Туди він їздив не просто для прогулянки, а проводив наукові дослідження, вивчав села, що розкинулися навколо Січі.
Найчастіше такі мандрівки і пошуки скарбів минувшини проходили не в одинці, а в дружбі з вірним побратимом, українським фольклористом, етнографом і педагогом Яковом Павловичем Новицьким (1847—1925). Їх єднала щира любов до історії, фольклору, етнографії, культури свого народу; єднало пристрасне бажання пройтись "слідами запорожців".
Д. І. Яворницький любив Якова Павловича, як рідного брата. У своїх листах він його називає найласкавішими словами: "душевним", "сердечним", "коханим", "любимим" і "голубчиком сивим".
"Моє життя,— писав він до Я. П. Новицького 18 січня 1885 року,— в науці. В ній моє життя, в ній моє серце, в ній моя пристрасть, увесь мій юнацький запал" .
Якось історик помандрував у містечко Покровське, що на правому березі річки Підпільної. Саме тут була остання
Запорозька Січ. Обходив Дмитро Іванович це місце вздовж і впоперек, але нічого не знайшов. Від такої невдачі засумував Дмитро Іванович. Ішов по Січі з опущеною головою, з торбою за плечима. Глянь, а біля нього, як з-під землі, виріс дебелий засмаглий дід з білою головою, за плечима в нього висів ятір, а в руках — палиця. Яворницький зрадів і зразу ж кинувся до нього.
— Скажіть, дідуню, ви тутешній?
— Тутешній!
— Де ж ви були, куди йдете?
— Рибу ловив, а це пора й додому!
— Звідкіля ж ви, як вас звати?
— Яз Покровського, а звати мене Митрофан Чорний! А ви тут що поробляєте? — поцікавився дід, оглядаючи незнайомого чоловіка в капелюсі.
— Я шукаю запорозьку старовину. Та не пощастило мені: окрім глиняних черепочків та люльки, нічого путящого не знайшов.
— Погано, мабуть, шукали!
— Чому ви так думаєте?
— А тому, що тут наші покровчани після великих дощів і весняної поводі багато всякої всячини підбирали.
— Що ж саме підбирали?
— Тут знаходили пістолі, кинджали, шаблюки, рушниці, гармати, ядра, кулі, свинець, дріт, глечики, кахель, персні, бочки з смолою, прошарки вугілля, склепи сухарів, купки пшениці, гудзики, пряжки, намисто, гроші, люльки-носогрійки та людьки-буруньки.
— А де ж усе це поділося? Може, вкажете, в кого воно зберігається?
— Е-е-е, де тепер його знайдеш! — журився дід.— Багато чого розгубили, а то порозкидали, розламали, бо ми люди темні; не зуміли зберегти, а бачу, що ці штуки, мабуть, потрібні для чогось.
Обидва повагом ішли по Січі, гомоніли між собою, непомітно й до села дісталися.
— Ось і моя хата! — вказав палицею Митрофан Чорний. Підійшли ближче. Хата стояла біля самої запорозької церкви. Яворницький придивився до хати, обійшов її з усіх боків, а потім спитав Чорного:
— Ви свою хату добре знаєте?
— Та начебто добре. Мій батько розповідав, що в цій хаті 1747 року запорожці раду радили.
— Ти бач! Та ви живете в історичній хаті! Це добре. Раджу вам, діду Митрофане, зберігати цю хатину, доглядати її. А я візьму її на облік, як дорогий пам'ятник минувшини.
Митрофан Чорний, як виявилося, був гостинна людина. Він запросив історика до хати, нагодував його і залишив у себе переночувати. Господар приготував для вченого добре ліжко, але Дмитро Іванович категорично відмовився від такого комфорту, він попросив господаря принести в хату оберемок соломи. На цю солому кинув просте рядно, поклав укривало.
— Запорожці не любили ніжитися,— кинув Яворницький. Другого дня Дмитро Іванович за допомогою Чорного знайшов у селянина Корнія Забари чотири сволоки, які збереглися від запорозьких хат ще з 1710 року. Таку ж знахідку виявив і в другого мешканця Покровського — Клима Пироговського.
