"Мені подобається, — писав він, — у ньому [Сході] його неусвідомлена велич, гармонія непов'язаних явищ... Я пригадую Яффу, де одразу ж після прибуття мені в ніздрі вдарив трупний сморід і запах лимонних дерев; на цвинтарі виднілися напівзітлілі кістяки, а над нашими головами, на зелених деревах, гойдалися золоті плоди".
У "Саламбо" перед очима читача постають захопливі картини життя і побуту стародавнього Карфагена, сповнені "гармонією непов'язаних явищ". Автор, наче справжній романтик, насолоджується буянням ароматів і барв півдня, але, як завжди, перед ним стоїть завдання правдивого відтворення дійсності, психологічної вірогідності персонажів. Причинно-наслідкові зв'язки Флобер знаходить і в відтворюваному ним світі III ст. до н.е. "Саламбо" — роман історичний. Працюючи над цим твором, Флобер перечитав сотні томів спеціальної літератури. Він навіть називав "Саламбо" археологічним твором. У романі Флобер змалював катастрофічний момент в історії Карфагена, скориставшись при цьому досягненнями В. Скотта, і водночас відтворив переломний етап у розвитку свідомості володарів Карфагена, виступивши як реаліст-аналітик. Все це Флобер підпорядкував "єдності колориту" і вірності психології, чого не було у його попередників. Свої відступи від історичних джерел письменник принципово вважав можливими. Головним ідейним завданням автора знову, як і у романтиків, стало відтворення споконвічної боротьби у світі добрих і злих стихій. Письменник передає це у романі, протиставляючи культові богині Таніт — опікунки життя та кохання культ Молоха — бога війни та руйнування. Не зміг і не захотів Флобер уникнути зображення ницості політичних діячів: у романі про далеку минувшину письменник змалював членів Ради республіки безчесними, підступними, корисливими і жорстокими, їх прототипами стали сучасники автора — так "цвяхи чобіт" не давали йому відірватися від реальності.
У центрі цього роману, як і в центрі попереднього роману про сучасність, — постать жінки. Але якщо всі почуття Емми були спотворені прагненням наслідувати облудні ідеали, а її розум сприяв лише формуванню перекручених уявлень про світ, то Саламбо є істотою настільки чистою і природною, що навіть саме почуття кохання до Мато вона не називає цим словом, але вмирає, не в змозі пережити загибель коханого. Дедалі вагоміше місце у романі займає відтворення потворного. Флобер з притаманною йому майстерністю подає портрет суфета Ганнона, що розкладається живцем, змальовує сцени канібалізму серед загнаних у розпадину рабів, трупи розіп'ятих левів, страту Мато. Будучи реалістично точними, ці описи потворності контрастують з вишукано прекрасними шатами Саламбо, чарівною пишнотою покривала Таніт. Флобер, який не раз виступав проти романтичної пишності та "історичного реквізиту" В. Скотта, у своєму романі перевершив і французьких, і англійських авторів романтичної прози. Проте "Саламбо" з огляду на названі вище особливості стилю та провідну авторську проблематику не можна віднести до романтизму, цей роман вписується радше в систему літературних тенденцій середини XIX ст.
Сучасність стає головним змістом третього роману — "Виховання почуттів" (1869), у якому письменник показує духовну спустошеність сучасної йому молоді. Флобер писав про це покоління так: "Мені здається, що аморальні герої Бальзака багатьом запаморочили голови. Немічне покоління, що зараз метушиться в Парижі навколо влади і слави, нахапалося у цих романах придуркуватого захоплення якимсь обивательським аморалізмом, якого воно намагається досягнути... Тепер уже хочуть бути не Вертером або Сен-Пре, а Растіньяком або Люсьєном де Рюбампре. Втім, всі ці знамениті практичні і діяльні молодці, які пізнали людей, зневажають патетику, прагнуть до ґрунтовного, гамірні, біснуваті і т. д. — всі ці хитруни просто жалюгідні..." Саме такими персонажами насичений третій роман Флобера.
