Відчинивши тими боями собі шляхи на Україну, Гордієнко пішов з військом у Диканьку, де перебував Мазепа. Бажаючи щастя Україні, запорозький кошовий отаман рішив забути свою зневагу до гетьмана, поєднатись з ним і навіть признати старшинування Мазепи, як гетьмана. Уступивши після урочистої зустрічі з боку Мазепиної старшини у хату, де жив Мазепа, і, заставши його біля столу, на котрому лежали військові клейноди, Гордієнко вклонився йому, поцілував на ознаку пошани гетьманський бунчук і у присутності запорозької й української старшини сказав Мазепі: "Військо Запорозьке і я дякуємо вам за те, що як гетьман України ви взяли до серця те становище, до котрого дійшла наша батьківщина, і почали визволяти її од московської влади. Ми певні, що саме з цією метою, а не з якоїсь персональної користі, ви попросили протекції шведського короля і тільки через те ми й зважились допомагати вам щиро, незважаючи на небезпеку нашого життя, і коритись вашій волі, так що ви волите наказувати нам, щоб досягти бажаної мети".Одповідаючи кошовому, Мазепа дякував Запорозькому Війську за довір'я і запевняв, що; покладаючись на шведського короля, він не мав на меті своєї користі, а вчинив так, не маючи вже сили терпіти неправдиві утиски на неньку Україну[9].
З Диканьки Гордієнко разом з Мазепою поїхав у Великі Будища, щоб стати перед очі шведського короля. У присутності запорозької старшини та почету короля Карла Гордієнко звернувся до нього з промовою латинською мовою[10], дякуючи од усього Війська Запорозького за те, що король обіцяв оборону як Війську Запорозькому, так і всьому народу українському проти загального ворога. За короля одповідав Гордієнкові теж латинською мовою шведський державний секретар Гермелін. Він висловив запорожцям королівську подяку за хоробрість під Царичанкою і радив скористатись щасливим випадком і добути собі стародавню волю та права. Ця промова після того була ще раз переказана слов'янською мовою, щоб могли зрозуміти її всі запорожці.
Після тих промов король частував Мазепу, Гордієнка й їхню старшину обідом, а на другий день у прнсутності короля відбулися наради про військові справи. По скінченні ж нарад з королем Гордієнко перевів своє військо під Полтаву, де сиділа велика московська залога, на південь, у Нові Санжари, і там розташувався табором.
Через якийсь час сюди, до кошового, дійшли вісті, що запорожцям дуже шкодить Чигиринський полковник Галаган[11], повідомляючи Меншикова й Голіцина про всі рухи запорозького вінська. Гнат Галаган був колись полковником на Запорожжі, пізніше ж перейшов до Мазепи і став полковником на Україні і найближчим після Орлика однодумцем Мазепи. З Мазепою разом він перейшов і до Карла XII, та тільки, роздивившнсь, що у шведів удесятеро менше війська, ніж у царя, і вгадавши, на чиєму боці буде перемога, він скористався випадком, коли був з козаками на під'їздах, і перебіг до російського війська, при чому захопив у бранці і привів до самого царя кілька десятків шведів. Цар пробачив Галаганові його тимчасову зраду і, призначивши його полковником охочекомонного полку, звелів служити собі проти запорожців, звичаї котрих Галаган добре знав.
Щоб покарати того запорозького зрадника, Гордієнко послав на Чигирин полк запорожців, та вони не змогли добути Галагана, бо Голіцин встиг прислати йому з Києва поміч.
З того часу почалися на Військо Запорозьке й Гордієнка пригоди. На Січі поміж запорожцями, що не пішли з Гордієнком та тими, що позбирались з рибальства, повстали сварки. Прихильники Гордієнка зачіпали московських людей, що сиділи у Кам'яному Затоні і хотіли добути ту кріпость, прихильники ж покори не давали того зробити. На початку квітня помірковані взяли гору і, скинувши позаочі Гордієнка з кошевства, обрали замість нього Петра Сорочинського.
Російський уряд уже тішився з приводу обрання на Січі нового кошового отамана, але не минуло й кількох тижнів, як настрій на Січі знову відмінився і більшість товарнства, до котрої приєднався і сам Сорочинський, ухвалила на раді обстоювати свої права й вольності зброєю і послати до кримського хана просити його помочі.
Тим часом на полки Гордієнка почав наступати з російським військом генерал Рене. Він вибив невеликі ватаги запорожців з Маячки та Нехворощі на Орелі і вирізав по тих містах всю людність разом з жінками й дітьми за те, що допомагали запорожцям, а всі оселі попалив. Далі він перейшов до Сокілки на Ворсклі і став там табором з сьома тисячами драгунів та піхоти. Квітня 17 до Сокілки ж на допомогу запорожцям прийшов шведський генерал Крузе з трьома тисячами війська і, оточивши разом з запорожцями табір росіян, почав добувати його. Становище Рене стало дуже скрутним. Він з російським військом мусив продиратися крізь ворогів і хоч вирвався з облоги, та втратив при тому 1.500 москалів.
Через бої по Орелі Гордієнко не спромігся заступити шляху російському війську, що саме пливло Дніпром з Києва руйиувати Січ. Карл XII, вступаючи з Литви в Гетьманщину, необачно покинув позаду себе Канів з чималим російським військом князя Голіцина і, коли дійшов до Полтави, то мав російське військо не тільки зі сходу та півночі, а й з заходу — у Києві, Каневі, Черкасах та Чигирині. Користуючись таким становищем, цар Петро I, як тільки на початку квітня дізнався, що новий кошовий Війська Запорозького Петро Сорочннський поїхав у Крим просити татарської помочі, зараз же звелів полковнику Яковлєву рушити з трьома полками війська Дніпром на Запорожжя і захопити Січ.