Повернувшись після довгих мандрувань знову до Митрофана Чорного, Яворницький сказав йому:
— А що, діду, як ми завтра сходимо з вами на Січ?
— А чого ж, я охоче піду. Тільки що ми там будемо робити?
— Пошукаємо козацьких могил.
— Добре, деякі могили і я знаю. Чого ж — ходімо!
Мандрівники взяли собі на підмогу ще трьох чоловіків з лопатами. За кілька днів вони розкопали шість невеличких запорозьких могил. Але тільки в останній, сьомій, натрапили на знахідки. На цій могилі стояв невеличкий хрест з написом: "Раб божий Иоанн — Титаровского куреня".
Заглибившись у могилу на один сажень, Яворницький знайшов соснову труну, а в ній великий кістяк запорожця, з чубом на голові, тричі обмотаним на тому місці, де було ліве вухо, з довгими рудими вусами над верхніми зубами, з сукняною шапкою з барашковою околицею, з зеленим поясом та двома монетами в кишені: одна з них мідна — російська подушка 1731 року, друга — срібна турецька монета. В інших могилах Яворницький знайшов кістяки, які добре збереглися, біля них були монети 1763 року, жупан, мідні ґудзики, кулі, ядра тощо.
Але дослідник на цьому не зупинився. В селі Грушівці він знайшов сволок з чудовим різьбленням, який зберігався в хаті селянина Онуфрія Петровича Метельченка. Етнограф запевняв, що кращого різьблення йому ще не доводилось бачити. Цей сволок був завдовжки 7 аршин, зроблений з осокора, розмальований різними фарбами. На всю довжину сволока був зроблений напис, який свідчив, що цей будинок збудував 1747 року 12 квітня козак Щербинівського куреня Трохим Киян. Усе, що було на сволоці, етнограф замалював у свою записну книжечку.
Після цього Дмитро Іванович рушив до Нікополя. Він знав, що в цьому історичному місті збереглася запорозька церква.
Коли вчений зайшов до цієї церкви, в нього розбіглися очі. Перед ним відкрилося рідкісне багатство, яке попало сюди з найстарішої запорозької церкви, що була до цього в селі Покровському.
Серед багатьох церковних речей Дмитро Іванович зразу ж звернув увагу на ікону Покрова богоматері. Його вразив оригінальний витвір того майстра-маляра. На липовій дошці зверху була зображена божа мати, а нижче в повному озброєнні, в чоботях, широких шароварах, у жупанах, підперезаних зеленими поясами, з гладко поголеними головами — стояли чубаті запорожці. Вони були розміщені півколом по краях ікони. Посередині їх — запорозький прапор, гармати, ядра, всякі козацькі атрибути. Внизу ікони, від козаків, що стояли попереду, тягнувся майже до самого вуха богоматері такий напис: "Молимся, покрий нас чесним твоїм покровом, ізбаві от всякого зла". Трохи вище цього напису зроблено другий: "Ізбавлю і покрию, люди моя".
Запорожці сліпо вірили в чудодійну силу цієї ікони.
Трохи пізніше ця ікона опинилася в музеї. Дмитро Іванович порадив попові скоріше позбутися її, щоб не влетіло часом від архієрея, бо запорожці не святі, а молящі вважають козаків за апостолів.
Як відомо, Дмитро Іванович мав мандат від синоду, з яким ходив по всіх церквах і вилучав з них усе, що мало будь-яке музейне значення. Ось і цього разу, показавши свого мандата попові, він зразу ж попрямував до престолу, де лежало величезне євангеліє. Спробував його підняти, а воно й з місця не зрушило. "Що таке?" — подумав. Піп пояснив: "Це євангеліє святе, та й вагою воно два пуди, з місця не так легко його зрушити!" Розглядаючи рідкісне євангеліє, Яворницький знайшов дату — 1759 рік. У цій книзі самого срібла було 28 фунтів. Користувалися цим євангелієм тільки двічі на рік. Носив його завжди один дужий побожний нікопольський дідусь. І це рідкісне євангеліє теж перейшло до музею.
