У Трубецького знову просять допомоги прибічники Пушкаря — Золотаренко, Филимонов і Цюдюра. На милість російським військам здаються Переяслав, Ніжин, Батурин, Глухів, Новгород-Сіверський та інші. Про булаву мріє і Хмельниченко. його підтримують запорожці. Довідавшись про це, Виговський утік із Чигирина та скликав раду біля Германівки. Сюди прибув і Юрко. Рада звинуватила Виговського у спустошенні України татарами; почалися бійки; було вбито кількох прибічників гетьмана. Сам Виговський ледве втік із загоном. На околиці Білої Церкви зібралась "Чорна рада", на якій він передав булаву Хмельниченкові, але той пообіцяв залишитися вірним Польщі. Козаки випустили з Чигирина дружину й дітей та полонених поляків. Тоді ж московські посли підписують із гетьманом нові угоди, але з істотним обмеженням переяславських статей. Українська церква мала благословлятися московським патріархом. Невдоволена старшина й поспільство могли скаржитися Москві, писати доноси; Україна уже зобов'язувалась платити данину, постачати підводи, їжу. Виговського із родиною оголосили зрадником, і царат вимагав його видати разом із родиною, дітьми, братом Данилом, Щоб ніхто із Виговських надалі не обіймав жодних посад.
Данила видали і стратили в Москві, а Йван утік до Котельви.
Після двох років гетьманства Виговського посилився жахливий розбрат: місто воювало з містом, син грабував батька, батько — сина. Мета: щоб не бути під владою ні паря, ні короля. Думали того досягти, посваривши сусідів, погрожуючи королю іменем царя, а цареві — королем. Інші просять Бога, щоб потрапити в його міцні руки і щоб наступив спокій.
За короткий час змінилося три гетьмани. Виговський переїхав із Котельви до Хмільника.
Почався похід Шереметєва на Польщу. Його загони зіткнулися з військом Виговського й розбили його. Тоді Виговський перебрався до Полонного і далі — в Дубно. Він допомагав полякам у битві під Чудновом, де Шереметєв зазнав цілковитої поразки, і там за наказом Виговського було страчено Цюцюру. Виговський переїжджає до Бара, де обіймає посаду старости. Наприкінці 1663 року Ян Казимир з великою потугою наступає, щоб відвоювати Україну. Він прибув під Глухів. Його супроводжували козаки правобічного гетьмана Павла Тетері, що 1660 року став на місце Хмельниченка. На Правобережжі залишилась польська сторожа на чолі з Маховським. А тим часом на Брацлавщині спалахнуло повстання селян проти шляхти, де було її знищено. Довідавшись про це, на допомогу Маховському прибув Тетеря. А Виговський тоді виїхав до Фастова, видав, універсал, яким закликав народ до спокою і радив замість Тетері вибрати нового гетьмана. Тетеря зрозумів, що Виговський сам претендує на булаву. Поляки схопили полковника Івана Богуна і стратили. Тетеря звинувачував у зраді і митрополита Иосифа Тукальського та Хмельниченка. Незабаром Маховському вдалося в Рокитному затримати Виговського і, всупереч тому, що колишній гетьман був сенатором, його судили військовим судом і за день у в'язниці, коли він читав акафіст пресвятої Богородиці, розстріляли. Довідавшись про це, його дружина померла, обох поховали разом в одному скиті.