У розпачі кілька десятків запорожців вкинулись у річку Скарбну і, перепливши її, зрятувались у плавні, ті ж, що не могли того зробити, здебільшого поранені, кількістю 278 душ, були захоплені у бранці.
Після бою на одному з окопів знайшли тяжко пораненого Богуша, котрий скоро помер; останнім же бранцям, розлютовані упертим змаганням, начальники російського війська завдали таких тяжких мук, яких не вміли вигадувати навіть татари і, замордувавши людей на смерть, ще вішали мертвих на шибеницях, прироблених до тороків (невеликих плотів) і пускали Дніпром униз, щоб і ті запорожці, що рибачили нижче Січі, знали, яка кара їх всіх чекає.
Більшість січових будинків погоріла ще під час атакування Січі, останні ж Яковлєв попалив уже після, не пошкодувавши навіть церкви Св. Покрови, з котрої з його наказу було винесено тільки іконостас. Лютування побідників не вгамувалось навіть на тому, і вони ще порозкопували на січовому кладовищі домовини, а найперше розрили могилу славного кошового отамана Івана Сірка, кістки ж його розкидали по степу[12].
Діставши звістку про зруйнування Січі, цар Петро дуже радів і подарував Гнату Галагану "за вірну службу" село Боровицю, про запорожців же видав по всій Україні наказ, щоб їх де б хто не запопав, катували б на смерть.
Гордієнка, як і всіх запорожців, що були при ньому, звістка про зруйнування Січі вразила дуже тяжко, а проте ніякого такого заколоту у війську Гордієнка не сталось, і воно лишилось прихильним до свого отамана. Можливо, що Гордієнко у той час добре вже, як і Галаган, розумів, що справа Мазепи та короля Карла безнадійна, бо шведське військо з кожним днем тануло, російське ж все зростало, проте йому і на думку не спадало, щоб зрадою рідному краєві купити собі життя й спокій. Гордієнко передбачав і можливість нападу російського війська на Січ, і ще у березні радив королю Карлу добути Полтаву, що заступала шляхи на Запорожжя. Король було й згодився на те і 4 квітня разом з Гордієнком та запорожцями штурмував Полтаву, та тільки той штурм був невдалий і облога Полтави затяглася аж на три місяці, а тим часом до Полтави наближався сам цар Петро I з великим військом.
Карлу XII доводилось починати щось рішуче, і він зважився знову всією силою штурмувати Полтаву. Тільки доля давно відсахнулася од шведського короля — оглядаючи 17 червня табір царського війська, він був тяжко поранений у ногу. Перетерплюючи муку, король 21 червня, лежачи на ношах, все-таки розпочав штурм Полтави. Запорожці у тому штурмі вели перед і дуже багато стеряли товариства по полтавських окопах та стінах. Бій тягся два дні і все-таки шведи не мали сили вдертись у місто, а тим часом царське військо почало оточувати і Полтаву, і шведів. Червня 27 сталася рішуча баталія, що прозвана Полтавською, і у тій битві російське військо задавило шведів своєю кількістю.
Народна українська пісня так згадує про цю подію:
Хвалилися запорожці Полтави дістати.
Ще Полтави не дістали, а вже швед іздався:
На бідную головоньку кошовий зостався.
Ой умерла кошового старенькая мати,
Ой нікому кошовому порадоньки дати.
Розбиті шведські полки мусили одступати од Дніпра, щоб зрятуватись у турецьких землях, і Карл вирядив Гордієнка з запорожцями вперед, щоб упорядкувати перевіз у Переволочиній. Гордієнко хутко пішов понад Ворсклою і ранком 29 червня вже був у Переволочині, та тільки не знайшов там ніяких засобів для перевозу — всі байдаки й човни, котрі Яковлєв не побрав з собою, він попалив, так що запорожці по околицях ледве знайшли декілька дубів.
Першим після запорожців прибув до Дніпра Мазепа, і над вечір 29 червня запорожці вже перевезли його, Орлика та іншу старшину, що лишилася біля Мазепи, на правий берег. Король Карл не міг поспіти за Мазепою, тяжка рана завдавала йому під час подорожі великої муки і примушувала везти його обережно, а між тим російське військо хутко настигало шведів. Становище короля було дуже скрутне і коли б Гордієнко не наготовив для нього заздалегідь двох дубів, то він дістався б царю Петру у бранці. Та тільки Гордієнко вже держав задля нього на поготові два спаровані докупи байдаки і, як тільки уночі короля привезли, він вкотив його карету на ті байдаки і перехопив короля на правий берег Дніпра.
За день 29 червня шведського війська та мазепиних козаків перевезлося за Дніпро дуже небагато, через брак човнів. Далеко з більшим поспіхом перевозилися через велику річку запорожці. Передбачаючи собі од побідників мордування та смерть, запорожці перепливали Дніпро разом з кіньми, держучись за їхню гриву, піші ж кидались у воду, захопивши до рук дошки з возів, ярма, колеса або в'язки очерету і, держачись за ті речі, перепливали річку самоплавом. Через це, коли ранком 30 червня до Дніпра наспіло російське військо, на лівому березі лишилося ще 16.000 шведів, тисяч зо три українських козаків та повстанців і тільки 220 запорожців.