Дещо вирізняється з цієї маси невдатних наполеонів Фредерік Моро — він принаймні уміє кохати. Його перша зустріч з мадам Арну, коли він побачив її на пароплаві: залиту сонцем, у дивовижно вишуканій сукні із світлого серпанку з мушками, у солом'яному капелюшку з широкими крисами і рожевими стьожками, наче створює лейтмотив, що стає невіддільним від її сутності, від світлого почуття Фредеріка, яке він зберіг на все життя. Як там, на пароплаві, вона видивом з'явилася перед ним серед юрми і бруду, так маревом вона й залишилася серед розпусти і підлості того життя, яке вирувало навколо Фредеріка протягом 27 років, упродовж яких він перебував у полі зору автора. І ще Фредерік відрізняється від своїх приятелів та однолітків тим, що він не може робити кар'єру, нехтуючи моральністю. У фіналі роману Фредерік і його товариш підсумовують прожиті роки. Як найяскравішу подію вони згадують невдалі відвідини будинку розпусти, званого закладом Туркені, куди вони замолоду вирушили з букетом квітів, але так і не наважилися увійти всередину. Спогад і його сприйняття набувають символічних рис: тим, хто знає зміст роману, закладом Туркені видається вся продажна Франція. Авторською іронією насичені ці фінальні спогади героїв. Це також роман про втрачені ілюзії, але герої, на відміну від своїх попередників, не мають ані яскравих характерів, ані справжніх талантів; революція 1848 p., під час якої відбуваються події, залишається на периферії як роману, так і свідомості персонажів: Флобер не вірить у можливість поступального розвитку суспільства.
Франко-прусська війна, яка призвела до того, що рідне для письменника Круассе захопили німецькі солдати, крах Імперії Наполеона, неприйняття Флобером нової республіки викликали необхідність філософського осмислення світу і людського становища в ньому. Саме тому в 1870 р. Флобер почав працювати над третьою редакцією "Спокуси святого Антонія" ("La tentation de Saint-Antoine", перша ред. 1848, друга — 1856). У 1872 p. Флобер надрукував "Спокуси святого Антонія". Ця символічна драма виникла під враженням від картини П. Брейгеля, яку Флобер побачив у 1843 р. Філософський сенс усіх трьох редакцій майже не відрізняється, але в останній філософські питання позбулися абстрактності, властивої першим редакціям, і вирішуються здебільшого у психологічному плані.
Провідна ідея "Спокуси" пов'язана з анти-релігійністю. Флобер відкидає релігійний аскетизм, утверджує радість життя, єднання людини з природою, покликане звільнити особистість від егоїзму. Егоїстичне існування, на думку письменника, є основою обивательського догматизму й облудної сентиментальності.
Зі "Спокусою" тісно пов'язаний і останній, незакінчений роман "Бувар і Пекюше" ("Bouvard et Pecuchet"). Лейтмотивом цього твору є думка про те, що дилетантизм у науці породжує незліченні небезпеки. Думки про профанацію науки у сучасному світі виникали у Флобера ще під час роботи над романом "Мадам Боварі", коли був задуманий образ аптекаря Оме.
У 1876 р. Флобер створив незвичайний для себе твір — повість "Проста душа" ("Uncoeur simple"). Сам він писав про цю книгу так: "Історія простої душі" — це не що інше, як розповідь про непримітне життя бідної селянської дівчини, побожної і містично налаштованої, відданої без будь-якої екзальтації і ніжної, як свіжий хліб. Вона послідовно любить чоловіка, дітей своєї господині, племінника, старого, про якого піклується, а згодом папугу. Коли папуга гине, вона замовляє його опудало і, помираючи, плутає його зі святим духом. У цьому немає ніякої іронії, як ви можете подумати, навпаки — все це дуже сумно і дуже серйозно". Флобер написав це через тиждень, після того як поховали Жорж Санд, котра була його другом і на похороні якої письменник плакав. Ймовірно, що заперечення іронічного підтексту було зумовлене саме жалобним настроєм. Проте іронія помітна і в авторському переказі, є вона і в самій повісті, особливо у тому фрагменті, коли перед смертю героїні у її свідомості опудало папуги поєднується з ангелом. Але тут іронія автора не забарвлена глузуванням, як це було в його романах про сучасних міщан та буржуа. Він справді розказує дуже сумну історію, історію винятково доброї людини з нерозвинутим розумом, яка ледве вміє писати. У повісті утверджується не нова для Флобера думка про те, що для істинного почуття не конче мати розвинутий інтелект, бути освіченим. Прикладами можуть слугувати: негативним — мадам Боварі, позитивним — Саламбо. Проте сприймати Фелісіте як образ, що відповідає ідеалові Флобера, мабуть, не варто: у його ідеалі людини неодмінно поєднувалися освіченість, висока культура, вміння цінувати і розуміти мистецтво — самої лише простодушності для цього замало. Фелісіте протистоїть бездуховності світу міщан і буржуа. Саме у цій якості вона вписується в палітру образів Флобера, у систему створених письменником, котрий не визнавав дидактики, ідеальних чи просто позитивних героїв.
Українською мовою твори Флобера перекладали М. Лукаш, Д. Паламарчук, М. Гайдай та ін. Г. Храповицька