До Ґернової жінки почав залицятися молоденький прапорщик Мик. Гр. Ісаєв, що з його брата Шевченко змалював портрет. Шевченка обурювали інтимні зустрічі закоханої пари. Повний вдячності Ґернові за його братерське ставлення до себе, Шевченко не міг байдуже відноситися до кривди, що діється приятелеві: по місті вже кружляли чутки про цю негарну історію. Поведінкою пані Ґерн Шевченко обурювався до нестями й грозився, що не дасть їй "безкарно ганьбити чесне ім’я поважної людини".
Даремне Ф. Лазаревський старався переконати поета, що втручатися до цієї справи – річ небезпечна. Лазаревський навіть пророкував, що Ісаєв помститься, але Шевченко не хотів нічого слухати: керувало ним шляхетне почуття людини, щиро ображеної за моральну кривду своєму другові. У Страсну П’ятницю 25 квітня Шевченко підстеріг закохану пару і привів до дому Ґерна. Ганебно випроваджений з хати Шевченком і Ґерном, Ісаєв не викликав Ґерна на дуель, але на другий же день з’явився з рапортом у Обручева й подав йому на письмі донос про те, що Шевченко ходить у цивільному одязі і, не зважаючи на царську заборону, пише вірші та займається малярством.
Обручев остовпів. Не дати ходу справі не міг: боявся доносу на себе самого. Але й тепер обставини для Шевченка складалися так, що небезпеку цю можна ще було звести до мінімуму: Ґерн попередив Шевченка, що в нього має бути трус. Шевченко і Лазаревський поспішили на Слободку, щоб понищити те, що могло б потвердити донос Ісаєва, але хвилювалися й робили все не так, як треба. Вони попалили багато листів різних осіб, але не спалили саме тих, що могли компрометувати адресата і його кореспондентів. Залишилася в помешканні Шевченка й цивільна одежа, в якій він ходив, і скринька з фарбами, і ціла купа листів до нього.
Поліцмейстер і плац-ад’ютант забрали матеріал, якого могли б зовсім не знайти. Це було в суботу ввечорі, а вночі, коли в Обручева після Великодньої утрені зібрався мало не ввесь Оренбурґ на розговини, він знав уже зміст забраних у Шевченка паперів, кричав на свого гостя Александрійського, цитуючи його лист про європейську революцію 1848 р.: "На обахту, на белое, черное, синее море!" [Улюблена загроза Обручева. "Обахта" – гауптвахта] і допитувався, чи є тут Лазаревський, що в листуванні з "злочинцем" уживав епітетів "милий, любий мій…". Ісаєва водив під руку і все пропонував щось із’їсти, а на другий день своїм найближчим співробітникам казав про нього: "Негідник! падлюка! але… що маю робити? Я певен, що ця падлюка й на мене послала донос. А в Петербурзі я нікого не маю за плечима, – я, як Шевченко, людина маленька…".
27 квітня, на перший день Великодніх Свят, Шевченка заарештували, а 12 травня Обручев видав наказ вислати його до 5 батальйону в Орській фортеці, де він три роки тому розпочав свою службу. Поки Шевченко три тижні сидів в оренбурзькій гауптвахті, приятелі не переставали його відвідувати, і він напевне мав там і книжки до читання, і добру їжу. Тепер висланий до своєї частини в Орській, мав знову маршувати і "витягати носок", робити вправи з тяжкою рушницею й ходити на варту, перебуваючи ввесь час під особливо гострим наглядом: комендант Мєшков дістав з Оренбурґу відповідний наказ.
Довго Обручев нічого не робив з усім забраним під час трусу в Шевченка матеріалом, – очевидно вагався. На те, щоб забрані листи, відповідно посортувавши, впорядкувати, треба було двох-трьох днів. Тим часом усе цілий місяць лежало в штабі без руху, і лише 23 травня Обручев послав військовому міністрові кн. Чернишову рапорт про те, що "довідався", "ніби рядовий Шевченко ходить іноді в цивільному одязі, займається малюванням і компонуванням віршів". Обручев писав про результати зробленого в Шевченка трусу і, пересилаючи знайдену в нього кореспонденцію й альбом, звертав особливу увагу на листи Сергія Левицького та братів Лазаревських – Федора й Василя, що служив у Петербурзі.
У рапорті Обручева ні слова не було згадано про те, чому і як Шевченко опинився в Оренбурзі. Ще з попередніх даних міністерство знало, що Шевченко – рядовий 5 батальйону; про те, що його весною 1848 року переведено до 4 батальйону, ніхто міністерства не повідомив. Тому військовий міністр, ознайомившись із справою, в рапорті, поданому цареві, пропонував, щоб III Відділ провадив слідство на підставі забраних у Шевченка матеріалів, а ввесь тягар відповідальності за порушення Шевченком царських наказів переніс на командира 5 батальйону, хоч той нічогісінько тут не завинив і вже 2 роки в очі не бачив Шевченка.
