Роблячи головною героїнею роману куртизанку Нана, посилюючи фізіологічний, сексуальний елемент у романі, Золя хотів показати "розклад, що йде знизу, пастку, якій панівні верстви дають можливість вільно поширюватись". Образ Нана повинен символізувати всю Другу імперію, її пишну зовнішність і розбещену сутність.
На початку 80-х pp. Золя видав декілька теоретичних збірок, в яких підсумував свою працю, виступив як теоретик натуралізму. У збірках "Експериментальний роман" ("Le roman experimental", 1880), "Наші драматурги" ("Nos auteurs drama-tiques", 1881), "Натуралізм в театрі" (1881) та ін. Золя розвинув естетичні принципи О.Конта й І.Тена, братів ґонкурів, висунув концепцію наукового "експериментального" роману.
Золя вважав, що натуралізм у літературі існував завжди, але саме в XIX ст. склалися особливо сприятливі умови для його розвитку. Це пов'язано, передусім, з успіхами природничих наук і культом наукового знання загалом, що сформувався в XIX ст. Мистецтво має відгукнутися на поклик часу, відобразити зміни, які сталися, тому необхідно революціонізувати роман. В основі письменницької творчості має лежати той самий метод, що й у науці, — експеримент, тобто пильне спостереження та вивчення натури. Необхідно збагатити роман "науковим", фізіологічним розумінням людини.
Одним із найкращих романів циклу "Руґон-Маккари", написаних на засадах експериментального методу, став роман "Жерміналь". Відомо, що задум твору зазнав істотних змін у ході роботи Золя над матеріалом. Замислюючи свій роман як роман-дослідження, "експеримент", Золя хотів поставити героїв у граничну ситуацію злиднів, голоду, потреби в соціальній помсті та подивитися, чи не буде наслідком таких умов життя розгул кривавої стихії. Від початку Золя керується натуралістичною схемою: поведінку своїх героїв він схильний пояснювати в дусі дарвінівської теорії "природного добору" і боротьби біологічних видів."...Голодний робітник бореться за ситий обід директора" — така формула початкового задуму. Відповідно до своєї теорії "експериментального роману", Золя у процесі створення роману вивчав життя і побут гірників, бував у шахтах, спостерігав за умовами шахтарської праці, перечитував гори спеціальної літератури. Опанування матеріалом призвело до того, що Золя подолав натуралістичну схему і створив роман не про озвіріння голодних і страйкуючих шахтарів, а про пробудження народної свідомості, що підкреслено назвою роману. "Жерміналь" — весняний місяць за французьким революційним календарем, місяць пробудження природи.
Народ стає у романі уособленням вічно відроджуваного життя. Золя бачить народ як стихійну силу і милується міццю цієї розбурханої стихії, але водночас і страхається її руйнівних наслідків. "Роман написаний не задля того, щоби пробудити свідомість до революції, — писав Золя — Роман застерігає про можливість катастрофи, аби уникнути її".
"Жерміналь" — грандіозна фреска, яка складається з найдетальніших, імпресіоністичних за манерою описів шахтарського побуту та праці, що чергуються з розлогими символічними картинами (напр., образ шахти-чудовиська, що поглинає людей). Концепція особистості в "Жерміналі" та стилістика роману засвідчили, що Золя-митець виявився ширшим за Золя-теоретика натуралізму. Для письменника завузькі рамки натуралістичної доктрини. У "Жерміналі" Золя аналізує найважливішу соціально-історичну суперечність національного життя Франції кінця XIX ст., що її сам письменник означив "як боротьбу праці та капіталу". В одному з листів до Золя Ґ. де Мопассан писав про "Жерміналь":"...я вважаю цей роман найбільш могутнім і вражаючим серед усіх Ваших творів".
Наступний після "Жерміналю" роман про французьке селянство "Земля" викликав бурхливі протести літературної громадськості: декілька молодих письменників підписали "Маніфест" проти Золя. Образ темного і жорстокого у своєму прагненні до наживи французького селянина, наділеного якимсь патологічним почуттям власності, шокував буржуазну суспільність. У "Землі", дійсно, виявляється натуралістичне зацікавлення Золя фізіологічними основами людської психіки, наявна перебільшена увага до патологічного.
Роман "Гроші" — історія злету та падіння Арістіда Саккара та його "Всесвітнього банку". Золя продовжує розмірковувати над проблемами соціальної перебудови, порушеними ним у "Жерміналі".Аналізуючи значення і роль грошей у сучасному йому суспільстві, 3. вбачає в них як творчий, так і руйнівний первень. Ця думка про двоїсту природу грошей втілена в образі-символі "Всесвітнього банку", будівля якого подібна водночас і до величного храму, і до кафешантану. Будучи запорукою і рушійною силою соціального прогресу, гроші, воднораз, чинять згубний вплив на особистість, призводять до руйнування родинних уз, вбивають любов, отруюють мистецтво і свідомість людини. Крах "Всесвітнього банку" Саккара завдає незчисленних бід тисячам акціонерів, руйнуються людські долі (банкрутують Можандри, вчиняє самогубство Мазо, дочка залишає батька тощо). Золя розглядає у романі декілька шляхів подолання руйнівного впливу грошей на людину, але чіткої та однозначної відповіді на поставлене питання не знаходить.
