Це книга про буденне життя, де сюжет "майже непомітний". Але водночас це й одна з тих трагедій, які постійно трапляються в повсякденній дійсності. Роман має багатозначний підзаголовок — "провінційні звичаї". Це вельми суттєво в концепції світу Флобера. Письменник наче перефразовує слова історика Ж. Мішле: "Немає провінцій — є лише Франція". Для Флобера сама Франція середини XIX ст. стала провінцією. У романі, розпочатому невдовзі після смерті Бальзака, в 1851 р., Флобер розвиває бальзаківські принципи: історія головної героїні, ім'ям якої названо твір, дає змогу побачити залежність її характеру від поглядів і звичаїв середовища, а також і саме середовище, яке відіграє у романі не менш важливу роль. Те, що це роман про звичаї, підтверджує й композиція: письменник починає з розповіді про Шарля Боварі, а закінчує розповіддю про аптекаря Оме. Емма з'являється аж у другому розділі, а після опису її смерті автор подає ще три розділи, у яких змальовує лицемірство кліру, примітивізм церковних обрядів, самовдоволену обмеженість і кар'єризм аптекаря Оме. Шарль, нікчемний у своїй залежності від зовнішніх форм життя, засвоєних від Емми, після її смерті вивищується над усіма іншими завдяки своєму вмінню щиро любити і глибоко страждати.
Завдання Флобера було надзвичайно складним — він прагнув "передати вульгарність точно і водночас просто". Для цього письменник змінював усталений тип композиції роману. Особливо важливу роль у "Мадам Боварі" відігравала експозиція — 260 сторінок, виклад основної дії займав лише 120—160 сторінок, а заключну частину, у якій описуються смерть Емми, її похорон і скорбота чоловіка, Флобер обмежив 60 сторінками. Таким чином, "описова" частина займала приблизно 320 сторінок — удвічі більше, ніж зображення подій. Це було зумовлено намаганням створити якомога тісніший зв'язок причин і наслідків у вчинках персонажів — згадаймо захоплення автора фаталізмом. До експозиційної частини роману входить зображення умов виховання Шарля та Емми. В образі Шарля підкреслюються душевна інертність і тупість сприйняття. Натомість виховання Емми є набагато складнішим, до нього входить і монастир, і період одразу ж після одруження, коли вона відвідує бал у замку. Тут автор накреслює все те, що згодом обов'язково проявиться у вчинках і характері героїні. Особливу роль Флобер відводив монастирському вихованню, у якому вбачав головне джерело розбещеності Емми. Неприродна ізоляція від реального життя розвинула у цій здоровій від природи сільській дівчині містичну млосність, романтичну меланхолію й екзальтованість. Потягло реальності виявлявся у читанні книг, де "тільки те й було, що кохання, коханці, коханки, панночки, які непритомніють у відлюдних альтанках, стомившись відбиватися від наполегливих домагань, поштові кур'єри, яких убивають на всіх станціях, коні, яких заганяють на кожній сторінці". Відірваність цієї лектури від реального життя, неприродність почуттів і ситуацій автор підкреслював згадкою про коней, "яких заганяють на кожній сторінці". Але його героїня не зауважувала неприродності, іронічно підкресленої авторським стилем.
Цей набір фальшивих оздоб і безсенсовне поєднання непоєднуваного, що виникло у свідомості Емми, призвели до протиприродного сприйняття реального страждання — смерті матері: розпач перших днів швидко минув, і "Емма в глибині душі була дуже задоволена тим, що одразу піднялася до того вишуканого ідеалу безрадісного існування, який назавжди залишається недосяжним ідеалом для посередніх сердець". Передаючи мішанину уявлень у свідомості Емми, Флобер готує читача до того, що його героїня поміняла місцями форму та зміст, і головним для неї став зовнішній, позірний аспект явищ, який підмінив сутність. А така підміна і є основою вульгарності. Все життя Емми перетворилося на прагнення відповідати зовнішній формі. Париж надив її романами Е. Сю, аристократичним Булонським лісом, описами дорогих меблів, дзеркал, оксамиту і мережив на модному вбранні. "Решта ж світу, — пише Флобер, — якось губилася, не мала точного місця і наче взагалі не існувала". І продовжує: "У своїх бажаннях Емма змішувала чуттєву втіху розкошування із сердечною радістю, делікатність манер з витонченістю душі". Прагнучи кохання, про яке читала у романах, вона тішиться тим, що у неї є коханець, не зауважуючи різниці у поняттях "кохати" і "мати коханця". їй здається, що й кохання виникло б саме по собі, якби вона могла "вийти на балкон швейцарського будиночка або заховати свій смуток у шотландському котеджі, знайти там притулок разом з чоловіком, і щоб на ньому були чорний оксамитовий фрак з довгими полами, м'які чобітки, гостроверхий капелюх і мереживні манжети". Зовнішню форму їй вдається віднайти: у Родольфа були і м'які чобітки, і оксамитовий фрак, але він з самого початку дивився на Емму як на тимчасову іграшку і від першого побачення думав про те, як її спекатися, коли набридне. Флобер показує поступову моральну деградацію своєї героїні, якій уже пропонують сплатити борг, ставши коханкою кредитора.
