При тім показалося, що надії на участь українських учених з Росії в сій (мовляв так пожаданій для російської України і потрібний) науковій роботі були марні: одні обіцяли й не давали нічого, инші викручувалися ріжними вимівками. Навіть книжки чи справки тяжко було допроситися, хоч як смертельно тяжко було працювати в тодішнім Львові, при браку якої-небудь бібілотеки з порядним добором літератури й періодик до української історії чи иншої української дісціпліни.
Ще прикріше було переконатися, що ті надії на прихильні обставини для українського культурного й спеціяльно-наукового розвою, на прихильність до національної української ідеї зі сторони правительства й Поляків, з яким я йшов до Галичини, покладаючися на запевнення ліпше обізнаних з галицькими обставинами Киян старшої генерації, — опираються на фальшивих запевненнях зі сторони Поляків, які дорогою "угоди" і ціною деяких подачок на культурно-історичному полі хотіли задавити всякий опозіційний, свободолюбний рух серед "галицьких Русинів". Скоро прийшлося переконатися, що мої київські приятелі глибоко помилялися в своїх симпатіях до "угоди" й "угодовців", що Поляки нічим не хочуть поступатися в своїм пануванню й не розуміють инших відносин до Русинів, як відносини пануючої народности до служебної. На сім пункті прийшлося мені більше або менше різко розійтися навіть з найблизшими приятелями, зблизившися з кругами різкоопозіційними. З другого боку, відносини до польської університетської колегії, які хотіли мати в мені покірного послушника польського панування, скоро зіпсувалися вповні і давали чимало прикростей. Я сильно з того всього захворів, так що ледве міг працювати.
На полі суспільно-політичнім я вкінці різко виступив проти угодовців і зблизившися до елементів радикальних, разом з ними взяв участь в реформі галицького народовецтва в дусі більше радикально-поступовім. Реформа була переведена з кінцем 1899р., і разом з кількома виднішими радикалами я увійшов в екзекутивний комітет реформованої партії, як містоголова (головою зістався старий проводир народовців пос. Романчук). Одначе, переконавшися скоро, що переведена реформа не увільнила народовецьку партію від її старих прикмет, я по кількох місяцях виступив з комітету, разом з д-ром Франком, відсунувся від участи в партійній діяльности народовців, і не раз виступав против похибок їх політики, являючися разом з д-ром Франком й молодшими товаришами репрезентантами лівішого напряму, який заступав заснований в 1898р. журнал ЛНВісник. Спеціяльно поведена в 1904 — 5 р. кампанія против грання деяких людей на національних струнах суспільности стягнула на мене тяжкі громи зі сторони офіціяльних проводирів народовців. В польських кругах становище моє в університетській справі, близкість до української університетської молодіжи і рішучість, з якою я проводив ідею національної рівноправности українського елементу з польським (і російським), накликали на мене особливо сильні атаки під час боротьби за університет 1901 — 3 рр., коли польські націоналісти обсипали мене ріжними інсінуаціями в уличній пресі, жадали усунення з університету, віддання під суд і ин.
Одночасно московфільські й слов'янофільські "діячі" київські й львівські мастили мене з свого боку, як проводиря українського сепаратизму, вказуючи, напр., на мій підпис під маніфестом реформованого народовства, що ставив оконечною цілею національної програми політичну самостійність України, і т. д. На ново підогрів сі напади виданий в 1904р. в Росії "Очерк истории украинского народа", в якім вороги українства справедливо добачили історичне оправдання національних українських змагань та програми української автономії, і статті, які з початком визвільного руху в Росії я друкував по російських газетах по українському національному питанню. В сих роках приятелі з офіціяльних російських кругів остерегли мене, що мені не можна приїздити до Росії, і я кілька літ не приїздив, аж до р. 1905, і се було дуже прикро і трудно для мене (весь час свого львівського професорства я зістававсь російським підданим і за російським паспортом приїздив, звичайно 2 — 3 рази до року для наукових занять і громадських зносин).
В такій трівожній воєвничій атмосфері не легко було вести наукову роботу, що вимагає спокою й скуплення. Тим часом її не убувало, а прибувало. З початком 1897р. я став головою Товариства імени Шевченка (проводив ним фактично від часу свого приїзду), і заразом далі зіставався головою його історичної секції й археологічної комісії та редактором "Записок", куди вкладав багато праці й редакторської, й авторської. Окрім викладів і семінарійних занять, на університеті (до семінарійних занять прив'язував я все особливу вагу, стараючися впровадити здібніших слухачів в самостійні наукові заняття), вів я приватні наукові заняття по-за університетом з студентами — своїми слухачами і сторонніми (роздавав книжки до рефератів і оцінок, потім відчитувано ті реферати, розбірано, а по оправленню друковано котрі ліпші). Тим способом вправлялися охочіші слухачі до наукової роботи, переходячи від рефератів в бібліографічнім відділі Записок Наук. Тов. ім. Шевченка до самостійних оцінок, від дрібних праць в Miscellanea до самостійних розвідок. Хоч галицькі обставини зводили в значній мірі сю роботу до роботи Данаід, бо підховані молоді адепти історичної науки мусіли потім іти в глуху провінцію, і часто якраз наукові надії, які вони подавали, служили мотивом для предержащих властей держати їх в чорнім тілі, все-таки з мого семінара і з тих рrivatissima повиходило чимало людей, які полишили де-який, а часом і досить значний слід в науковій роботі, а де-які роблять науково й далі, не вважаючи на тяжкі обставини (ідучи в хронологічнім порядку, були то: Омел. Тер-лецький, Д. Коренець, Мир. Кордуба, Стеф. Томашівський, Стеф. Рудницький, Ол. Целевич, Юр. Кміт, Зен. Кузеля, Ос. Чайківський, Вас. Герасимчук, Ол. Сушко, Фед. Голійчук, Ів. Джиджора, Ів. Кревецький, Ів. Крипякевич й ин.).
