Одночасно з тим Гордієнко почав утискувати росіян і у Кам'яному Затоні.
Хоч ці вчинки Гордієнка і були одверто ворожі до тодішнього російського уряду, а проте в них не можна вбачати заміру кошового стати на бік ворогів російської держави, бо у тому ж 1704 році 2.000 запорожців були при російському війську на Ладозі і в місяці червні брали участь в атакуванні шведів на Чорній Річці, біля Неви.
Року 1705 російський уряд, щоб забезпечити собі під час війни з шведами спокій з боку Туреччини, згодився на перемежування південних кордонів Запорожжя з татарськими землями. Гордієнко, стежачи за тим межуванням і побачивши, що представники царя не обстоюють непорушності запорозьких земель, протестував перед царем проти того, що запорозькі землі межуються без згоди і навіть участі запорозького коша і доводив, що од часів литовського князя Вітовта, межа з татарами починалася од Старого Очакова і йшла берегом моря та лиманом до самого устя Дніпра, "де урочище Сто Могил". "Та ще й море, — писав він, — було наше, поки з берега кінь діставав дно копитами; Дніпро ж завжди був запорозький і ніяких меж на ньому не було".
На протести Гордієнка російський уряд не звернув ніякої уваги і віддав татарам та туркам всі низи річок Інгула, Висуні та Інгульця, протягши межу од річки Бугу до устя річки Кам'янки у Дніпро. Запорозьке товариство не було дуже збентежене з того межування, бо не визнавало ніяких меж, а користувалось своїми землями до самих лиманів, як і раніше. Та не так спокійно глянув на цей вчинок російського уряду Гордієнко. Він тепер ще дужче упевнивсь у тому, що російський уряд, вимагаючи од запорожців кривавої служби на користь держави, зовсім не дбає про інтереси самого Запорожжя і може зрадити його повсякчас, коли з того, можливо, буде мати користь.
Роками 1706 та 1707 на Січі заходами Мазепи знову взяла гору партія поміркованої старшини, і кошовими отаманами були у ті роки Петро Сорочинський та Лукаш Тимофієнко. Кошевства їхні визначались тим, що на Січ приїздив з Дону, збираючись підняти проти московської влади оружне повстання, козак Булавін[8]. Він умовляв запорозький кіш подати йому помочі і виступити проти московського війська, поки більшість його на війні з шведами.
Кошовий отаман Сорочинський рішуче повстав проти цього і навіть примусив Булавіна виїхати геть з Січі. Цей вчинок Сорочинського не до вподоби був більшості запорожців, бо на Січі ще жили перекази про ті часи, коли донські козаки допомагали запорожцям і у морських походах на турків, і у боротьбі з поляками. Великі натовпи незадоволених Сорочинським запорожців зібрались на раду, вимагаючи од Сорочинського, щоб за лицарським звичаєм подав донським козакам помочі, а коли він одмовився те зробити, то рада скинула його з уряду і обрала учетверте вже Костя Гордієнка.
Проте й Гордієнко не згодився вести запорожців на Дін на поміч Булавіну, щоб не лишати Запорожжя нє обороненим од татар та російського війська, котре стояло поруч Січі у Кам'яному Затоні і Новобогородську. Він тільки на раді оголосив, що за стародавніми звичаями, всі запорожці під проводом отаманів Безпалого та Драного пішли на Донець на поміч Булавіну. Як відомо, всі ті козаки, року 1708, після бою з російськнм військом на річці Торці, булн оточені російським військом та козаками Мазепи у Бахмутському городку, і надзвичайно уперто там обороняючись, всі до одного наложили головою.
У приборканні повстання Булавіна Мазепа з наказу царя Петра взяв найжвавішу участь і через те треба гадати, що року 1708, навіть за кілька місяців до поєднання Мазепн з Карлом, між ним та Гордієнком ще не було нічого спільного, та й сам Мазепа навряд чи мав тоді на мислі переходити на бік Карла, бо трудно зрозуміти, щоб, намисливши таке діло, він, гамуючи повстапня донців, собі копав яму.
Тим часом восени року 1708 король шведський Карл XII уступив з невеликим військом з Литви в Україну і тут несподівано для всіх розійшлася по Україні чутка, що Мазепа за Десною поєднався з Карлом. Зроблено було це Мазепою зовсім необачно. Замість того, щоб згромадити козацьке українське військо на час такої рішучої події біля себе, він, навпаки, розкидав його поза межі України: частину послав з наказу царя Петра на Дін та Донець, другу на Литву і третю навіть на береги Неви, так що до Карла він привів зовсім нікчемну потугу у якихось 4.500 козаків, та ще купку військової старшини, котра, до того кажучи, порозбігалася од нього зараз же, як тільки побачила, що війська шведського занадто мало.
Друга необачність Мазепи була у тому, що він під час свого гетьманування утискував українське поспільство і навіть козацтво, через що замість того, щоб придбати любов народну, придбав собі од нього зневір'я і зненависть. Нарешті, третьою помилкою Мазепи було ворогування з запорожцями і найбільше з Гордієнком, для котрого вчинок Мазепи був такою ж несподіванкою, як і для всієї України.
