительными именами неприятных для него героев – Клавка Стригунова, Петруха (в прошлом – Никита Зотов, впоследствии же переименованный для пущей схожести с балаганным Петрушкой). Прибавляет отрицательных черт таким персонажам и их речь – литературно бедная, с безграмотно построенными фразами, а если и правильно, то насыщенная штампами ("Понимать будем или что будем?"). Та же резкость, что звучит в речи "обсевков", видна и в их действиях, причем с известной долей жестокости: Клавка Стригунова и Петруха сжигают свои дома, Жук и Воронцов ругаются с материнцами, не понимая, почему те сопротивляются сносу кладбища.
Примечательно, что в повести положительные герои – старухи и дети (маленький Коля). И те, и другие беспомощны, по сути, и вытесняет "молодое племя". С другой стороны, это может говорить о том, что современное поколение принадлежит к разряду "лишних людей", оно потеряно, но в лице Коли мы уже сейчас видим надежду на возрождения нравственности. Тем не менее, даже среди молодых есть те, кого судьба Матеры волнует (пусть и неосознанно). Таков, как мы уже говорили, Андрей. Распутин изображает его смутные чувства при разговоре с бабушкой, то, как он не находит нужных слов. По-видимому, писатель считал его не окончательно "потерянным". Но в то же время, характерная деталь – Андрей не обошел в последний раз Матеру, не простился с ней, тогда как прощание со своими домами Настасьи и Дарьи Распутин изобразил подробно. Кроме того, "старинные старухи", в отличие от всех "официальных лиц" и молодого поколения, показаны как рефлектирующие герои, они нередко задумываются о смысле и цели своих жизней.
В подобных сценах важную роль играют пейзажные зарисовки. Природа располагает к таким размышлениям. Но та же природа может выявлять и отрицательные черты, подчеркивать непривлекательность таких героев, как Воронцов и Жук (картина разоренного кладбища в значительной мере принижает их образы), работники, пытавшиеся спилить "листвень" (беспомощность зародившегося прогресса перед вековым, народным); Павел и Петруха, вместе с Воронцовым заблудившиеся в тумане и безнадежно зовущие Матеру.
Распутин пишет о том, что старый, уходящий мир – единственная обитель святости и гармонии. Ведь действительно жителей (а точнее – в основном, жительниц) Матеры не волнуют никакие внешние проблемы, они живут в своем замкнутом мире. Именно поэтому так страшно для них проникновение внешнего, жестокого и агрессивного мира. От его воздействия Матера, подобно Атлантиде, уходит на дно.
Симпатия автора, безусловно, на стороне того древнего, исконно русского, что безвозвратно уходит из жизни. Сюжет повести связан с испытаниями, выбором, смертью. Остров затапливается для нужд ГЭС, старики и старухи проводят свои последние дни на родном месте. В этих условиях перед ними отчетливо встает вопрос о смысле жизни, о смерти и бессмертии, о нравственности. Герои осознают свою слитность с миром, свой долг не только перед родом, но и перед всем человечеством. И этому Распутин противопоставляет тех, кто бессмысленно бежит за прогрессом, слепо верит в советскую действительность. И все-таки он видит духовные силы русского народа, потому, наверное, и некоторые из лишенных духовности людей нравственно "воскресают".