1513 рік був тяжким для нього. Він засмучений війною, у якій папа у спілці з Іспанією та Англією воював проти Франції та Шотландії. Північ Італії охопило полум'я бойових дій. Антивоєнна тема присутня у більшості творів Еразм Роттердамського, але завершеного вигляду вона набула у славетній декламації "Скарга Миру" (1517). Автор нарікає на те, що чвари вже досягли глобальних масштабів. Вони захопили і сірому, й аристократію, і придворних, і вчених, і священиків. У людських душах вирують згубні пристрасті. Це суперечить самій природі, якій притаманна внутрішня гармонія та злагода, війна є ганебним порушенням Христового вчення і обов'язку перед людьми, адже ініціаторами кривавих чвар виступають, здебільшого, саме ті, хто мав би піклуватися про добробут громадян, — монархи та священнослужителі. На думку Еразм Роттердамського, лише милосердя може врятувати світ.
У 1514 р. Еразм Роттердамський залишив Англію і вирушив до швейцарського міста Базель. В дорозі його зупинили і передали наказ повернутися у монастир Стейн. Але Еразм Роттердамський відмовився скоритися приписові, мотивувавши своє рішення важливістю своєї праці: упродовж наступних трьох років він завершує філологічний і текстологічний аналіз та коректуру тексту Нового Заповіту. У 1517 р. Еразм Роттердамський видав виправлений і прокоментований грецький текст. Латинський переклад побачив світ у 1519 р. Тоді ж таки Еразм Роттердамський здобув підтримку від короля Карла І Іспанського, майбутнього німецького імператора Карла V, обійнявши посаду королівського радника без обов'язку служити — це стало запорукою матеріального добробуту письменника. На знак вдячності Еразм Роттердамський присвятив Карлові трактат "Виховання християнського державця" (1515), у якому поєднуються ідеали платонівського володаря-філософа, християнського монарха-батька і сучасного політика, підкреслюється важливість інтелектуального та духовного розвитку, схильності до християнського милосердя. Крім того, у ці роки Еразм Роттердамський не припиняв широкої видавничої діяльності. Так, у грудні 1519 р. він узяв участь у першому виданні книги Т. Мора "Про найкращий устрій держави і про незнаний острів Утопія".
Протягом 1517—1521 pp. Еразм Роттердамський жив у Лувені, підтримував міцні зв'язки і листувався з багатьма гуманістами. Він — визнаний провідник гуманістів півночі. Але саме в цей час у нього ускладнилися стосунки з католицьким кліром. Усе почалося з моменту опублікування М. Лютером його знаменитих тез проти римської курії. Одразу ж була зауважена близькість релігійних шукань і критицизму Лютера та Еразм Роттердамський. Це стало приводом для звинувачення останнього. Кожен з ворожих церковних таборів вимагав підтримки від знаменитого гуманіста, погрожуючи репресіями у випадку відмови. Як видно зі "Скарги Миру" і листування, Еразм Роттердамський сприймав чвари, породжені церковними суперечками, як іще одну європейську трагедію і не хотів брати у них участі. Але події змусили його висловити своє ставлення до Реформації — він залишився католиком.
З 1521 по 1529 р. Еразм Роттердамський знову зупинився у Базелі, допоки місто не стало на бік Реформації. Тут він написав низку богословських праць, славнозвісний збірник діалогів "Домашні бесіди" (1522—1524), діалог "Ціцероніанець"(1528).
"Домашні бесіди" були надзвичайно популярними серед сучасників. Ще за життя Еразм Роттердамського було опубліковано близько 100 видань цієї книги. Автор задумав "Домашні бесіди" з педагогічною метою — як матеріал для навчання, виховання і вправляння у добрій латинській мові. Дуже серйозно ставлячись до виховання, Еразм Роттердамський обрав для своїх діалогів найактуальніші теми: війна та мир, проблеми церкви, родина та шлюб, виховання шкільне та домашнє, гігієна й етикет. Серйозність теми завжди поєднується з ігровим елементом у самій структурі розповіді. Іронічна сценка, комедійна сценка, побутова замальовка посилюють виразність, дозволяють відмовитися від прямого дидактизму. Діалоги досить різноманітні за композицією. Вони можуть складатися з реплік, промов і навіть оповідок. Розповідь нерідко містить елементи інших жанрів середньовічної міської літератури (анекдот, шванк). Таким чином, "домашня бесіда" Еразм Роттердамського — синтез традицій Лукіана, Петронія, Ювенала, міської сміхової культури у поєднанні з сучасною темою та класичною латиною — стає новим жанром гуманістичної літератури.
