Цар звелів йому женитись з дочкою князя Дмитра Долгорукого. Гетьман оженився з нею, а декотрі полковники так само поженились в Москві з боярськими дочками.
Одначе не всій старшині прийшлось вернутись до дому.
Раз гетьман з старшиною обідав у князя Юрія Долгорукого. За обідом писар Захар Шийкевич почав лаяти поганими словами переяславського протопопа Григорія Бутовича, військового суддю Петра Забілу та двох полковників. Шийкевич замахнувся на протопопа ножем. Протопоп вихватив у його ножа, він кинувся на протопопа з виделками. Сам гетьман пожалівся на писаря цареві. Цар звелів зробити над писарем суд. На суді козацький осаул Богдан Щербак показав, що Шийкевич обходився з козаками гордо та пишно, бив і навіть скалічив декотрих козаків, а як хто з козаків прийде до писаря за ділом, то він лається, і ніхто з ним не сміє говорити, доки він сам не заговорить. Суд засудив писаря і цар звелів вислати його в Сибір.
Бруховецький засидівся в Москві до самого Різдва. А тим часом з України до його доходили недобрі вісти. На західній Україні, в Київщині піднімався славний Петро Дорошенко, черкаський полковник. Дорошенко бачив, що ні Москва, ні Польща не мають сили і не можуть вигнати одна другу з України, не хотять дати ніяких прав та вольности для козаків та для народа і тільки руйнують дурнісінько край. Він задумав вигнати з України і Поляків і Москалів і знов злучити до купи обидві половини України, розірвані Москвою і Поляками, ставши гетьманом усієї України. Не маючи в руках доволі війська, він задумав привернути Україну під власть турецького султана і з турецьким військом вигнати з України і Поляків, і Москалів. Ще за рік попереду він уже посилав в Крим до хана посланців і просив його оступитись за козаків перед польським королем, щоб король вивів своє військо з України і вернув з тюрми Юрія Хмельницького та Гуляницького. Хан тоді його не послухав. А тим часом козаки вибрали гетьманом Опару і він піддався під власть кримського хана. Але татари довідались, що опара і до хана горнеться, і до Москалів листи пише: вони вхопили Опару, закували в кайдани і послали до короля. Король звелів посадити його в тюрму в Марієнбурзі.
Після того татари напали на Опариних козаків і почали стріляти та однімати коні. Битва тяглася до ночі, а вранці татари виступили перед Опарину ватагу й закричали: козаки! Хочете взяти собі за гетьмана Петра Дорошенка? Як візьмете його, то ми не будемо вас зачіпати. Козаки зібрались на раду і згодились прийняти за гетьмана Дорошенка. Дорошенко був внук Михайла Дорошенка, котрий був гетьманом. Він родився в Чигирині. Ще за Богдана Хмельницького він був полковником прилуцьким, потім черкаським, а за Тетері він був генеральним осаулом. Вибравши Дорошенка гетьманом, опарина ватага козаків присягнула королеві в вірности і ханові — в приятельстві. Дорошенка вибрали 1665 року, і він зараз оповістив себе прихильником татар та турок і почав одбивати городи, забрані Бруховецьким. Він напав на Брацлав, де сидів полковник Дрозд, вірний Москві та Бруховецькому, а Дорошенкові козаки набігли під самий Київ, на Мотовилівку. Наказний гетьман, переяславський полковник Єрмоленко писав до царя і просив, як можна скоріше пустити гетьмана на Україну.
Зимою, з самого початку 1666 року Бруховецький вернувся на Україну. По Україні пройшла чутка про пункти гетьманської умови з царем. Та умова не подобалася ні духовенству, ні козакам, ні городянам, ні Запорожцям.
Перший підняв голос проти гетьмана його давний приятель архієрей Методій з київським духовенством. Методій 22-го лютого, 1666 року, з печерським архімандритом, з ігуменами монастирів прийшов до московського воєводи Петра Шереметьєва, що тоді сидів в Києві і просив, щоб він дозволив подати до царя просьбу, щоб цар не однімав од духовенства давніх прав та вольностей. Методій говорив, що київське духовенство просило Бруховецького дозволити вибрати митрополита в Києві по старому звичаю, вольними голосами од духовенства, городян і козаків, а гетьман одписав, що в Київ цар пришле митрополита з Москви. Методій говорив гаряче, розпалився, а далі сказав: Як тільки цар не дозволить нам вибрати митрополита вольними голосами з українських архієреїв та пришле з Москви готового, то ми запремося в манастирях і хиба нас виволочуть звідтіль за шию та за ноги, тоді тільки буде в Києві московський митрополит. От в Смоленському наставили з Москви архієрея Філарета, а він уже пооднімав вольності од духовенства і зве Смольнян неправославними, іновірцями. Шереметьєв заспокоїв духовенство, але воно вже стало проти гетьмана за те, що він, на свою користь, поступився цареві правами духовенства. І справді Бруховецький почав однімати од монастирів маєтності й землі. В марті київське духовенство послало в Москву ігумена Мелетія Дзіка просити в царя дозволу, вибрати собі митрополита вольними голосами. Цар сказав, що він послав лист в Цареград, спитати про се діло патріарха. Раз на обіді в Лаврі Методій і всі духовні, при московському бояринові прямо сказали, що вони не приймуть митрополита з Москви, що Бруховецький їх лютий ворог і їм непотрібний, бо він забрав тепер всю власть в свої руки. Давні приятелі, Методій та гетьман тепер стали ворогами і писали обидва листи до царя та обговорювали один другого.