Спускаючись Дніпром, Яковлєв прилучив до себе по шляху полк донських козаків і вийшов на берег біля Келеберди, де стояла перша невелика запорозька залога. Запорожці, не маючи сили змагатись, одійшли на Переволочину. Яковлєв же Келеберду спалив і, вирізавши всіх мешканців, теж наблизивсь до Переволочиної. У цьому місті була невелика кріпость з запорозькою залогою у 600 козаків, та біля двох тисяч узброєних мешканців, що стали на бік запорожцїв. Оточивши Переволочину з чималою силою, Яковлєв вимагав, щоб запорожці віддались на царську ласку, та тільки запорожці, знаючи вже яку мала долю людність у Келеберді, що навіть не змагалась, воліли ліпше всім наложити головою у чесному бої, ніж віддатись на муку своєю волсю.Підкотивши гармати до міста, Яковлєв почав громити кріпость, а порушивши стіни, почав її штурмувати. Запорожці завзято оборонялись, та сила їхня була дуже слаба: гармат не було зовсім, а штиків на рушницях теж, у повстанців же зброя була ще далеко гірша. За якийсь час нерівної боротьби запорожці всі полягли у бою, з повстанцями ж та останніми переволочанамн росіяни розправились з нечуваною жорстокістю: всіх, хто ховався по хатах та повітках, вони замикали з двору і живцем палили разом з будівлями: інших або кололи й різали, або колесували й четвертували. За кілька годин у Переволочині не лишилось жодної живої душі та й самої Переволочини не лишилось, опріч димарів од хат. Навіть млини на Дніпрі Яковлєв звелів попалити, човни ж всі побрав з собою, під своє військо, і поплив далі.
Після Переволочини московське військо легко побрало обидва Кодаки, бо по них було лише по кілька десятків запорожців, і посунуло Дніпром та східним його берегом далі до Кам'яного Затону. Прилучивши там до себе московську залогу з великими гарматами, Яковлєв 9 травня підступив до Січі, а 10-го почав уже громити її з гармат.
Кошового отамана Сорочинського під той час у Січі не було — їздив у Крим просити ханської помочі, влада ж була у руках наказного кошового Якима Богуша. Всіх запорожців у Січі було не більше як 1.000 душ та й з тих більшість складали старі та покалічені діди; молодь вся була з Гордієнком у Гетьманщині, решта ж товариства, як звичайно, була по лугах та лиманах. Проте, незважаючи на обмаль товариства, Яким Богуш зумів вдмухнути в душі запорожців рішучість вмерти ліпше на окопах неньки Січі у нерівній боротьбі, аніж, зрятувавшись у плавнях Базавлуку, що зовсім легко було зробити, затоптати свою лицарську славу у болото і віддати Січ москалеві, як казали запорожці, "за спасибі".
Два дні громив Яковлєв Січ гарматними кулями та каленими бомбами, поки січові курені зайнялися й почали один по одному горіти. Запорожці намагалися гасити полум'я та Яковлєв перешкоджав їм те робити, б'ючи на них з гармат.
За два дні Богуш упевнивсь, що оборонити Січ з такою малою силою товариства, як у нього, неможливо, бо окопи й розкати Січі були довгі, і на третю ніч, покинувши Чортомлицьку Січ, перевізся з запорожцями на острів Старе Городище, де ще збереглися руїни Старої Січі часів Степана Баторія та часів приїзду на Запорожжя Еріха Лясоти, посланця німецького цесаря. Туди ж за ніч Богуш перевіз декілька гармат, поновив окопи і розпочав нове змагання. Тепер Яковлєву доводилось атакувати запорожців човнами, але коли москалі почали підпливати човнами, то запорожці влучно били їх з рушниць та гармат і, розбиваючи човни, кілька раз вкривали річку Скарбну головами потопаючих ворогів. Мая 14 був найдужчий штурм і хоч запорожці дуже потерпіли од гарматної пальби з берега, а проте відгромили військо Яковлєва і вбили при тому одного полковника, декілька офіцерів і більше трьох сотень москалів. Яковлєв почав уже вагатись, чи не покинути йому штурми, аж тут на поміч йому наспів з Чигирина полковник Галаган з двома охочекомонними полками. З такою великою силою, яка склалася після того у Яковлєва (біля 12.000 війська) йому вже нетрудно було добути запорожців і, зігнавши з усіх околиць якнайбільше човнів, він вдерся-таки на Городище і почав штурмувати стародавні окопи. Запорожці, одбиваючись шаблями, один по одному гинули на московських штиках, а все-таки не хотіли скоритись.Та чого не змогла зробити сила, те зробила зрада. Серед кривавого бою на окопи вискочив Галаган і почав присягатись, що він заступиться за своїх давніх товаришів і врятує їм життя, аби тільки вони видали зброю. "Ось вам хрест, товариші, — гукав він, — що ні у кого й волос не впаде з голови!" Ці слова засмутили запорожців і, побачивши, що їх лишилось лише невелика купка і що змагання безнадійне, вони почали складати зброю. Та не вспіли вони того зробити, як сам Галаган і натовпи москалів почали їх колоти.