Серед діалогів Еразм Роттердамського особливий характер має діалог-памфлет "Ціцероніанець". Він дуже важливий для розуміння естетики і смаку північноєвропейського гуманізму. Головна проблема памфлету: що означає наслідувати античність? Це наслідування не можна сприймати як рабське копіювання. Сучасність ставить перед людиною нові завдання, і вирішувати їх треба у раціональних, сучасних формах, які відповідають поставленій меті. Нерозумними є ті т. зв. гуманісти, котрі, поклавши все життя на укладання словника мови Ціцерона, тепер не хочуть визнавати жодного слова, що не входить до цього словника. Еразм Роттердамський, як завжди, застосовує карикатуру, зображаючи ціцероніанця, який перед читанням Ціцерона здійснює ритуальну купіль, молиться на його портрет або носить його зображення на шиї, наче ладанку. У Ціцерона, вважає Еразм Роттердамський, слід навчатися способів створення досконалого стилю, методів композиції промови, але не втрачаючи почуття часу. Цю ж думку гуманіст висловлює у праці "Про те, як слід писати листи": жодного фанатичного копіювання античних зразків, традиції — це лише школа для розуму та смаку.
Одним із найзнаменніших полемічних творів Еразм Роттердамського є діатриба "Про свободу волі" — не лише тому, що вона спрямована проти Лютера, а й передусім тому, що у ній висвітлюється одна із найдискусійніших проблем часу, яка входить до концепції людини. Лютерівську доктрину про цілковиту попередню визначеність у долі людини Еразм Роттердамський прийняти не міг, як не міг остаточно стати на бік Піко делла Мірандоли ("Слово про гідність людини", 1486), котрий стверджував, що людина власними зусиллями може піднятися вище за ангелів. Нехтування свободою волі позбавляє людину прагнення до самовдосконалення, відбирає у неї сенс життя, дискредитує посмертне спокутування гріхів. А сподівання лише на свою волю робить людину надто зарозумілою. Еразм Роттердамський вважає, що все випливає з божественної необхідності, а завершується в міру божественної благодаті. Тобто дії належить бути з необхідності, але перебіг і склад цієї дії залежить від волі і вибору людини. Головну роль у всьому цьому, на думку Еразм Роттердамського відіграє мораль: "Щире бажання стати доброчесним — це вже певна чеснота, отож, я вважаю, що не слід відкидати серце, сповнене таких помислів, навіть якщо спроба не завжди виявляється успішною". Аргументуючи свої міркування, Еразм Роттердамський часто посилається на патристику, особливо на Августина, цитує античних стоїків, змішує стильові барви задля концентрації в одному тексті усіх прийомів риторичної переконливості.
У 1529 р. Еразм Роттердамський переїхав до австрійського містечка Фрайбург і жив тут до 1535 р. Крім богословських роздумів, він віддавав багато часу роботі над творами з педагогіки, вбачаючи у цьому свій внесок у формування нової школи, тобто нової ментальності, а отже, й іншого суспільства в майбутньому. Серед праць останніх років найвідомішими є "Про раннє і доброчесне виховання дітей"(1529), "Про пристойність дитячої поведінки" (1529), "Про укохану злагоду в церкві" (1533), "Про приготування до смерті" (1534). Еразм Роттердамський тяжко приголомшила звістка про страту його друга Т. Мора (1535). У невимовній скорботі сивоголовий вже і кволий Еразм Роттердамський сказав: "У мене таке відчуття, немовби я сам страчений разом із ним". Лише на рік пережив він свого колегу: помер 12 липня 1536 р. у Базелі.
Перше зібрання творів Еразм Роттердамського побачило світ у Базелі в 1540 — 1541 pp. і складалося з 9 томів (видавець І. Фробейн). Підготував публікацію учень і друг Е. Р. Беат Ренан (1485—1547) за планом, який склав ще сам письменник. Друге зібрання творів (10 томів) вийшло друком у Лейденів 1703-1706 pp.
Праці нідерландського гуманіста були відомі вченим Києво-Могилянської академії, вони були в бібліотеці цього навчального закладу, педагогічні принципи Еразм Роттердамського використовувалися при організації навчання. У бібліотеці Києво-Могилянської академії збереглося прижиттєве видання "Примітки до Нового Завіту" (1527). У 60-х pp. XVII ст. Є. Славинецький переклав брошуру Еразм Роттердамського "Про пристойність дитячої поведінки" під назвою "Громадянство звичаїв дитячих". І. Вишенський полемізував із Еразм Роттердамським щодо деяких положень, які той висловив у "Похвалі Глупоті", Ф. Прокопович згадував його у книзі "Риторика". До спадщини Е. Р. звертався Г. Сковорода, використовував його думки і образи. Мотиви твору "Похвала Глупоті" розробляли поети С. Симонід, Л. Баранович, С. Климовський. Із творами Еразм Роттердамського були добре обізнані М. Смотрицький, А. Радивиловський, Л. Зиза-ній, X. Філалет та ін.