Стерявши мужність і розгубивши, мабуть, під час втечі гармати й обоз, шведський генерал не наваживсь вступити в битву і запитав привідця російського війська Меншикова, на яких умовах шведи можуть здатись. Той одповів, — що вони мають видати зброю і тоді їм всім буде забезпечене життя, за винятком запорожців та інших підданців царя — зрадників. Шведи скорились своїй долі, запорожці ж, знаючи, які нечувані муки чекали їх у руках побідників, кинулися з берега Дніпра і здебільшого загинули у хвилях рідної річки. Найтяжча доля судилася козакам гетьманським та повстанцям: їх півроку мордували по в'язницях, катували на шибеницях, колесували, четвертували, а деяку частину заслали у Сибір на каторгу.
За Дніпром Гордієнкові й запорожцям був вільний шлях на Запорожжя, де було чимало захисних місць для того, щоб стати новим кошем, а проте він не хотів покинути шведського короля й Мазепу, котрі без запорожців, у степах неодмінно загинули б. Він повів їх понад річкою Омельником, а далі порадив іти через верхів'я Інгульця та понад Інгулом на південь.
Ранком 6 липня Гордієнко вивів усіх мандрівників до Бугу і біля берега тієї річки всі отаборились на 25 верст нижче устя річки Інгул. Треба було перевозитись на правий бік Бугу, що був тут у дві версти завширшки, а ніяких засобів до перевозу не було. Довелося послати до Очаківського паші просити суден для перевозу і прогаяти через те декілька днів. Нарешті шведи за великі гроші добули турецький корабель і перевезлись на турецький бік, а за шведами почали перевозитись і запорожці; але ледве вспіла перевезтись половина їх, як до Бугу почав наближатись Волконський з російськими драгунами. Тоді ті запорожці, що не вспіли перевезтись за Гордієнком, повернули коней по Бугу і подались у добре їм відомі байраки Дикого Поля; заплутавши ж у степу драгунів, повернули на устя Дніпра і приєднались до того товариства, котре з кошовим отаманом Петром Сорочинським вже скупчилося на устях річки Кам'янки.
Прибувши в Очаків, король Карл, не маючи з чого годувати запорожців, дозволив їм іти, куди самі знають, і більшість їх теж подалася степами на Запорожжя, Гордієнко ж з кількома сотнями товариства все-таки лишився біля короля і перейшов з ним та з Мазепою у Бендери, де Мазепа, пригнічений тяжкими подіями і чутками, що цар Петро дає туркам 300.000 талярів, аби йому видали гетьмана, 22 серпня року 1709 помер.
Незважаючи на тяжку недолю, що впала на голову спільників короля Карла, Гордієнко та Пилип Орлик, що лишився після Мазепи старшим представником України при шведському королі, не стратили свого завзяття й надії на те, що занепад шведського короля й України тільки тимчасовий і що навіть султан турецький не повинен згодитись на те, щоб Росія, зрештою, прилучила до себе Україну й Запорожжя. Гордієнко пестував у своїй душі мрію, що за допомогою Швеції й Туреччини Україна таки буде незалежною ні від кого державою і тепер клопотався про те, щоб султан дозволив запорожцям закласти Січ на татарських землях біля Дніпра.
Коли султан дав на те свою згоду, Гордієнко, раніше, ніж повернутись на Запорожжя, визнав потрібним обрати гетьмана незалежної од Російської держави України, і на козацькій раді, скликаній у травні 1710 року у Бендерах, гетьманом України було проголошено Пилипа Орлика.
Після того Гордієнко й запорожці з одного боку, а Орлик з другого склали умову про те, як повинна порядкуватись надалі Україна. Та умова або сказати б конституція складалася з багатьох пактів, з котрих ми зазначимо десять, на нашу думку найголовніших:
1) По Україні мусить панувати віра православна з митрополією у Києві, залежною тільки од Царградського патріарха;
2) Межа України з Польщею повинна бути по річці Случ, а з Московією, як зазначено у Переяславській умові з Богданом Хмельницьким;
3) З кримським ханством має бути приязнь;
4) Столиці України Києву і всім городам українським хай будуть забезпечені давні права;
5) Гетьман повинен пильнувати, щоб ні полковники, ні інша військова старшина не забирали собі у підданці і не примушували ні до якої панщини ані козаків, ані посполитих;
6) Гетьман не має права нікого призначати на посади, бо всі посади мають бути виборні;
7) Гетьман не має права нікого судити, а всі справи, навіть за образу самого гетьмана, передавати на генеральний суд;
8) Тричі на рік: на Різдво, на Великдень та на Покрову у гетьманській резиденції мають бути генеральні ради задля вирішення всяких найважніших справ. На ті ради мають з'їздитись: генеральна старшина, полковники з усією полковою старшиною і сотниками; виборні од полків, генеральні совітники і представники Запорозького Війська;
9) Побудовані російським військом на Запорожжі городи повинні бути зруйновані, і ніхто на запорозьких землях не має права будувати ніяких городів;
10) Городи: Трахтемирів, Келеберда й Переволочина з перевозами повинні належати Війську Запорозькому, а також і весь Дніпро з усіма річками, починаючи од Переволочини до самого Очакова.
Опріч цих головних пактів було списано ще багато другорядних, що дуже докладно обгрунтували конституцію України.
Десятого травня року 1710 король Карл XII ухвалив як обрання Орлика гетьманом, так і вищезазначену констнтуцію. Здавалося, все було обмірковано добре, та тільки не судилося упорядчикам конституції повернутись на Вкраїну, щоб здійснювати її.
Поки Гордієнко клопотався про тимчасову протекцію для запорожців од султана та кримського хана, до нового коша запорозького, на устя Кам'янки, зібралося вже знову біля 8.000 козаків і кількість їх щодня збільшувалася втікачами з України.