З кінцем 1897р. підніс я справу зреформовання ілюстрованого тижневика "Зоря" на літературно-науковий місячник; проект був прийнятий відділом Наук. Тов. ім. Ш., і з 1898р. почав виходити "Літературно-Науковий Вісник", а в число редакторів вступив від початку і я (заразом з Маковеєм і Франком, пізніше з Гнатюком і Франком). Брав у нім дільну участь, особливо в перших роках, коли видавництво ставилося на ноги і мені приходилося грати ролю головного редактора (сам я містив статті по літературі і суспільно-політичні огляди), і в останніх, 1905—6, — коли писав в нім публіцистичні статті в ріжних питаннях дня.
При кінці 1898р., з нагоди святкування століття української літератури, я виступив з проєктом заснування осібного видавничого товариства, головно для публікацій белєтристичних і популярно-наукових, що не входили в круг діяльности Наук. Тов. ім. Шевченка. Товариство мало бути завязане в формі акційної спілки, щоб оперти видання українських книжок не на жертвах і субвенціях, як звичайно видавано їх дотепер, а на доходах розпродажі. Коли сума акцій дійшла 3 тисяч гульденів, завязано весною 1899р. "Українсько-руську видавничу спілку"* (*Українсько-руська видавнича спілка — популяризувала кращі твори світової та української літератури. До 1912р. працівниками й редакторами її були І. Франко та В. Гнатюк. З 1899р. по 1917р. випустила понад 300 видань белетристичної і науково-популярної літератури) — товариство, яке під формою акційної, промислової організації все змагало до просвітних і культурно-національних цілей і згодом стало найбільшою українською видавничою інституцією, перейнявши в 1904р. і "Літературно-Науковий Вісник" (якому фірма Наукового Товариства ім. Шевченка — наукової інституції, підпомаганої субвенціями краю і міністерства, не рідко ставала на заваді в свобіднім вислові своїх гадок). В сій Спілці я з початку займав місце голови надзорчої ради, а пізніше, коли надзорчу раду злучено з дирекцією, — голови дирекції, й брав і досі беру діяльну участь в видавничій і в адміністраційній діяльности.
У власній науковій роботі, окрім поменших наукових статтей, рецензій, білших або менших матеріялів, міщених головно в Записках, я з початку львівського життя багато віддавав часу археографії, продовжуючи архивні заняття, ведені в попередніх роках. Засновуючи в Наук. Тов. ім. Шевченка археографічну комісію, я предложив їй план видань, і з того плану забрався до видання люстрацій і інвентарів королівщин Західньої України XVI в. — незвичайно важного джерела для історії суспільних, економічних і національних відносин того часу. Для сього відбув я в 1895р. нову подорож по архивах і починаючи з року 1895 видав чотири томи в серії: "Жерела до історії України-Руси", що містять люстраціЇ 1564—5 і 1570 р.р. королівщин галицьких, холмських і подільських; зібрана-ж мною тоді-ж колекція інвентарів в переважній части зісталася невиданою, за браком часу: видав я з неї лише кілька найстарших інвентарів в Записках Наук. Тов. ім. Ш. Відірваний иншою роботою — головно коло Історії України-Руси, я вернувся до архивальних занять потім, збираючи матеріял для огляду суспільно-економичного життя України в XV—XVI в. і разом з друком V т. Історії випустив перший випуск тих матеріялів.
Написання суцільної історії України рано, ще в київських часах, стало моєю задушевною гадкою, до певної міри питанням чести своєї й свого покоління, супроти того, що й найвидніші репрезентанти української історіографії старшої генерації тоді ще вважали се річею, для якої час іще не наспів, бракує матеріялу, зістаються величезні прогалини і т. д. В своїх гадках мав я тоді написання історії короткої й загально-приступної, в трьох невеликих томиках, які-б обіймали старий, литовсько-польський, і новий період. Зайнявши катедру, я сім семестрів з ряду (1894 — 7) читав загальний курс історії України. Повторений потім вдруге ще раз в р. 1898 — 1901, курс сей мав послужити мов би скелетом тої задуманої історії. Кажу: скелетом передовсім тому, що курс сей слідив лише провідну нитку політичної історії, не вдаючися в історію культурну, огляди устрою, економічного життя і т. д., що потім зайняли таке важне місце в остаточній реалізації плану.