Проводячи екскурсію по відділу релігійних культів музею, Дмитро Іванович показував це євангеліє і казав:
"Гляньте на срібне оздоблення цього двопудового євангелія, вверніть увагу на чудовий орнамент — це ж витвір золотих рук! Ось чому йому місце в музеї!"
Після огляду запорозької церкви Дмитро Іванович пішов у село Лапинку, щоб побачити одного селянина, на прізвище Мокій Лось,— нащадка запорозького козака. Він ще від нікопольських дідів дізнався, що Лось у великій таємниці зберігає запорозьке вбрання.
Дід Лось виявився впертим і неподатливим: він зовсім не хотів розлучатися з своїм скарбом, що переходив з покоління в покоління.
Дмитро Іванович шість років їздив по Запорожжю, шість років шукав такого випадку, щоб тільки побачити справжнє запорозьке вбрання. Після довгого прохання та частування Лося оковитою власник скарбів розкрив потаємну скриню й витяг на світ козацьке вбрання. Яворницький узяв його в руки й став розглядати. Один з жупанів був на козака високого зросту, другий — на козака середнього зросту. Обидва жупани пошито з червоного сукна малинового кольору, на клітчастій підшивці персіянського виробу, дуже просторі в плечах і дуже вузькі в перехватах, застібаються вони на грудях шовковими гудзиками та петлями. Рукава були вузенькі, а на кінцях ще більше звужувалися, з внутрішнього боку, проти долонь, кожен з рукавів мав розріз у чверть довжини, через це кінці дуже легко відвертаються назад і називаються "закавраші". Жупани були обкладені темно-блакитним оксамитом і застібалися в розрізах металевими гапличками. З обох боків жупанів між швами зроблено по одній кишені.
Етнограф запримітив, що крій цього вбрання в деякій мірі схожий на той, що пізніше носили чорноморські-козаки. З двох жупанів більший зберігся краще, а менший майже весь поточила міль. Дмитро Іванович, як знавець запорозької старовини, визнав, що це ті жупани, які запорожці носили під кунтушами — довгим і широким убранням з відкидними рукавами, а чорноморці — під черкескою.
Крім цих двох жупанів, Дмитро Іванович знайшов у скрині Лося запорозький пояс, витканий з шовкового сирцю, розміром дві з половиною чверті завширшки та 11 аршин завдовжки, темно-малинового кольору, з позолоченими кінцями та з шовковими плетеними шнурками завдовжки в аршин, які були прикріплені до кожного з кінців пояса.
— Ну що ж, діду Мокію, як ми з вами будемо розраховуватися?
— Та, бачите, я такої думки, щоб зовсім не продавати: жалко!
— Та ви ж гляньте на це вбрання — міль поїла, вам бог за це не простить! Через рік-два з цих жупанів лишиться сама труха!
— Яке б воно не було, а все ж — запорозьке вбрання, не можу з ним розлучитися! — не поступався дід Лось.
— Скільки ж ви хочете за нього?
— Сто п'ятдесят карбованців!
— Ні, грошей таких у музеї немає. Ви б краще подарували для народного музею,— благав Дмитро Іванович.
— Ні, так не буде! Ото сто карбованців дасте — беріть, та й з богом!
У Яворницького в кишені була єдина десятка на харчі, Що ж робити? І Яворницький сказав:
— От що, дідуню, беріть останні мої десять карбованців і на додачу мій годинник, пам'ять мого батька, та давайте-сюди жупан і пояс.
Дід узяв кишеньковий годинник, повертів у руках, приклав до вуха — цокотить!
— Ну, гаразд, беріть: це тільки для вас, для науки поступився, а для чогось іншого — ніколи б не віддав!
Щоб придбати для музею якусь штуковину, будь-який експонат, Дмитро Іванович не шкодував ні сили, ні енергії, ні своїх убогих коштів.