Помилками Мазепи цар Петро I зразу ж скористався. Він поспів вислати з України всі козацькі полки, які ще там лишились раніше, ніж старшина тих полків довідалась про єднання гетьмана з шведами, а на Україну зараз же прислав військо московське з Меншиковим і обсадив їм всі городи, де ще не було шведів. На Батурин російське військо напало раніше, ніж туди поспіли шведи й Мазепа, і добувши його через зраду когось з місцевої людності, що одімкнув потайний пролаз, сплюндрувало місто дощенту, вирізавши до ноги всю людність. Далі, негайно після того, цар викликав у Глухів козацьку старшину з трьох полків, що не пішли з Мазепою і нічого не відали про його заміри, і там звелів обрати гетьманом млявого вдачею стародубського полковннка Скоропадського.
На Січі про приеднання гетьмана до шведів довідались теж нескоро. Тільки у середині листопада кошовиії Гордієнко майже одночасно дістав два листи: першого од Мазепи з повідомленням, що, рятуючи рідний край од московської неволі, він поєднався з шведським королем Карлом XII, і другий од царя Петра з повідомленням про зраду Мазепи і з порадою лишитись вірним царю. Слідом за тими листами на Січ прибули царські посланці Кисленський та Теплицький. Вони привезли Гордієнкові нового листа, у котрому цар, повідомляючи Військо Запорозьке про обрання Скоропадського гетьманом замість Мазепи, умовляв запорожців бути слухняними новому гетьманові.
Разом з останнім листом на Січ були привезені коштовні од царя подарунки: кошовому 500 червінців, старшині 2.000 червінців і на козаків 12.000 червінців. Гордієнко подарунки прийняв, у відповідь же на царську грамоту написав за згодою ради довгого листа, у котрому повставав вже не тільки за права Війська Запорозького, але й за права всієї України. Лист був повний докорів за порушення московськими царями автономії Українн, забезпеченої Переяслівською умовою з Богданом Хмельницьким під той час, коли Україна, визволившись з-під польської кормиги без помочі московської держави, прилучилась до неї своєю волею. Наприкінці листа Гордієнко вимагав од царя: 1) щоб на Україні було знищено все російське й українське панство, козацтву ж та людові посполитому щоб була повернена повна воля й давні права, які вони мали під час Переяслівської умови; 2) щоб всі московські городки по Самару та у Кам'яному Затоні були негайно розкопані й знищені.
Таким чином і в даному разі Гордієнко не таївся зі своїми бажаннями й вимогами, як Мазепа, а писав одверто, не вважаючи на те, що знав палку й сувору вдачу царя Петра і силу його війська.
Не діставши на свого листа одповіді, Гордієнко зрозумів, що нема чого сподіватись йому царської ласки та згоди на його вимоги і після того, як 1 січня року 1709 був у шостий раз обраний кошовим отаманом, вирядив два виділи Запорозького Війська, кількістю на 6.000 душ у Старий та Новий Кодаки, маючи метою, щоб не дати російському війську захопити ті кріпості і тим перетяти запорожцям шляхи на Україну і до шведського війська.
Довідавшись про настрій Гордієнка, російський уряд почав чинити всякі заходи до того, щоб скинути ного з кошевства, а у військо вкинути замішання. I справді, після виходу з Січі більшості війська останні запорожці почали хвилюватись. Всім уже було видно, що справа йде до одвертої війни з Московською державою і це страхало поміркованих козаків, а найбільше тих, що мали якусь маєтність на Запорожжі або на Україні. На радах, що одбувались у Січі з приводу війни, Гордієнко, чуючи нарікання поміркованих, не один раз і булаву складав, та запорозька молодь і голота всякий раз примушувала його знову приймати уряд кошового, московських же прихильників розганяла і навіть била.
Побачивши, що Гордієнка скинути з уряду нелегко, Меншиков, щоб перетяти йому шлях на Україну, опанував з російським військом Омельники, Кременчук, Потоки, Монжалієвку та декотрі містечка по Орелі. Тільки й це не помогло: не діставши од царя ніякої навіть обіцянки про задоволення запорозьких вимог, Гордієнко вже рішив приєднатись до шведського короля і зробити останню спробу зброєю повернути Україну до вільного й незалежного життя. З тією метою 1 березня Гордієнко, лишивши Січ на наказного отамана Михайла Симонченка, рушив з тисячею запорожців з Січі на Кодаки і, прилучивши до себе виділи війська, вислані у Кодаки раніше, пішов на Переволочину. Там відбулася велика рада, у котрій брала участй також і запорозька переволочанська залога з полковником Нестулієм, і на тій раді всі запорозькі козаки ухвалили приєднатись до Мазепи й шведів.
У середині березня Гордіенко рушив з запорожцями на Царичанку, а проти нього туди ж з 3.000 російських драгунів вийшов бригадир Кемпель. Запорожці рішуче атакували драгунів і більше сотні з них порубали та стільки ж захопили у бранці, останніх же розігнали.
Після того Гордієнко погромив російське військо під Келебердою і почав добувати городи по Орелі й по Ворсклі. Український простий люд ще добре пам'ятав славу своїх заступників і оборонців його волі запорожців і почав озброюватись та прилучатись до запорожців, так що під рукою Гордієнка скоро згуртувалось біля 15.000 душ. Проте з повстанців запорожцям було користі дуже мало, бо проти гармат, рушниць та штиків російського війська вони мали тільки коси та вила.