Разом з духовенством незлюбили Бруховецького городяни-міщани. Бруховецький хотів одняти од міщан їх вольності і наговорював на їх перед царем, що через ті вольності міщани тягнуть до Польщі. Міщани повинні були давати кватирі для московського війська, а гетьман приказував міщанам давати кватирі й козакам. Міщани тепер мусили платити податки в царський скарб. В городи наїхали московські ціловальники і збирали з міщан податки для царя, а козаки брали з їх збори і в гетьманський скарб, видирали силою. Московський воєвода Шереметьєв, довідавшись, що козаки збирають гроші з міщан в гетьманський скарб, написав до його і велів йому не зачіпати міщан. В Переяславі Грек Іван Тамара збирав на перевозі плату з проїзжих людей для гетьманів. Тепер московський воєвода Шереметьєв звелів Тамарі збирати плату для царя. Тамара зібрав пятьсот карбованців і хотів одвезти гроші в Київ і подати через Шереметьєва в Москву, а Бруховецький звелів йому привезти гроші до себе в Гадяч та ще й не п'ятсот, а тисячу карбованців і наказував, як тільки Тамара не привезе йому грошей, то він йому голову зітне. Козаки однімали од міщан млини, брали з їх підводи, а Москалі і собі забирали од їх підводи. Міщанам стало дуже важко. Городи стали проти гетьмана.
Як тільки Бруховецький вернувся з Москви боярином, на його почали гримати й козаки. Бруховецький, вернувшись на Україну московським боярином, став гордий до козаків, недоступний. Тепер козаки вже не вибирали полковників вольними голосами, як було попереду. Бруховецький сам сажав полковників, неначе цар, сажав людей до себе прихильних, а неприхильних скидав самоправно з місця, забивав в кайдани та кидав в тюрму. Ще в Москві він спровадив писаря Шийкевича в Сибір. Тепер він покарав суддю Юрія Незамая за те, що він видав пашпорт на виїзд з Канева п'яти жінкам неприхильних до гетьмана козаків. Гетьман побив Незамая, забив в кайдани і одіслав в Москву, звідкіль цар вислав його в город Казань.
Потім посадив в тюрму нелюбого для себе полковника Гамалію, Децика. Козаки кричали, що до сього часу між козаками не було бояр та дворян, а тепер, як настали бояри та дворяни, козаки теряють свої давні вольності. Ті полковники, що добули собі в Москві дворянство, соромились і боялись зватися дворянами. Переяславський полковник-дворянин, Єрмоленко сказав на обіді при всіх, навіть при московських людях: "мені дворянства не потрібно! Я по стародавньому козак". Козаки в Переяславі кричали: "Ходім на Запорожжя! зберемося всі та й ударимо з Січі на гетьмана".
Бруховецький побачив, що вийшло погано і писав до царя, щоб він прислав ще більше московського війська на Україну: він думав через те військо вдержатись на гетьманстві. А тут почали прибувати на Україну московські воєводи з московським військом. Окрім Києва, воєводи сіли в Прилуках, Лубнах, Гадячі, Миргороді, Полтаві, Батурині, Глухові, Сосниці, Новгороді-Сіверському, Стародубі. Московське військо лилося на Україну, як колись польське. Разом з воєводами наїхали з Москви урядники і почали переписувати всіх людей в городах і в селах: записували землі, млини, ліси, заводи, пасіки і все обкладали податками для царя. Московські воєводи грубо обходились з козаками і з міщанами, обдирали їх, лаялись паскудними словами, безчестили молодиць та дівчат, били козаків палицями. Сам Бруховецький жалівся в Москву, що переяславський воєвода Вердеревський бив його зятя, Михієнка, посадив без вини, в тюрму, гетьманським людям не дав косити сіна. В Полтаві московський воєвода Хитрово ставив Москалів в козацьких хатах, лаяв козацького полковника і його жінку паскудними словами, козаків бив палицею, вибивав їм очі, плював в лице, випихав в шию, безчестив дівчат. Козаки кидали козакування і приписувались в міщан.
На Україні схопилось проти воєвод повстання. Поперед усього в Переяславі. Якийсь чоловік в Переяславі, Петрушка Челюсткин, родом москвич, але давно живучий в Переяславі змовився з козаками вирізати всіх московських людей. Бруховецький дізнався про се і звелів закувати Петрушку в кайдани і одіслати в Москву. Швидко після того, літом, як полковник Єрмоленко стояв з своїм полком в слободі Богушкові, його полк збунтувався: козаки вбили Єрмоленка, пішли в Переяслав, вирізали московське військо і запалили половину города. Бруховецький сидів тоді в Гадячі. Він дав знати в Київ воєводі Шереметєву і обидва вони разом, з Києва та з Гадяча, рушили на Переяслав і задавили бунт. Ватажків повстання вхопили і постинали голови одним в Києві в Шереметьєва, другим в Гадячі, в гетьмана. Разом з тим за Дніпром декотрі городи Бруховецького передались до Польщі.
Тим часом проти Бруховецького та Москви піднімалося і Запорожжя. В Січі ще й досі сидів московський воєвода Касогов, той самий, що разом з Сірком воював з Поляками. В його було п'ятсот чоловік московського війська. Запорожці почули, що виробляють в українських городах воєводи з гетьманом і почали кричати, що вони готові пристати до Дорошенка і татар.