Якщо на початку роману Флобер змусив Шарля захопитися "відкритим, сміливим і довірливим поглядом" юної Емми, то у фіналі "все її життя перетворилося на суцільну брехню. Брехня стала для неї потребою, манією, насолодою". З її кохання — головної мети життя — поступово вивітрилися будь-які ознаки духовності. Проте Флобер аж ніяк не прагнув змалювати морально звироднілу істоту: його Емма — єдиний персонаж роману, котрий не може змиритися із зашореністю провінціалізму, у неї єдиної є ідеали, які не можуть принести їй жодної практичної користі. Але її трагедія полягає в тому, що банальному життю вона протиставляє банальні ідеали, не розуміючи їхньої вульгарності.
Флобер — психолог і дослідник життя суспільства — був глибоко переконаний у тому, що не всі думки і особливо почуття можуть бути виражені словами, не всі причини і наслідки слід піддавати тонкому словесному аналізові; письменник вважав за необхідне застосовувати так звану "підсвідому поетику" (за його власним означенням). Вона творилася за допомогою низки стильових особливостей: зосередженням уваги читача на витоках характеру, повторним обігруванням раніше використаних деталей або сцен, підтекстом. Хорт на малюнку і в житті Емми, капці із задертими носаками в кіпсеках і в руанському готелі, шовкові фіранки у мріях і на вікнах готелю, мрії Емми про м'які чоботи коханого і поява перед нею Родольфа у м'яких чоботах — все це щоразу, вказуючи на схожість реалій, підкреслює невідповідність мрії і дійсності, виявляє авторську іронічну і сумну думку про те, що речі, тобто зовнішнє, не можуть замінити почуття, духовного змісту, тобто внутрішнього, істинного. Приділяючи особливу увагу речам своїх героїв, Флобер викриває вульгарність сучасного йому світу, його обивательську сутність. Підтекст покликаний вказати на найскладніші, найпотаємніші душевні порухи, які й сама людина не завжди здатна пояснити словами. Сам підтекст у реалістичному творі можна вловити лише у контексті, тобто на підставі того, що ми вже знаємо про персонажа з його попередніх переживань та подій, у яких він брав участь.
Зв'язок причин і наслідків автор намагається ненастирливо виявляти і в психології героїв. Психологізм Флобера дещо інший, ніж психологізм авторів І пол. XIX ст.: письменник вважає, що починати дослідження слід з відчуття; емоція, яка у Бальзака і Стендаля нерідко скорялася законам розвитку думки, у Флобера ґрунтується не лише на зорових та слухових враженнях, а й на суто фізичних станах. Саме це призводить до того, що в романі неабияку роль відіграє фізіологія. Критика вороже зустріла роман значною мірою саме через фізіологічні елементи у структурі твору, вбачаючи у цьому апологетизування аморальності. Проте Флобер лише намагався якомога повніше дослідити особистість. Увага до потворності каліки-жебрака, до сцен помирання Емми, по суті, зумовлена все тим же намаганням яскравіше відтворити життєві ситуації, показати трагізм буденної реальності. Флобер переступає той поріг, що розділяє реалізм початку XIX ст. від натуралізму кінця віку, але натуралістом не стає, позаяк не вбачає у фізіології основної причини людських дій і станів. Головним для письменника залишається соціальний чинник.
Змінюється і портрет персонажа. Він може бути і традиційним, як портрет Шарля на початку роману. Іноді автор, змінюючи зовнішність, показує зміни духовної сутності: так, він зазначає, що невдовзі після одруження з Еммою Шарль "почав огряднішати, і здавалося, що його пухкі щоки притисли і без того маленькі очиці до самісіньких скронь". Коментар тут уже не потрібен: духовний занепад позначився і на зовнішньому вигляді персонажа. Особливо цікавими є портрети-характеристики Емми. Автор особливо ретельно подає їх аж тричі, щоразу через сприйняття героїні іншою людиною. Вперше Емму описує Шарль; у його сприйнятті вона дивовижна і простодушна; вдруге героїню змальовує Леон, якому вона здається романтичною, а втретє її характеризує Родольф; на його думку, мадам Боварі — фізично приваблива провінціалка. Своєрідна імпресіоністичність допомагає авторові не лише змалювати різні аспекти особистості героїні — перелічені вище якості й справді притаманні Еммі, а й одночасно передати провінційну наївність Шарля, юнацьку захопленість Леона, цинізм Родольфа.
Роман мав сенсаційний успіх. Можновладці побачили у творі "образу суспільної моралі, релігії та добрих звичаїв", автора і його видавця притягай до суду. Офіційний обвинувач на свій лад мав рацію: письменник справді виступав проти суспільної моралі, релігії та звичаїв, але цю мораль він показав брехливою, релігію — аморальною і бездуховною, звичаї — ницими.
Ненависть до самовдоволеного буржуа, який зневажав ерудицію "як ознаку вузького кругозору" ("Лексикон прописних істин"), захоплення Сходом і думками Спінози про єдність духовного і фізичного, людини і природи спонукали письменника взятися до створення історичного роману з епохи Пунічних війн. Уже в 1857 р. Флобер збирав матеріал для роману "Саламбо" ("Salambo"), який було закінчено у 1862 р. "Вежа зі слонової кості" надила поета до себе. Флобер поринув у вир враження від своєї подорожі в Єгипет, на береги каламутного Нілу.