Тем более шокирующим оказалось известие о его гибели: поэт сорвался в лестничный пролёт между 9-м и 10-м этажами гостиницы, смерть была мгновенной. Свидетелей его гибели нет.
До сих пор не умолкают слухи о том, что смерть могла оказаться неслучайной, выдвигаются версии о самоубийстве или убийстве с участием спецслужб. По одной из версий, в момент гибели поэта с ним видели женщину. Якобы это была Павлина Медёлка: подруга юности, первая исполнительница роли Павлинки, агент ГПУ.
Янка Купала был первоначально погребен на Ваганьковском кладбище в Москве. В 1962 году его прах был перенесён в Минск и перезахоронен на Военном кладбище, рядом с могилой матери (умершей на другой день после сына, о гибели которого она так и не узнала, в оккупированном Минске). Над могилой Янки Купалы, как и погребенного неподалёку Якуба Коласа, воздвигнут большой мемориал.
После смерти Янки Купалы его именем были названы ряд географических объектов (населенный пункт, улицы), учебные заведения и другие организации Белоруссии.В Минске именем Я. Купалы названы Национальный академический театр имени Янки Купалы, Институт литературы и языка Национальной академии наук Беларуси имени Янки Купалы и Якуба Коласа, городская библиотека, станция метро, парк имени Янки Купалы.Имя Янки Купалы носит Гродненский государственный университет, в Пуховичском районе Минской области есть поселок Янка Купала.Улицы Янки Купалы есть во многих городах Белоруссии (Брест, Гомель, Минск и др.), России (Волгоград, Казань, Нижний Новгород и др.) и Украины (Киев, Луцк, Львов и др.). Кроме того, в Гродно есть проспект Янки Купалы, в Гомеле расположен сквер Янки Купалы.
В 1945 году в Минске открыт музей Купалы. Филиал столичного Литературного музея Янки Купалы открыли в 2 км от хутора Акопы — в деревне Хоруженцы (к 110-летию со дня рождения).