Надзвичайно багатогранний образ великого ділка та фінансиста Арістіда Саккара. Йому притаманні енергія, заповзятливість, здатність ризикувати, душевна широта. Але, захоплюючись бурхливою діяльністю і масштабністю свого героя, буржуа нового типу, який прийшов на зміну лихварям-гобсекам, Золя покладає на нього відповідальність за численні людські трагедії.
Роман "Розгром" став логічним завершенням соціальної лінії "Ругон-Маккарів". Панування банкіра Саккара призвело Францію до катастрофи під Седаном. Друга імперія впала, Франція зазнає поразки у війні, армію полишає бойовий дух, нація деморалізована.
Свої надії на відродження Золя пов'язує з простими людьми, які зберегли здорове моральне почуття в атмосфері, здавалось би, розкладу. Таким персонажем, котрий уособлює здорові сили французької нації, стає в романі капрал Жан. Він ненавидить війну, але чесно виконує свій військовий обов'язок. У фіналі роману капрал Жан йде зі зруйнованого Парижа: він повертається у рідне село працювати на своєму полі. Золя ніби підхоплює вольтерівську думку: "Потрібно доглядати свій сад!" Тільки праця простих французів поверне Франції її минулу славу, сприятиме її відродженню.
Романом "Доктор Паскаль" завершується цикл "Руґон-Маккари". У романі Золя обґрунтовує свою концепцію спадковості. Молодший син П'єра Руґона та Фелісіте, Пуек Паскаль, ставши відомим вченим, вивчає історію свого роду, простежує закономірності індивідуальних доль, пояснюючи їх законами спадковості. У цьому романі Золя ніби знову повертається до натуралістичної схеми, що зумовило дещо спрощене трактування характеру та художню слабкість роману.
Цикл "Руґон-Маккари" — своєрідна "Людська комедія" нового етапу історичного розвитку Франції. Золя розглядає ті величезні зміни, які відбуваються в суспільному житті Франції, у свідомості сучасників на етапі "другого промислового перевороту". Показуючи рух суспільства вперед, успіхи наукового знання, зростання матеріального добробуту певних суспільних прошарків і груп, досягнення техніки, Золя водночас не може не бачити антигуманного характеру цієї машинної цивілізації, яка формує в людині "звіра", насаджує жадобу насолод, культивує владу грошей і, врешті-решт, знеособлює людину. Символом цієї нової цивілізації стає образ паровоза, що мчить на повній швидкості, в "Докторі Паскалі".
У 90-х pp. Золя створив два цикли романів: "Три міста" ("Les trois villes") — романи "Лурд" ("Lourdes", 1894), "Рим" ("Rome", 1896), "Париж" ("Paris", 1898) — і "Четверо євангеліє" ("Les quatre Evangiles"), до якого увійшли романи "Плодючість" ("Fecondite", 1899), "Праця" ("Travail", 1901), "Істина" ("Verite", 1903, посмертно) і "Справедливість" ("Justice", незакінч.).
Ці романи з художнього погляду поступаються книгам "Ругон-Маккарів". Це свого роду романи-трактати, в центрі яких родина вчених і мислителів Фроманів. Золя написав ці твори для утвердження своїх соціальних утопій; він знову звертається до проблеми шляхів соціальних змін і намічає в романах різні варіанти суспільної перебудови: у "Плодючості" Золя вбачає запоруку прогресу в оздоровленні та зміцненні родини; роман "Праця" дає картину нової організації праці робітників на справедливих засадах, утверджує необхідність спілки науки зі свідомою працею. Золя виступає за мирне співіснування буржуа та робітників: на величезному підприємстві, побудованому Люком, розподіл прибутку здійснюється на справедливих засадах, внаслідок чого робітниче поселення стає маленьким раєм. Заданість основної ідеї роману призводить до схематизму, надуманості деяких сюжетних ходів.
Роман "Істина" був написаний під впливом "справи Дрейфуса" і порушує проблеми правосуддя. У листопаді 1897 р. Золя познайомився із документами, що стосувалися справи капітана Генерального штабу, єврея за національністю, Альфреда Дрейфуса, звинуваченого без достатніх на те підстав у шпигунстві на користь Німеччини. Незважаючи на відсутність доказів, суд прирік Дрейфуса до довічної каторги. Золя, вивчивши документи, дійшов висновку про безневинність Дрейфуса.
13 січня 1898 р. в газеті "Орор" було опубліковано відкритий лист Золя до президента Французької Республіки Фелікса Фора під заголовком "Я звинувачую" ("J'accuse"), в якому відомий письменник гостро виступив проти політиканів, що сфабрикували процес над безневинною людиною. За цей виступ на захист людської гідності Золя був притягнений до суду і засуджений до річного тюремного ув'язнення та штрафу в розмірі 3000 франків. Золя довелося залишити Францію і оселитися в Лондоні, не дочекавшись виконання вироку.
Боротьба навколо справи Дрейфуса призвела до політичної кризи. Уся мисляча Франція розкололася на два ворогуючі табори: дрейфусарів і антидрейфусарів. Голос письменника було почуто, а справу Дрейфуса переглянуто. Під тиском суспільної думки Дрейфуса у 1899 р. було помилувано, а 1906 р. реабілітовано.
У ніч на 29 жовтня 1902 р. Золя помер у своїй паризькій квартирі від отруєння чадним газом за досі нез'ясованих обставин.