Згідно з царською резолюцією почалися два слідства – одне в Петербурзі для викриття українського таємного товариства, що його існування запідозріли жандарми на підставі листа Левицького до Шевченка, слідство чисто політичне, а друге – в Оренбурзі та в Орській, щоб викрити "винних", що допустили Шевченка "вести листування й займатися малюванням". Винний був, як ми знаємо, передусім сам Обручев; що на просьбу Бутакова свідомо вирядив Шевченка на Арал саме для малювання. Обручев дістав від Бутакова офіційні звіти, де згадувалося, що Шевченко малює, – один з Раїму, другий в Оренбурзі, давав розпорядження, зв’язані з працею Шевченка як рисувальника, сам через генерала Федяєва посилав йому до Раїму фарби, а тепер, виконуючи царський наказ, визначив слідство для викриття "винних"…
Згідно з царською резолюцією Шевченка знову заарештували, а що наказано було тримати його "під найсуворішим арештом", то вкинули його до Орської каторжної тюрми. Сталося це 28 червня по приїзді до Орської полковника Чигиря, що прибув туди, щоб провести над Шевченком слідство, привізши з собою й відповідний наказ. Чигир допитував Шевченка, потім командира 5 батальйону Мешкова та поштмейстера Сейфуліна. Зізнання свої написав Шевченко власноручно. Слідчий старався відтворити точно історію Шевченкової військової служби й обставини Шевченкового листування в Орській, в Раїмі, на Аралі й в Оренбурзі. Чигиреві важливо було те, хто з Шевченкових начальників знав, що він листується, бо в наказі військового міністерства Обручеву ясно було сказано про викриття "винних", що допустили Шевченка "вести листування". Це була нова інтерпретація царського присуду 1847 року, автором якої був військовий міністр кн. Чернишов. Цар не спростував цієї інтерпретації, затвердивши його рапорт. Жандарми в 1847 році інакше розуміли царський присуд, але вони військовим слідством зовсім не цікавилися: їм передана була справа Левицького й Головка, та й чи цікавила їх доля "злочинця"?
На всі питання Чигиря в справі листування Шевченко відповів щиро й дуже точно. П’ятий пункт допиту торкався знайдених у нього віршів, пісень і рисунків. Тут Шевченко щодо віршів використав можливість не сказати правди. У забраних у нього альбомах були поезії, писані на Кос-Аралі (чернеткові редакції), але він, використовуючи те, що поезії ці були написані в старих альбомах, іще в 1847 році у нього забраних, а потім відданих жандармами, заявив, що все це – народні пісні, записані ним у 1846 році під час екскурсії на Київщину, Поділля й Волинь, бо справді там були й такі пісні. Містифікація ця Шевченкові вдалася [Альбомів тих Чигир не бачив: вони вже були переслані до Петербургу, а там теж не перевіряли цього Шевченкового зізнання].
Що ж до рисунків чисто місцевого змісту, то Шевченко сказав правду, що це його нариси до малюнків, долучених до опису берегів Аральського моря, і що робив він їх із наказу капітана-лейтенанта Бутакова. Відповівши на всі запитання слідчого, Шевченко закінчив свої зізнання добре обміркованою заявою, де сказав, що царської заборони писати й малювати він не порушував, бо малював із наказу свого начальника, а царську заборону писати розумів як заборону провадити літературну діяльність та висловлювати на письмі "недозволені думки". Уже в відповідях на окремі запитання слідчого він згадав про те, що сам ген. Дубельт, під час оголошення царської конфірмації, роз’яснив йому, що "писати й діставати звичайні листи" йому не заборонено. У кінцевій заяві Шевченко, як на доказ того, що не знав, що йому заборонено листуватися, покликався на свій лист до самого гр. Орлова. Твердив, що, листуючись, не писав своїм кореспондентам нічого такого, що могло б свідчити про нелояльність [Зізнання Шевченкові вміщені в VI томі "Повного видання творів Т. Шевченка" Українського Наукового Інституту, стор. 176].
Нещасний поет стояв перед новою, зовсім несподіваною перспективою, що йому не можна буде вже й з приятелями листуватися.
Тим часом у Петербурзі енерґійно велося слідство над С. Левицьким і М. Головком. Офіційний заголовок веденої справи був такий: "Справа про рядового Шевченка, колезького секретаря Левицького й магістра Головка". Граф Орлов, ознайомившись побіжно з матеріалом, перебільшив значення справи, а дальші події ще більше збентежили й просто перелякали жандармів. Уступ у листі Левицького до Шевченка про 1 000 людей, "готових стояти" за все те, що колись говорив Шевченко, звернув на себе особливу увагу Орлова, і він 13 червня писав цареві:
"Лист цей, висловлюючи таке живе співчуття Шевченкові, якому доведені злочинні наміри проти уряду, і взагалі людям, що поділяють його думки, дає привід до сильних підозрінь щодо неблагонадійності поглядів як кол. секретаря Левицького, так і магістра Головка".
Цар дозволив зробити у них трус і їх арештувати. Арештований 15 червня Левицький зробив спробу втопитися, скочивши до річки, коли його везли через міст, але його витягли з води живого. Головко, коли до нього прийшли жандарми, застрелився з револьвера. Результати зробленого в нещасливого ученого трусу, хоч і не дали ніяких сенсаційних матеріалів, однак виявили, що Головко був людиною ліберальною, був у зносинах із соціалістами, як от із недавно засланим членом гуртка Петрашевського Момбеллі, що особисто знав і високо ставив Шевченка. Залишався ще Левицький. Але по докладно й детально проведеному слідстві, перевіривши всі дані й зібравши відомості про Левицького й про всіх осіб, що могли накликати на себе підозріння, як його й Головка знайомі, жандарми переконалися, що Левицький ні до якого таємного товариства не належав.
Дубельт прийшов до висновку, "що нічого важливого тут не може бути і що покійний Головко, при своїх ліберальних переконаннях, щоб надати собі ваги в очах своїх земляків, оповідав їм про тисячу Шевченків, що існували лише в його уяві".